Overblog
Suivre ce blog
Administration Créer mon blog
12 décembre 2014 5 12 /12 /décembre /2014 00:41

Excavating the time frame of human evolution from its Y chromosome DNA

Next generation sequencing is now providing a flood of Y sequencing data. Appropriate software was developed to analyze these data and deduce the structure of the tree, finding new nodes and each new sequencing is providing a detailed branch of the tree. The part of the tree shown below is from an analysis by Yfull (www.Yfull.com – with permission) and the part shown is shared by all people of the large R1b-M269 group , about half of the men in western Europe countries such as France or England.
My aim with this article is to show that these trees with a large amount of SNPs can provide a frame to read the past, the different stages from the near origin of Homo sapiens to recent times. I call near origin the practical root of these trees. As shortly presented the very top of the tree has been subject to recent changes but we don't need these details ; the split from the A african group is close enough for the purpose of this article. As always on this blog I'll detail the reasoning allowing deduction on the history of the human group behind the SNP data, advanced readers will find some discussion on the possible impact of the mount Toba eruption on the human expansion. Surprisingly no team has published, so far, their own interpretation. Mine might be contested but it can also be a start for a better understanding ; this is my hope.

R1b-M269 branch of the Y tree

Y-root

A1 V250 L985 L1013 L1002 M9072 P305 V174 V161 • V161.1 • V161.2 L1005 L1112 V241 L986 L1004 L1084 V168 L989 L1009 Y1459 V171 V238 L1053

A1b P108 V221

BT V2952 • M9137 M9159 • PF767 M9380 • PF1256 M9312 M9382 • PF1257 V2167 • M9026 M9178 M9251 • PF913 M9133 • PF715 M9113 M8952 M9232 • PF880 M8961 • PF201 M9202 V3063 • M9145 • PF733 M8972 M9221 M299 M9356 M9070 M8968 • PF207 M8967 V2804 • M9124 • PF701 M9157 • PF766 M9081 M9378 M9379 • PF1253 V2561 • M9110 • PF684 M9054 M9361 M9349 M9036 • PF308 M9396 M9214 M9365 • PF1218 M9287 M9226 • PF869 M9057 M9389 M9359 M9338 • PF1064 M9046 • PF324 M9322 • PF1049 V2319 • M9031 M9027 L970 • PF1065 M9346 M9238 M9203 • PF837 M9240 • PF896 M9123 L957 M9305 • PF1022 M9372 V4201 • M9297 • PF1003 M9103 • PF679 M9292 • PF995 M9249 M9406 M9375 M9321 • PF1045 M8958 • PF196 M9278 • PF969 M9188 V1395.1 • M8997 • PF260 M9099 • PF674 M9104 • PF680 M9021 • PF288 V3546 • M9265 M9293 • PF997 V2579 • M9114 M9002 • PF267 M9409 • CTS12197 • PF1314 L978 • PF93 M8986 M9177 M9369 M9045 M9086 • PF648 V1158 • M8954 M9155 • PF762 M9328 • PF1053 M9310 M9127 M9399 • PF1283 M9329 V2634 • M9117 M8980 • PF229 M9174 M9373 M9311 • PF1030 M9198 M9242 • PF899 M9204 M9231 • PF876 Y1547_2 M9197 M9254 M9230 • PF870 M9102 M9173 • PF794 M9116 • PF688 V1561 • M9009 M9135 M9394 • PF1271 M9377 • PF1241 M9064 • PF350 M9246 M9398 • PF1279 V2209 • M9028 • PF298 M9410 M9083 M9196 M9098 M9097 • PF672 M9397 M9271 M9341 • PF1072 L969 M9213 V1530 • M9008 M9366 M9326 M9041 • PF319 M9316 • PF1034 V4025 • M9291 M9252 V2507 • M9038 • PF313 V235 • PF1410 PF1407 • V21 • M8969 M9069 • PF635 M9187 M9411 • PF1315 L1060 • PF1021 M9412 M9200 • PF835 M9354 M9223 • PF865 M9049 M9227 M9010 V1813 • M9019 • PF286 M9340 M9237 • PF890 V4213 • M9298 M9129 • PF707 M9172 M9220 V3107 • M9148 • PF744 M8951 V3636 • M9269 PAGE65.1 • SRY1532.1 • SRY10831.1 • SRY10831 • PAGE65.2 • SRY1532.2 • SRY10831.2 V2437 • M9034 V3226 • M9152 M9357 • PF1209 M9138 V1347 • M8994 P97 M9141 L1071 • M8945 M9136 • PF724 V2821 • M9126 • PF703 M9370 M9191 M9318 • PF1039 M9327 M9105 M8959 • PF198 M8983 • PF230 M9068 M9352 • PF1100 M9179 M9244 M9209 M9042 Y6870 PF1405 • V216 • M8953 PAGES00024 • M9160 M9343 • PF1084 M9334 M9003 V64 • PF1412 V2352 • L1062 • PF302 M9266 • PF946 M8976 • PF215 V202 • PF1404 M8985 • PF232 M9405 M9360 M9074 M8993 M9146 M9112 M9225 • PF868 V1730 • M9017 • PF282 M9193 L440 Y1546_2 V31 • L413 • PF1409 V29 • PF1408 M8971 M9302 V2397 • M9032 • PF304 M9393 M42 L438 M8955 • PF12 M9425 M9189 M9130 • PF708 M9107 M9015 V2000 • M9025 L418 M9075 M8960 • PF200 M9094 • PF671 M9219 • CTS7503 PAGES00026 • M9336 M9115 • PF687 M8988 M9290 • PF989 M9192 M9176 V3601 • M9267 • PF948 V3304 • M9257 V2318 • M9030 M9169 M9195 M9284 M9011 L971 M9420 M9331 • PF1057 M9217 • PF857 M9319 M9001 M9216 V3998 • M9288 • PF985 M8999 PF601 M9286 V3297 • M9255 • PF925 M9304 V3037 • M9143 • PF732 M9228 V3002 • M9140 M9039 M9353 M9280 L1061 • PF1101 M9077 M9020 • PF287 M9180 V3916 • M9283 • PF973 M8979 • PF226 M9315 • PF1033 M91 M9367 M9111 M9165 M9100 L977 M9199 • PF834 M9121 M9376 M9236 M9272 M9248 M9245 M9210 M9016 M9348 • PF1093 M9182 PF1406 • V102 M9215 • PF847 M9089 • PF653 V59 • PF1411 V187 • PF1403 M9317 M9260 M9235 • PF886 M9004 • PF270 M9125 M9043 M9056 M9344 M9368 M9325 • PF1052 M9066 M9087 L1220 • M9212 M9234 • PF885 M9285 M9296 V1456 • M9000 V2656 • PAGES00081 • M9118 M9131 V3347 • M9261 • PF931 M9390 • PF1262 V3032 • M9142 • PF731 M9166 • PF785 M9408 • PF1296 M8956 • PF14 M9335 • PF1060 M9306 M9323 • PF1050 M8977 M9006 M9404 M139 M9095 M9050 V4007 • M9289 • PF988 M94 • PF1081 M8973 • PF211 V3795 • M9277 M9303 M9301 • PF1015 M9258 M9175 V3357 • M9262 • PF932 M9417 M9128 M9224 L962 M9347 V1506 • M9005 V3904 • M9282 M9080 M9253 • PF914 V1015 • M8947 M9156 • PF764 M9400 • PF1284 M8957 V4130 • M9295 • PF1000 M9065 • PF351 L604 • PF1243 M9421 M9374 • Z4690 M9076 V2760 • PF699 • M251 • M9122 M9151 M9300 M9270 • PF952 M9139 M9163 • PF777 M9218 • PF860 M8970 • PF208 M9362 M9239 M9109 M9263

CT M5745 • CTS8608 M5708 Y1819_2 M5687 • CTS5019 Y1569 M5589 • PF212 PF1415 • V226 • M5603 Y1510 M5688 M5657 Y1544_1 M5751 • PF937 M5608 • PF258 M5821 • PF1269 M5651 • CTS1996 Y1441 M5743 • CTS8542 M168 • PF1416 M5588 • PF210 V2824 • M5671 • CTS3662 • PF704 M5593 M5810 • CTS11408 Y1508 M5699 • PF803 PF1016 M5753 • CTS9458 • PF947 Y1528 Y1581 Y1511 M5752 • CTS9296 V1863 • M9022 M5742 • PF904 Y1446 M5781 • PF1040 PF110 Y1575_1 Y1475 M5661 • CTS2842 M5786 • PF1061 Y1490 M5769 • PF996 Y1498 M5785 M5724 • PF866 M5777 Y1828 M5775 Y1482 M5609 M5718 • CTS7257 M5726 M5707 • CTS6383 Y1544_2 M5780 L1028 • CTS4368 • M5680 M5716 • PF840 M5759 M5725 • CTS7741 • PF867 Y1485 Y1507 M5738 M5798 PF1418 • V52 • M5721 M5732 • CTS8089 Y1503 M5660 Y1531 V3648 • M5760 • PF954 M5811 • PF1238 Y1571 M5613 M5692 M5683 • CTS4650 M5805 • PF1227 M5768 Y1489 V1494 • M5615 • PF269 Y1817 Y1509 M5584 • CTS543 • PF206 M5715 • CTS6907 • PF833 PF192 Y1505 M5670 • CTS3460 Y1452 M5587 Y1579 M5819 M5597 • CTS1217 Y1448 M5803 M5747 Y1471 M5600 Y1455 V1052 • M5576 • CTS125 Y1496 Y1460 V3623 • M5754 M5686 Y1546_1 Y1585 M5647 Y1465 M5717 • PF844 M5825 M5791 • PF1080 Y1464 M5617 • PF274 Y1574 M5630 M5614 • PF266 M5629 V3641 • M5757 • CTS9555 Y1494 Y1567 M5648 Y1594 Y1578 M5817 M5830 • CTS12633 • PF1329 M5606 • PF256 Y1450 M5831 Y1488 M5795 M5813 M5712 Y1504 M5772 • CTS10512 V3642 • M5758 • CTS9556 V3310 • M5748 • CTS8980 • PF928 M5801 V4106 • CTS10362 • PF998 • M5770 M5607 M5808 • CTS11358 M5665 • CTS3216 M5636 Y1457 Y1524 M5784 • PF1059 Y1474 M5656 M5621 M5616 • PF272 V1431 • M5612 Y1492 M5720 • CTS7482 Y1480 Y1521 M5746 • CTS8709 M5578 M5767 • CTS10110 Y1527 M5641 M5796 • PF1097 V3337 • M5750 • CTS9014 Y1470 M5832 • PF1333 M5723 • PF862 CTS5457 M5741 M5653 • CTS2077 • PF657 M5590 • PF216 M5598 M5697 • CTS5746 M5800 • PF1203 Y1589 PF1413 • V189 • M5577 M5762 • CTS9722 Y1568 M5705 • CTS6327 • PF811 PF500 Y1506 Y1593 M5809 • PF1237 V1043 • CTS109 • M8948 Y1552_2 M5713 • CTS6800 Y1502 M5618 Y1538 V2216 • M5633 M294 M5776 • PF1029 V3858 • PF970 M5794 • PF1092 M5711 • PF821 Y1587 M5602 • PF246 Y1467 M5802 V2901 • M5675 • PF719 M5783 V3908 • M5766 V1325 • M5605 M5591 • PF223 Y1497 Y1599 Y1819_1 Y1473 M5816 • CTS11827 M5698 • PF796 Y1525 Y1559_2 M9150 • PF750 M5797 • PF1098 M5649 PF342 Y1454 Y1438 Y1447 V2175 • M5632 M5709 M5662 PF1414 • V9 • M5585 V3758 • M5764 • CTS9828 • PF964 Y1491 Y1476 M5601 Y1472 M5765 M5628 Y1495 M5611 • PF263 Y1461 M5689 M5626 PF1276 M5700 • CTS6252 M5642 V4162 • M5771 M5599 • PF234 Y1456 M5722 • CTS7517 M5594 • CTS1109 Y1443 M5582 • CTS401 • PF202 M5736 • CTS8243 • PF891 M5730 Y1586 Y1573 Y1518 M5814 M5788 V3808 • Y1539 M5739 • PF898 PF1417 • V41 • M5695 Y1591 M5659 • PF667 M5645 M5729 • CTS7936 M5691 • PF779 M5822 M5664 • CTS3120 • PF683 Y1462 V3317 • M5749 M5778 • PF1031 M5681 PF1420 • V55 V1401 • M5610 M5650 V1653 • M5625 Y1440 Y1791 M5737 • PF892 Y1580 Y1590 M5706 • PF815 Y1577 M5792 • PF1088 M5678 • PF725 Y1514 Y1559_1 M5622 Y1469 M5826 M5620 CTS11575 • PF1245 M5583 • CTS423 V3728.1 • M5763 • CTS9760 • PF961 M5640 • PF318 M5714 • CTS6890 M5790 V1878 • M5631 • PF292 M5719 • PF850 M5652 • PF652 Y1483 M5627 Y1451 M5639 Y1444 M5684 • CTS4740 • PF751 M5782 • PF1046 M5694 • CTS5532 Y1458 M5735 • CTS8166 M5690 • CTS5318 Y1449 M5679 • CTS4364 M5638 • PF316 M5624 P9.1 • P9 M5728 • CTS7933 M5676 • PF720 Y1526 M5818 • CTS11991 M5682 M5812 V1540 • M5619 • PF278 PF15 M5669 • CTS3431 M5727 • CTS7922 • PF875 M5595 • CTS1181 M5774 M5804 • CTS10946 Y1537 M5756 • PF951 M5646

CF M3711 • CTS6376 • PF2697 P143 • PF2587 CTS3818 • PF2668 • M3690 V3489 • PF2723 • M3727 • F2841

F PF2651 • F1704 • M3675 Y1812 L498 • PF2707 • M3717 CTS4969 • PF2682 • M3700 PF2743 • M3747 Y1810 PF2615 • M3652 PF2756 CTS11819 • PF2766 • M3761 M213 • P137 • PF2673 • PAGES00038 P316 • PF2696 M3771 • CTS12632 • PF2775 M3693 • CTS4139 • PF2672 YSC0001298 • PF2620 • F1302 • M3656 Y1805 PF2744 • M3748 PF2653 • F1714 • M3677 P138 • PF2655 PF2639 M3696 • CTS4443 • PF2677 PF2611 • M3647 PF2608 PF2660 • F1767 • M3683 M3692 • CTS3996 • PF2671 L468 • PF2689 • M3703 PF2588 • M3635 • CTS71 M3640 • CTS540 • PF1506 CTS2041 • PF2652 • M3676 M3687 • CTS3195 • PF2664 L929 • PF2605 • M3643 PF2740 • M3744 CTS3536 • PF2666 • M3688 V1644 • L313 • PF1426 • M3651 PF2739 • M3743 P151 • PF2625 M3728 • CTS9280 • PF2724 M3756 • CTS10983 • PF2760 CTS7981 • PF2710 PF2601 • M3641 • CTS608 M3720 • CTS8014 • PF2711 CTS5432 • PF2687 • M3702 PF2592 PF2637 • M3672 P158 • PF2706 CTS1468 • PF2607 • M3644 PF2742 • F3254 • M3746 L882 • PF2745 • M3749 CTS10290 • PF2735 • M3739 M3730 • CTS9372 • PF2725 CTS11726 • PF2765 P166 • PF2702 CTS12138 • PF2774 • M3770 PF2718 • F2710 • M3723 PF2729 • F2964 V3940 • PF2732 • F2993 • M3737 M3706 • CTS5948 • PF1695 L352 • PF2728 • M3734 F3561 • M3766 Y1808 PF2630 • M3664 PF2593 P161 • PF2719 CTS3868 • PF2669 PF2700 • F2402 • M3714 PF2737 • F3136 • M3741 P163 • PF2686 M3729 • CTS9317 • PF1767 M3689 • CTS3654 • PF2667 CTS12027 • PF2768 • M3763 P160 • PF2618 Y1799 Y1807 P14 • PF2704 L1074 • CTS4267 • PF2674 • M3694 L851 • CTS11821 • PF2767 • M3762 PF2647 P140 • PF2703 PF2612 • M3648 M3718 • CTS7878 F3556 • M3765 • PF1914 Y1809 CTS4557 • PF2679 • M3698 PF2629 • M3663 V3268 • PF2683 • F2048 • M3701 PF2747 • M3750 PF2688 • F2142 V2513 • L543 • PF2663 • M3686 P159 • PF2717 PF2609 • M3645 P135 • PF2741 CTS11150 • PF2761 • M3758 P157 • PF2771 CTS1932 • PF2650 • M3674 CTS6135 • PF2693 • M3708 PF2736 • F3111 • M3740 M235 • PF2665 • PAGE80 P187 • PF2632 PF2627 • M3661 P139 • PF2698 M3732 • CTS9456 • PF1438 M3731 • CTS9418 • PF2726 M3712 • CTS6542 • PF2699 PF2594 V1990 • YSC0001297 • F1209 • M3654 M3725 • CTS8985 • PF2721 L350 • PF2692 • M3707 CTS9534 • PF2727 • M3733 PF2750 • M3753 Y1811 V3919 • PF2731 • F2985 • M3736 Y1802 Y1758 M3699 • CTS4737 • PF2680 F3512 • PF1911 P148 • PF2734 Y1820 PF2628 • M3662 PF2590 • V205 • M3638 F3584 • M3768 • PF1916 Y2888 F773 P149 • PF2720 V1597 • PF2614 • F1089 • M3649 M89 • PF2746 CTS11370 • PF2763 • M3759 V3900 • L470 • PF2730 • M3735 PF2591 • M3639 M3721 • CTS8467 • PF2715 P133 • PF2636 Y4457 PF2589 • V186 • M3637 V1029 • F719 • M3636 Y1800 PF2600 CTS2097 • PF2654 • M3678 PF2631 • M3665 F3692 • M3650 PF2713 PF2598 P136 • PF2762 L132.1 • L132 • L132.2 • PF1437 M3713 • CTS6843 • PF1720 CTS5750 • PF2691 • M3705 V1355 • YSC0001295 • PF2610 • F1046 • M3646 M3716 • CTS7301 • PF2705 P142 • PF2604 CTS7002 • PF2701 • M3715 PF2613 CTS5264 • PF2684 V2194 • PF2619 • F1285 • M3655 P141 • PF2602 M3724 • CTS8638 PF2621 • F1320 • M3657 PF2758 • F3335 • M3754 P146 • PF2623 PF2772 • F3616 • M3769 P134 • PF2606 M3666 • PF1580 P145 • PF2617 PF2749 • M3752 PF2616 • F1149 • M3653 Y1813 M3682 • CTS2480 • PF2659

GHIJK M3684 • CTS2569 • PF2661 M3680 • CTS2254 • PF2657 M3773 • CTS12673 V2308 • YSC0001299 • PF2622 • F1329 • M3658

HIJK PF3494 • F929 • M578

IJK L16 • M522 • S138 • PF3493 V1438 • YSC0001319 • PF3497 • M2684 L15 • M523 • S137 • PF3492 • Z4413 PF3500 • M2696 V1295 • PF3495 • F3689 • M2682 • Y2571

K P132 • PF5480 PF5500 • F2548 • M2692 L819 • CTS4265 • PF5494 • M2686 V3169 • PF5495 • F2006 • M2688 PF5470 M2352 • CTS2071 • PF5489 YSC0000055 • PF5459 • M2348 P131 • PF5493 M9 • PF5506 L469 • PF5499 • M2689 PF5469 • V104 PF5488 • M2351 V4038 • PF5503 • F3026 • M2694 P128 • PF5504 YSC0000222 • PF5505 • L1346 • M2695 CTS9278 • PF5501 • M2693 CTS10976 • PF5509 • M2698

K(xLT) M526 • PF5979

MP-M1205 PF5852 PF5969 L405 • PF5990 P331 • M1221 • YSC0000186 • PF5911 M1205 • CTS2019

P P237 • PF5873 CTS12028 • PF5977 • M1272 F313 • M1219 YSC0001257 • CTS1907 • PF5894 • M1204 M1235 • CTS7604 • PF5928 M45 • PF5962 L741 • PF5960 • YSC0000297 PF5849 Y503_1 M1270 • CTS11173 • PF5974 M1149 • CTS10168 • PF6061 P235 • PF5946 PF5878 • M1194 PF5985 PF5945 • F524 • M1248 PF5991 • F4 • M1183 M1228 • CTS5884 • PF5917 V1809.1 • PF5872 • M1192 CTS3316 • M1209 CTS5808 • PF5915 • M1226 Y451 PF5854 PF5914 • F332 • M1224 Y272 M1264 • YSC0000227 PF5483 PF5871 • M1190 92R7_1 PF5886 • M1199 P228 • PF5927 Y44 • M1207 M1244 • CTS9604 PF5975 • F640 • M1271 CTS6948 • PF5922 • M1231 V2974 • L779 • PF5907 • YSC0000251 V1195 • PF5861 • F83 • M1185 YSC0001285 • CTS5673 • PF5497 • M1225 P230 • PF5925 CTS3775 • PF5906 • M1214 L768 • PF5976 • YSC0000274 PF5848 PF5964 • M1263 P283 • PF5966 PF5958 • M1160 P226 • PF5879 P295 • S8 • PF5866 CTS3736 • PF5905 • M1213 PF5892 • M1202 CTS1518 PF5876 • M1193 PF5901 • F1857 • PAGES00083 • PAGE83 PF5951 • F556 Y448 PF5461 PF5993 • Z1244 V231 • PF5862 • F91 PF5891 PF5881 • F180 • M1196 Y444 PF5956 • M1259 Y45 • M1208 CTS3697 • PF5904 • M1212 M1186 • YSC0000279 • PF5864 V2979 • M1216 • YSC0000176 • PF5908 V1651 • PF5870 • F115 • M1189 P243 • PF5874 L82 • PF5972 Y503_2 PF5994 V3529 • F506 • PF5940 • M1243 • YSC0000966 M1240 • YSC0000205 • PF5936 PF5916 • F344 • M1227 L721 • PF6020 PF5887 V3732 • M1246 • YSC0000270 • PF5943 PF5882 CTS5418 • PF5912 • M1222 Y455 PF5846 • M1184 • CTS216 V1079 • PF5845 • CTS196 PF5954 • M1256 PF5970 Y269_1 PF5984 • F680 • M1275 PF5944 • F521 • M1247 P282 • PF5932 PF5957 • M1260 PF5867 CTS7886 • PF5929 • M1236 Y450 V3240 • M1218 • CTS4944 • PF5909 P284 L781 • PF5875 • YSC0000255 PF5850 PF5888 P244 • PF5896 • P244.1 • P244.2 P240 • PF5897 L1185 • CTS9162 • PF5937 • M1241 PF5869 • M1188 PF5971 PF5978 • F647 • M1273 CTS3358 • M1210 • PF5899 Y456 CTS12299 • PF5987 P69 Y447 PF5885 • F212 • M1198 PF5883 • M1197 L268 • PF5983 P27.1_1 • P207 • P27.2_1 PF5853 L138 PF5855 PF5880 • M1195 Y446 V4004 • PF5949 • F536 • M1251 Y1403 M1269 • CTS10859 P281 • PF5941 PF5980 • F653 Y458 Y483_1 M74 • N12 • PF5963 PF5851 L536 • PF5860 L471 • PF5989 P239 • PF5930 PF5955 • M1257 PF5981 • F671 • M1274 PF5982 L821 • PF5857 • F29 • M5579 PF5471 PF5473 M1250 • CTS10085 • PF5948 M1109 • CTS4437 CTS3813 • PF5491 • M1215 PF5865 • M1187

R M732 • CTS8311 • PF6055 CTS3622 • PF6037 YSC0000201 • PF6057 • M734 • S4 P227 P280 • PF6068 Y453 M696 • CTS5815 • PF6044 P232 P224 • PF6050 YSC0000232 • M789 • L1225 • PF6076 P285 • PF6059 CTS2913 • PF6034 • M667 V2573 • YSC0001265 • CTS3229 • PF6036 • M672 PF5953 • M764 M207 • UTY2 • PF6038 • PAGES00037 V3466 • CTS9200 • PF5938 Y457 YSC0000233 • PF6077 • L1347 • M792 Y480 P229 • PF6019 Y472 • F47 • M607 • PF6014 • S9 M795 • CTS11075 • PF6078

R-Y482 M799 • PF6079 • YSC237 PF6040 • YSC179 PF5919 • F356 • M703 Y482 • PF6056 • F459

R1 M813 • CTS12618 • PF6089 L875 • PF6131 • YSC0000288 • M706 M730 • CTS8116 • PF6138 P231 P236 • PF6137 M717 • CTS7122 • PF6135 P245 • PF6117 P233 • PF6142 PF6146 M173 • P241 • PF6126 • PAGES00029 Y464 • PF6008 PF6069 M781 • PF6145 PF6073 P286 • PF6136 CTS3321 • PF6125 • M673 CTS2680 Y305 • PF6031 Y512 Y290 • F211 PF6118 • M640 M812 • CTS12546 • PF6088 PF6110 PF6011 M663 • CTS2565 • PF6122 V1478 • PF6116 • F102 • M625 P234 • PF6141 YSC0000230 • L1352 • M785 PF6133 • F378 • M711 Y465 V1356 • PF6114 • F93 • M621 P242 • PF6113 P294 • PF6112 F132 • M632 M643 PF6119 M748 • YSC0000207 PF5477 • F28 CTS3123 • PF6124 • M670 M306 • S1 • PF6147 Y459 P225 • PF6128 P238 • PF6115 M714 • CTS7066 • PF6049

R1b M343 • PF6242

R1b1 L278 M415 • PF6251

R-L389 L389 • PF6531

R1b1a L320 • PF6092 P297 • PF6398

R1b1a2 PF6410 • M520 L265 • PF6431 M269 • PF6517 YSC0000269 • PF6475 • S17 S3 • PF6485 S10 • PF6399 L1063 • CTS8728 • PF6480 • S13

Each « code » as P108 is the name of a SNP (see A1b for P108 - at the top of this tree), it's a mutation on the Y chromosome and let's recall that these mutations are all neutral, meaning that they are not associated with any phenotype, no visible changes. They are merely DNA changes detected by sequencing (no other way) and used as markers. As there are several research teams and each is giving their own names, one single mutation can get several names and this tree is accounting for this fact with the following mark : [ • ] , separating the different names for one same mutation. For example L1063 • CTS8728 • PF6480 • S13 (just above, see bottom of this tree) is showing 4 different names equivalent for what is 1 SNP and counted as such in the counting to come.
A sequencing is providing more SNPs than shown here as « recent » SNPs at the bottom of the tree, below M269 were removed. The reason for this is that the bottom of the tree is bushy and still difficult to read ; this article is only focusing on the history « available » between A1b / [BT] and M269. In France (the same in England) about half of the men have this same segment of the Y tree. From the top of the tree (as displayed here) to M269 the SNP count is roughly 1000. It's important to understand that the DNA sequencing producing the data (mostly the « Big Y » from FTDNA company) is far from finding all SNPs : the depth of the sequencing can be improve and it would allow detecting more SNPs. These data are usable (my opinion) as they reflect a percentage of the total, already in significant counts.
The early Homo sapiens fossils are pointing to the time range between 160 000 – 180 000 years ago (with still a margin of error). I took 170 000 years ago for the time range and the SNP count was estimated around 1200 when considering mean branch length till today (not limited to M269) corresponding to an average time interval between 2 SNPs of 140 years. On this basis we can read the tree presented above.
The top of the Y tree was found to be far more complex with the discovery of rare variants ; below is the root of the Y tree as published in 2013. I won't use it but I wanted to account for it :

• A00 AF4, AF5, AF6/L1284, AF7, AF8, AF9, AF10, AF13, L1086, L1087, L1088, L1091, L1092, L1094, L1096, L1097, L1102, L1103, L1104, L1106, L1107, L1108, L1109, L1110, L1111, L1113, L1114, L1115, L1117, L1119, L1122, L1126, L1131, L1133, L1134, L1138, L1139, L1140, L1141, L1144, L1146, L1147, L1148, L1151, L1152, L1154, L1156, L1157, L1158, L1159, L1160, L1161, L1163, L1233, L1234, L1236

• A0-T AF3, L1085, L1089, L1090, L1093, L1095, L1098, L1099, L1101, L1105, L1116, L1118, L1120, L1121, L1123, L1124, L1125, L1127, L1128, L1129, L1130, L1132, L1135, L1136, L1137, L1142, L1143, L1145, L1150, L1155, L1235

• • A0 L529.2, L896, L982, L984, L990, CTS2809/L991, L993, L995, L997, L998, L999, L1000, L1001, L1006, L1008, L1010, L1012, L1016, L1018, L1055, V148, V149, V154, V164, V165, V166, V167, V172, V173, V176, V177, V190, V196, V223, V225, V229, V233, V239

• • A1 L985, L986, L989, L1002, L1003, L1004, L1005, L1009, L1013, L1053, L1084, L1112, L1153, P305, V161.2, V168, V171, V174, V238, V241, V250

• • • A1* -

• • • A1a M31, P82, V4, V14, V15, V25, V26, V28, V30, V40, V48, V57, V58, V63, V191, V201, V204, V215

• • • A1b P108, V221

• • • • A1b* -

• • • • A1b1 L419/PF712


I just wanted to present the the deep rooting among A haplogroups, all being african while I'll using a simplified connection between A1b and [BT] (see below). So, just like fossils show it there must have been an origin of Homo sapiens in Africa. Again, I am not showing it but it would be a wrong idea that people, like Bushmen people, belonging to A0 groups (for some of them) have a less complex history ; there is a branch going to these A0 men with just as many SNPs than shown here for the R1b branch.

Below is another way to picture the complexity of the top of the Y tree and this is showing the BT branch as one outcome among many, all are localized in Africa with the only exception of the BT branch.

 

 

[BT] produced groups localized in Africa as are all B branch groups ; B groups are found among Pygmies, for example and [BT] produced all groups outside Africa (see below).

We now start the analysis of the SNPs and the first point is about the way SNPs come together in dense packs of SNPs : a node. The [BT] node displayed here is 353 SNPs large (see the tree of SNP above – in blue). Again, more SNPs will be found (more are already known) but thanks to the coherent displaying of the same percentage because most results are from sequencing by Big Y test (fro FTDNA company) that comparison between nodes will be possible. Trees with nearly all SNPs will come in a few years from now.
Now, let's think about it : what do these 353 SNPs at this « node » can mean ? 353 with a time interval of 140 years (in average) between 2 SNPs is a period of time 50 000 years long. So, it's from 170 000 years ago to 120 000 years ago in the last interglacial (LIG) usually said between -130 000 and -115 000. Here is a measurement of oxygen 18 in ice correlating with temperatures :


It can't be by chance that the end of the node correlates with cooling temperatures. It's easy to see also that the temperatures were cold until -130 000 and one may wonder why one same group is overlapping the cold and warm period. It could be that a branch was lost (in fact many branches were lost – I meant a main branching like those produced by the last glaciation – R1a / R1b). Impossible to tell where the [BT] people were localized but [BT] is splitting in [CT] (discussed below) and B , a branch found among african groups like Pygmies ; a localization in Africa is still likely but B groups going back to Africa (because of temperature change) is a possibility if [BT] was localized close enough ; old remains of modern humans were found in Palestine / Israel, a possible place for [BT] between -130 000 and -120 000 (of course my dating of -120 000 with the margin of error can be -115 000 – the end of the warm period).
Every SNP can be seen as a putative branching and the ancestral branch (not carrying the mutation) died out. This dilution out of so many branches is explained by a genetic drift and this in turn is only possible with a not too large group. A bottle neck, a period of time with a drastic decrease of population size is then likely at the bottom line of the [BT] node, -120 000 years ago when temperatures went down quickly. It's important to really catch this point : among the few lucky survivors one man had the succession of SNPs known today and a statistical effect made his descent to win over all others. Simulations show that this is what is expected when every man has only 2 surviving children in average : one boy and one girl ; hence any fluctuation (2 girls) is stopping a Y lineage and the result is : only 1 lineage left (for Y chromosome) with the specific set of SNPs now carried by all descent.
The small size of a group separated from other african groups might have allowed specific traits to evolve in the emerging new groups. As mentioned above the split 120 000 years ago separates the B group from a group, now called [CT] carrying the well known M168 marker, the first known of the set of now over 300 SNPs . The M168 marker is found among ALL ethnic groups out of Africa but not in those specific african groups like A0 and B groups already discussed. This finding was at the onset of the so called « out of Africa » theory. As discussed above it's likely that the BT group was already outside of Africa and the logic of the people proposing this theory wasn't strong enough. Also, the timing presented here is fairly different from the timing too often given with no data sustaining it.
I find it logical that the group who populated parts outside Africa when all other groups from the top of the Y tree are african might have lived already outside of Africa. Dienekes Pontikos was one of the first to propose the arabian peninsula as a place for such a stage and I find it a good idea as old human industries are well known there but this is not the only possible place. Northern area were still under Neandertal control and, as temperature was going down the limit might have left little room for modern humans. Indeed a near coastal stay (for example at the mouth of the Tigre river) would be in accordance with the next split in a coastal route of expansion and a land one, as discussed below.The SNP count is 319 making it (still with t=140) a 45000 years long period in round numbers. Hence, from 120 000 years ago to 75000 years ago the [CT] group developped in a changing environment with changing temperature.
Just like a bottleneck was implied for the end of the [BT] node, another bottleneck could explain the -75000 figure. As already discussed on this blog a giant eruption took place at mount Toba, dated -73000 with a margin of error of 4000 years. Scientists are still discussing the exact impact on the whole planet but the more it's studied the more the impact appears strong. It was sudden and temperatures dropped by 10 degrees, some say 15 degrees. Hence it can't be a coincidence if a major change is detected at that time. To better discuss the timing we need to look forward at what happened next . There was a split is [CF] and [DE] and this seems to correlate with the known split in the mitochondrial tree in N and M branches. The [DE] / M group has been associated with a coastal route, possibly on early rafts, a quick way to progress around India. The idea is that this expansion was started at the time of the eruption. Some |DE] might have been already at the Ganges delta while some might have populated the south border of the arabian peninsula and possibly the nearby horn of Africa. Why so ? We won't follow anymore the [DE] branch but the data are saying that [DE] was cut in 2 distant pools and these never met again. One pool of [DE] evolved in D, mainly in Japan today but it was in all south Asia and some are in Tibet (obviously a refuge) and one pool of [DE] evolved in E at the horn of Africa. Very rare [DE] cases were found south of Tibet and one should understand that it's a third branch (may be more) saying that once [DE] people not yet D or E settled there. I insisted on the explanation of the [DE] fate because it's part of the indication leading to the fact that Toba eruption had a deep impact and [CT] ends with the onset of 2 pools of [DE] with no more connection between them. [CT] also evolved in [CF] (see R1b-Tree in blue above) and these might have been less impacted as in a more remote localization from the Toba volcano.
The next C and F split occurs quickly after and one can see it as one group staying in place and one group (C) expanding in a novel environment. So, one word on the C branching as the R1b branch drives us on the F side. There are data suggesting that C haplogroup successfully went in all part of te world as a first wave, later displaced by others. Aboriginal Australian have the C4 branch, probably depicting the first men in Australia while the Mongol Genghis Kahn belong to the C5 branch. Some C people might have reached America but only rare cases are found today. Old remains of the C6 branch were recently found in Europe. So, except Africa, C men went everywhere it seems.
The F group is at the root of most groups populating Europe and Asia today as all neolithics are from this branch. SNPs count is 163 corresponding to 23000 years. Hence this large F node is from -75000 to -52000. The following steps are several branching which mean that rather than a bottle neck the « end » of the F node is when groups from the F « nest » started going in all directions, including Europe. Yet all these 163 SNPs mean that 163 times the ancestral branch was diluted out, meaning a very small group at some times. The temperatures as known by oxygen 18 concentrations in ice had a warming up around -60 000 , so this expansion is late relative to the improved conditions, possibly meaning a first phase of local expansion followed by dispersal in G, H, [IJ], and then L ; T and |MP]. At this time Neandertal starts retreating and modern man takes its place. I don't know of any accepted explanation for this change. Genetics and the time intervals found here are pointing for a significant progress in adaptation to cold of modern humans 60 000 years ago.
One word about the next step as it may give some clue on the positioning of the [MP] part of the original F group. The M haplogroup is mainly restricted to papuan in new Guinea, probably a refuge when neolithics populated south Asia but this can only be if [MP] was much closer to Indonesia than to the Indus basin. If M went south, P probably went in a more northern place just east of present day China to account for the M cousins. The 47000 years old Ust’-Ishim bones were tested of the parent group of P (K (xLT) and found to have large Neandertal proportion of DNA ; the expansion to northern areas might have been restricted to those who had the Neandertal DNA.
The P node is 135 SNPs large which fits with a 19000 years long period. Hence we are dealing with the time interval from -50000 to - 31000, a relative warming before the last glaciation. A bottleneck might explain the set of SNPs as before and it was followed by a split in R and Q groups. Q was clearly adapted to cold as this group managed to go through the Bering straight and get in America where it's (by far) the main haplogroup among amerindians. So, P, the parent group was a transition to a colder environment, possibly thanks to needles and clothing with instances known from 28000 years ago and it might be slightly older.

 

 

The diagram above is summarizing the fate of P group with a focus on R1a and R1b haplogroups. SNP counts are depicted in blue for each branch. I'll be using these counts. The ice age west of China isn't very well known but R node (40 SNPs) would end some 26000 years ago shortly before the ice maximum when temperatures dropped to a bottom level. The 24000 years old Mal'ta mammoth hunter encampment had bones tested of R haplogroup. This dating is with the margin of error and fits with this broad timing. This R group, in turn splits into a southern group R2 and the R1 group before the ice maximum and I would interpret it as a very difficult time for a group near extinction (so, again, a bottleneck). At ice maximum the R1 group splits into 2 subgroups seen as 2 geographical localizations that got separated and started evolving separately. These 2 localizations are not known but it should be clear that it's unlikely in Europe though there are indications that R1 was in Europe. 107 SNPs until R1b-M269  would make this important stage of the R1b branch only 6000 years ago but the precision isn't enough ; this is the limit of this approach and it's important to understand it not to say stupidities. Recent times were characterized by fast changes ; in the case of R1b-M269 found here to be 6000 years old a 3000 years change, well in the margin of error, is in accordance with more precise timings done with other methods. That's all.
In conclusion, the approach described here found a correlation between bottleneck of key stages and major climate changes. The description of the fate of the [DE] branch attempted here is providing a coherent explanation of the so called « out of Africa » expansion with a modified timing as explained. In turn the common ancestry in Africa while not denied is from a much deeper ancestry than it was said too many times. This approach will have to be refined but, as it is, it gives a time frame of early events.

[ Many thanks to the Yfull team for their SNP tree and permission to reproduce it. ]

Published by Didier
commenter cet article
7 décembre 2014 7 07 /12 /décembre /2014 19:31
L'histoire enfouie dans notre ADN

Le séquençage ADN du chromosome Y est maintenant pratiqué à grande échelle, ce qui apporte de nombreux résultats. En fait, dans l'immense majorité des cas ce n'est pas le chromosome entier qui est séquencé, pour des raisons techniques, mais les résultats sont quand même utilisables pour analyser notre lointain passé. Cet article montre le type de résultat obtenu pour une branche bien représentée en France et comment on l'analyse en terme d'histoire passée. Spencer Wells l'initiateur du projet Genographics a pu parler de "genetic journey", notre périple génétique des origines à nos jours.

Le lecteur pressé sera peut être effaré de la longue liste en bleu qui suit : c'est l'objet de cet article. Il y a une sorte de révolution dans les méthodes d'analyse de notre ADN que je tenais à présenter. Le séquençage dit de « nouvelle génération » et quelques astuces permettent aujourd'hui de séquencer un gros morceau du chromosome Y pour un prix compris entre 500 et 900 euros selon la précision. Cela aboutit à une connaissance de nombreux SNP (single nucleotide polymorphism) et un individu qui a son chromosome Y séquencé obtient un arbre du type ci-dessous que j'ai simplifié aux parties anciennes (explication à suivre).

Le premier but de ce texte est d'expliquer ces arbres SNPs, c'est à dire ce qu'il faut en comprendre et savoir que ce type d'information est maintenant à la portée de nombreuses personnes.

Branche R1b-M269 de l'arbre Y :

Racine de l'arbre : origine Homo sapiens

A1 V250 L985 L1013 L1002 M9072 P305 V174 V161 • V161.1 • V161.2 L1005 L1112 V241 L986 L1004 L1084 V168 L989 L1009 Y1459 V171 V238 L1053

A1b P108 V221

BT V2952 • M9137 M9159 • PF767 M9380 • PF1256 M9312 M9382 • PF1257 V2167 • M9026 M9178 M9251 • PF913 M9133 • PF715 M9113 M8952 M9232 • PF880 M8961 • PF201 M9202 V3063 • M9145 • PF733 M8972 M9221 M299 M9356 M9070 M8968 • PF207 M8967 V2804 • M9124 • PF701 M9157 • PF766 M9081 M9378 M9379 • PF1253 V2561 • M9110 • PF684 M9054 M9361 M9349 M9036 • PF308 M9396 M9214 M9365 • PF1218 M9287 M9226 • PF869 M9057 M9389 M9359 M9338 • PF1064 M9046 • PF324 M9322 • PF1049 V2319 • M9031 M9027 L970 • PF1065 M9346 M9238 M9203 • PF837 M9240 • PF896 M9123 L957 M9305 • PF1022 M9372 V4201 • M9297 • PF1003 M9103 • PF679 M9292 • PF995 M9249 M9406 M9375 M9321 • PF1045 M8958 • PF196 M9278 • PF969 M9188 V1395.1 • M8997 • PF260 M9099 • PF674 M9104 • PF680 M9021 • PF288 V3546 • M9265 M9293 • PF997 V2579 • M9114 M9002 • PF267 M9409 • CTS12197 • PF1314 L978 • PF93 M8986 M9177 M9369 M9045 M9086 • PF648 V1158 • M8954 M9155 • PF762 M9328 • PF1053 M9310 M9127 M9399 • PF1283 M9329 V2634 • M9117 M8980 • PF229 M9174 M9373 M9311 • PF1030 M9198 M9242 • PF899 M9204 M9231 • PF876 Y1547_2 M9197 M9254 M9230 • PF870 M9102 M9173 • PF794 M9116 • PF688 V1561 • M9009 M9135 M9394 • PF1271 M9377 • PF1241 M9064 • PF350 M9246 M9398 • PF1279 V2209 • M9028 • PF298 M9410 M9083 M9196 M9098 M9097 • PF672 M9397 M9271 M9341 • PF1072 L969 M9213 V1530 • M9008 M9366 M9326 M9041 • PF319 M9316 • PF1034 V4025 • M9291 M9252 V2507 • M9038 • PF313 V235 • PF1410 PF1407 • V21 • M8969 M9069 • PF635 M9187 M9411 • PF1315 L1060 • PF1021 M9412 M9200 • PF835 M9354 M9223 • PF865 M9049 M9227 M9010 V1813 • M9019 • PF286 M9340 M9237 • PF890 V4213 • M9298 M9129 • PF707 M9172 M9220 V3107 • M9148 • PF744 M8951 V3636 • M9269 PAGE65.1 • SRY1532.1 • SRY10831.1 • SRY10831 • PAGE65.2 • SRY1532.2 • SRY10831.2 V2437 • M9034 V3226 • M9152 M9357 • PF1209 M9138 V1347 • M8994 P97 M9141 L1071 • M8945 M9136 • PF724 V2821 • M9126 • PF703 M9370 M9191 M9318 • PF1039 M9327 M9105 M8959 • PF198 M8983 • PF230 M9068 M9352 • PF1100 M9179 M9244 M9209 M9042 Y6870 PF1405 • V216 • M8953 PAGES00024 • M9160 M9343 • PF1084 M9334 M9003 V64 • PF1412 V2352 • L1062 • PF302 M9266 • PF946 M8976 • PF215 V202 • PF1404 M8985 • PF232 M9405 M9360 M9074 M8993 M9146 M9112 M9225 • PF868 V1730 • M9017 • PF282 M9193 L440 Y1546_2 V31 • L413 • PF1409 V29 • PF1408 M8971 M9302 V2397 • M9032 • PF304 M9393 M42 L438 M8955 • PF12 M9425 M9189 M9130 • PF708 M9107 M9015 V2000 • M9025 L418 M9075 M8960 • PF200 M9094 • PF671 M9219 • CTS7503 PAGES00026 • M9336 M9115 • PF687 M8988 M9290 • PF989 M9192 M9176 V3601 • M9267 • PF948 V3304 • M9257 V2318 • M9030 M9169 M9195 M9284 M9011 L971 M9420 M9331 • PF1057 M9217 • PF857 M9319 M9001 M9216 V3998 • M9288 • PF985 M8999 PF601 M9286 V3297 • M9255 • PF925 M9304 V3037 • M9143 • PF732 M9228 V3002 • M9140 M9039 M9353 M9280 L1061 • PF1101 M9077 M9020 • PF287 M9180 V3916 • M9283 • PF973 M8979 • PF226 M9315 • PF1033 M91 M9367 M9111 M9165 M9100 L977 M9199 • PF834 M9121 M9376 M9236 M9272 M9248 M9245 M9210 M9016 M9348 • PF1093 M9182 PF1406 • V102 M9215 • PF847 M9089 • PF653 V59 • PF1411 V187 • PF1403 M9317 M9260 M9235 • PF886 M9004 • PF270 M9125 M9043 M9056 M9344 M9368 M9325 • PF1052 M9066 M9087 L1220 • M9212 M9234 • PF885 M9285 M9296 V1456 • M9000 V2656 • PAGES00081 • M9118 M9131 V3347 • M9261 • PF931 M9390 • PF1262 V3032 • M9142 • PF731 M9166 • PF785 M9408 • PF1296 M8956 • PF14 M9335 • PF1060 M9306 M9323 • PF1050 M8977 M9006 M9404 M139 M9095 M9050 V4007 • M9289 • PF988 M94 • PF1081 M8973 • PF211 V3795 • M9277 M9303 M9301 • PF1015 M9258 M9175 V3357 • M9262 • PF932 M9417 M9128 M9224 L962 M9347 V1506 • M9005 V3904 • M9282 M9080 M9253 • PF914 V1015 • M8947 M9156 • PF764 M9400 • PF1284 M8957 V4130 • M9295 • PF1000 M9065 • PF351 L604 • PF1243 M9421 M9374 • Z4690 M9076 V2760 • PF699 • M251 • M9122 M9151 M9300 M9270 • PF952 M9139 M9163 • PF777 M9218 • PF860 M8970 • PF208 M9362 M9239 M9109 M9263

CT M5745 • CTS8608 M5708 Y1819_2 M5687 • CTS5019 Y1569 M5589 • PF212 PF1415 • V226 • M5603 Y1510 M5688 M5657 Y1544_1 M5751 • PF937 M5608 • PF258 M5821 • PF1269 M5651 • CTS1996 Y1441 M5743 • CTS8542 M168 • PF1416 M5588 • PF210 V2824 • M5671 • CTS3662 • PF704 M5593 M5810 • CTS11408 Y1508 M5699 • PF803 PF1016 M5753 • CTS9458 • PF947 Y1528 Y1581 Y1511 M5752 • CTS9296 V1863 • M9022 M5742 • PF904 Y1446 M5781 • PF1040 PF110 Y1575_1 Y1475 M5661 • CTS2842 M5786 • PF1061 Y1490 M5769 • PF996 Y1498 M5785 M5724 • PF866 M5777 Y1828 M5775 Y1482 M5609 M5718 • CTS7257 M5726 M5707 • CTS6383 Y1544_2 M5780 L1028 • CTS4368 • M5680 M5716 • PF840 M5759 M5725 • CTS7741 • PF867 Y1485 Y1507 M5738 M5798 PF1418 • V52 • M5721 M5732 • CTS8089 Y1503 M5660 Y1531 V3648 • M5760 • PF954 M5811 • PF1238 Y1571 M5613 M5692 M5683 • CTS4650 M5805 • PF1227 M5768 Y1489 V1494 • M5615 • PF269 Y1817 Y1509 M5584 • CTS543 • PF206 M5715 • CTS6907 • PF833 PF192 Y1505 M5670 • CTS3460 Y1452 M5587 Y1579 M5819 M5597 • CTS1217 Y1448 M5803 M5747 Y1471 M5600 Y1455 V1052 • M5576 • CTS125 Y1496 Y1460 V3623 • M5754 M5686 Y1546_1 Y1585 M5647 Y1465 M5717 • PF844 M5825 M5791 • PF1080 Y1464 M5617 • PF274 Y1574 M5630 M5614 • PF266 M5629 V3641 • M5757 • CTS9555 Y1494 Y1567 M5648 Y1594 Y1578 M5817 M5830 • CTS12633 • PF1329 M5606 • PF256 Y1450 M5831 Y1488 M5795 M5813 M5712 Y1504 M5772 • CTS10512 V3642 • M5758 • CTS9556 V3310 • M5748 • CTS8980 • PF928 M5801 V4106 • CTS10362 • PF998 • M5770 M5607 M5808 • CTS11358 M5665 • CTS3216 M5636 Y1457 Y1524 M5784 • PF1059 Y1474 M5656 M5621 M5616 • PF272 V1431 • M5612 Y1492 M5720 • CTS7482 Y1480 Y1521 M5746 • CTS8709 M5578 M5767 • CTS10110 Y1527 M5641 M5796 • PF1097 V3337 • M5750 • CTS9014 Y1470 M5832 • PF1333 M5723 • PF862 CTS5457 M5741 M5653 • CTS2077 • PF657 M5590 • PF216 M5598 M5697 • CTS5746 M5800 • PF1203 Y1589 PF1413 • V189 • M5577 M5762 • CTS9722 Y1568 M5705 • CTS6327 • PF811 PF500 Y1506 Y1593 M5809 • PF1237 V1043 • CTS109 • M8948 Y1552_2 M5713 • CTS6800 Y1502 M5618 Y1538 V2216 • M5633 M294 M5776 • PF1029 V3858 • PF970 M5794 • PF1092 M5711 • PF821 Y1587 M5602 • PF246 Y1467 M5802 V2901 • M5675 • PF719 M5783 V3908 • M5766 V1325 • M5605 M5591 • PF223 Y1497 Y1599 Y1819_1 Y1473 M5816 • CTS11827 M5698 • PF796 Y1525 Y1559_2 M9150 • PF750 M5797 • PF1098 M5649 PF342 Y1454 Y1438 Y1447 V2175 • M5632 M5709 M5662 PF1414 • V9 • M5585 V3758 • M5764 • CTS9828 • PF964 Y1491 Y1476 M5601 Y1472 M5765 M5628 Y1495 M5611 • PF263 Y1461 M5689 M5626 PF1276 M5700 • CTS6252 M5642 V4162 • M5771 M5599 • PF234 Y1456 M5722 • CTS7517 M5594 • CTS1109 Y1443 M5582 • CTS401 • PF202 M5736 • CTS8243 • PF891 M5730 Y1586 Y1573 Y1518 M5814 M5788 V3808 • Y1539 M5739 • PF898 PF1417 • V41 • M5695 Y1591 M5659 • PF667 M5645 M5729 • CTS7936 M5691 • PF779 M5822 M5664 • CTS3120 • PF683 Y1462 V3317 • M5749 M5778 • PF1031 M5681 PF1420 • V55 V1401 • M5610 M5650 V1653 • M5625 Y1440 Y1791 M5737 • PF892 Y1580 Y1590 M5706 • PF815 Y1577 M5792 • PF1088 M5678 • PF725 Y1514 Y1559_1 M5622 Y1469 M5826 M5620 CTS11575 • PF1245 M5583 • CTS423 V3728.1 • M5763 • CTS9760 • PF961 M5640 • PF318 M5714 • CTS6890 M5790 V1878 • M5631 • PF292 M5719 • PF850 M5652 • PF652 Y1483 M5627 Y1451 M5639 Y1444 M5684 • CTS4740 • PF751 M5782 • PF1046 M5694 • CTS5532 Y1458 M5735 • CTS8166 M5690 • CTS5318 Y1449 M5679 • CTS4364 M5638 • PF316 M5624 P9.1 • P9 M5728 • CTS7933 M5676 • PF720 Y1526 M5818 • CTS11991 M5682 M5812 V1540 • M5619 • PF278 PF15 M5669 • CTS3431 M5727 • CTS7922 • PF875 M5595 • CTS1181 M5774 M5804 • CTS10946 Y1537 M5756 • PF951 M5646

CF M3711 • CTS6376 • PF2697 P143 • PF2587 CTS3818 • PF2668 • M3690 V3489 • PF2723 • M3727 • F2841

F PF2651 • F1704 • M3675 Y1812 L498 • PF2707 • M3717 CTS4969 • PF2682 • M3700 PF2743 • M3747 Y1810 PF2615 • M3652 PF2756 CTS11819 • PF2766 • M3761 M213 • P137 • PF2673 • PAGES00038 P316 • PF2696 M3771 • CTS12632 • PF2775 M3693 • CTS4139 • PF2672 YSC0001298 • PF2620 • F1302 • M3656 Y1805 PF2744 • M3748 PF2653 • F1714 • M3677 P138 • PF2655 PF2639 M3696 • CTS4443 • PF2677 PF2611 • M3647 PF2608 PF2660 • F1767 • M3683 M3692 • CTS3996 • PF2671 L468 • PF2689 • M3703 PF2588 • M3635 • CTS71 M3640 • CTS540 • PF1506 CTS2041 • PF2652 • M3676 M3687 • CTS3195 • PF2664 L929 • PF2605 • M3643 PF2740 • M3744 CTS3536 • PF2666 • M3688 V1644 • L313 • PF1426 • M3651 PF2739 • M3743 P151 • PF2625 M3728 • CTS9280 • PF2724 M3756 • CTS10983 • PF2760 CTS7981 • PF2710 PF2601 • M3641 • CTS608 M3720 • CTS8014 • PF2711 CTS5432 • PF2687 • M3702 PF2592 PF2637 • M3672 P158 • PF2706 CTS1468 • PF2607 • M3644 PF2742 • F3254 • M3746 L882 • PF2745 • M3749 CTS10290 • PF2735 • M3739 M3730 • CTS9372 • PF2725 CTS11726 • PF2765 P166 • PF2702 CTS12138 • PF2774 • M3770 PF2718 • F2710 • M3723 PF2729 • F2964 V3940 • PF2732 • F2993 • M3737 M3706 • CTS5948 • PF1695 L352 • PF2728 • M3734 F3561 • M3766 Y1808 PF2630 • M3664 PF2593 P161 • PF2719 CTS3868 • PF2669 PF2700 • F2402 • M3714 PF2737 • F3136 • M3741 P163 • PF2686 M3729 • CTS9317 • PF1767 M3689 • CTS3654 • PF2667 CTS12027 • PF2768 • M3763 P160 • PF2618 Y1799 Y1807 P14 • PF2704 L1074 • CTS4267 • PF2674 • M3694 L851 • CTS11821 • PF2767 • M3762 PF2647 P140 • PF2703 PF2612 • M3648 M3718 • CTS7878 F3556 • M3765 • PF1914 Y1809 CTS4557 • PF2679 • M3698 PF2629 • M3663 V3268 • PF2683 • F2048 • M3701 PF2747 • M3750 PF2688 • F2142 V2513 • L543 • PF2663 • M3686 P159 • PF2717 PF2609 • M3645 P135 • PF2741 CTS11150 • PF2761 • M3758 P157 • PF2771 CTS1932 • PF2650 • M3674 CTS6135 • PF2693 • M3708 PF2736 • F3111 • M3740 M235 • PF2665 • PAGE80 P187 • PF2632 PF2627 • M3661 P139 • PF2698 M3732 • CTS9456 • PF1438 M3731 • CTS9418 • PF2726 M3712 • CTS6542 • PF2699 PF2594 V1990 • YSC0001297 • F1209 • M3654 M3725 • CTS8985 • PF2721 L350 • PF2692 • M3707 CTS9534 • PF2727 • M3733 PF2750 • M3753 Y1811 V3919 • PF2731 • F2985 • M3736 Y1802 Y1758 M3699 • CTS4737 • PF2680 F3512 • PF1911 P148 • PF2734 Y1820 PF2628 • M3662 PF2590 • V205 • M3638 F3584 • M3768 • PF1916 Y2888 F773 P149 • PF2720 V1597 • PF2614 • F1089 • M3649 M89 • PF2746 CTS11370 • PF2763 • M3759 V3900 • L470 • PF2730 • M3735 PF2591 • M3639 M3721 • CTS8467 • PF2715 P133 • PF2636 Y4457 PF2589 • V186 • M3637 V1029 • F719 • M3636 Y1800 PF2600 CTS2097 • PF2654 • M3678 PF2631 • M3665 F3692 • M3650 PF2713 PF2598 P136 • PF2762 L132.1 • L132 • L132.2 • PF1437 M3713 • CTS6843 • PF1720 CTS5750 • PF2691 • M3705 V1355 • YSC0001295 • PF2610 • F1046 • M3646 M3716 • CTS7301 • PF2705 P142 • PF2604 CTS7002 • PF2701 • M3715 PF2613 CTS5264 • PF2684 V2194 • PF2619 • F1285 • M3655 P141 • PF2602 M3724 • CTS8638 PF2621 • F1320 • M3657 PF2758 • F3335 • M3754 P146 • PF2623 PF2772 • F3616 • M3769 P134 • PF2606 M3666 • PF1580 P145 • PF2617 PF2749 • M3752 PF2616 • F1149 • M3653 Y1813 M3682 • CTS2480 • PF2659

GHIJK M3684 • CTS2569 • PF2661 M3680 • CTS2254 • PF2657 M3773 • CTS12673 V2308 • YSC0001299 • PF2622 • F1329 • M3658

HIJK PF3494 • F929 • M578

IJK L16 • M522 • S138 • PF3493 V1438 • YSC0001319 • PF3497 • M2684 L15 • M523 • S137 • PF3492 • Z4413 PF3500 • M2696 V1295 • PF3495 • F3689 • M2682 • Y2571

K P132 • PF5480 PF5500 • F2548 • M2692 L819 • CTS4265 • PF5494 • M2686 V3169 • PF5495 • F2006 • M2688 PF5470 M2352 • CTS2071 • PF5489 YSC0000055 • PF5459 • M2348 P131 • PF5493 M9 • PF5506 L469 • PF5499 • M2689 PF5469 • V104 PF5488 • M2351 V4038 • PF5503 • F3026 • M2694 P128 • PF5504 YSC0000222 • PF5505 • L1346 • M2695 CTS9278 • PF5501 • M2693 CTS10976 • PF5509 • M2698

K(xLT) M526 • PF5979

MP-M1205 PF5852 PF5969 L405 • PF5990 P331 • M1221 • YSC0000186 • PF5911 M1205 • CTS2019

P P237 • PF5873 CTS12028 • PF5977 • M1272 F313 • M1219 YSC0001257 • CTS1907 • PF5894 • M1204 M1235 • CTS7604 • PF5928 M45 • PF5962 L741 • PF5960 • YSC0000297 PF5849 Y503_1 M1270 • CTS11173 • PF5974 M1149 • CTS10168 • PF6061 P235 • PF5946 PF5878 • M1194 PF5985 PF5945 • F524 • M1248 PF5991 • F4 • M1183 M1228 • CTS5884 • PF5917 V1809.1 • PF5872 • M1192 CTS3316 • M1209 CTS5808 • PF5915 • M1226 Y451 PF5854 PF5914 • F332 • M1224 Y272 M1264 • YSC0000227 PF5483 PF5871 • M1190 92R7_1 PF5886 • M1199 P228 • PF5927 Y44 • M1207 M1244 • CTS9604 PF5975 • F640 • M1271 CTS6948 • PF5922 • M1231 V2974 • L779 • PF5907 • YSC0000251 V1195 • PF5861 • F83 • M1185 YSC0001285 • CTS5673 • PF5497 • M1225 P230 • PF5925 CTS3775 • PF5906 • M1214 L768 • PF5976 • YSC0000274 PF5848 PF5964 • M1263 P283 • PF5966 PF5958 • M1160 P226 • PF5879 P295 • S8 • PF5866 CTS3736 • PF5905 • M1213 PF5892 • M1202 CTS1518 PF5876 • M1193 PF5901 • F1857 • PAGES00083 • PAGE83 PF5951 • F556 Y448 PF5461 PF5993 • Z1244 V231 • PF5862 • F91 PF5891 PF5881 • F180 • M1196 Y444 PF5956 • M1259 Y45 • M1208 CTS3697 • PF5904 • M1212 M1186 • YSC0000279 • PF5864 V2979 • M1216 • YSC0000176 • PF5908 V1651 • PF5870 • F115 • M1189 P243 • PF5874 L82 • PF5972 Y503_2 PF5994 V3529 • F506 • PF5940 • M1243 • YSC0000966 M1240 • YSC0000205 • PF5936 PF5916 • F344 • M1227 L721 • PF6020 PF5887 V3732 • M1246 • YSC0000270 • PF5943 PF5882 CTS5418 • PF5912 • M1222 Y455 PF5846 • M1184 • CTS216 V1079 • PF5845 • CTS196 PF5954 • M1256 PF5970 Y269_1 PF5984 • F680 • M1275 PF5944 • F521 • M1247 P282 • PF5932 PF5957 • M1260 PF5867 CTS7886 • PF5929 • M1236 Y450 V3240 • M1218 • CTS4944 • PF5909 P284 L781 • PF5875 • YSC0000255 PF5850 PF5888 P244 • PF5896 • P244.1 • P244.2 P240 • PF5897 L1185 • CTS9162 • PF5937 • M1241 PF5869 • M1188 PF5971 PF5978 • F647 • M1273 CTS3358 • M1210 • PF5899 Y456 CTS12299 • PF5987 P69 Y447 PF5885 • F212 • M1198 PF5883 • M1197 L268 • PF5983 P27.1_1 • P207 • P27.2_1 PF5853 L138 PF5855 PF5880 • M1195 Y446 V4004 • PF5949 • F536 • M1251 Y1403 M1269 • CTS10859 P281 • PF5941 PF5980 • F653 Y458 Y483_1 M74 • N12 • PF5963 PF5851 L536 • PF5860 L471 • PF5989 P239 • PF5930 PF5955 • M1257 PF5981 • F671 • M1274 PF5982 L821 • PF5857 • F29 • M5579 PF5471 PF5473 M1250 • CTS10085 • PF5948 M1109 • CTS4437 CTS3813 • PF5491 • M1215 PF5865 • M1187

R M732 • CTS8311 • PF6055 CTS3622 • PF6037 YSC0000201 • PF6057 • M734 • S4 P227 P280 • PF6068 Y453 M696 • CTS5815 • PF6044 P232 P224 • PF6050 YSC0000232 • M789 • L1225 • PF6076 P285 • PF6059 CTS2913 • PF6034 • M667 V2573 • YSC0001265 • CTS3229 • PF6036 • M672 PF5953 • M764 M207 • UTY2 • PF6038 • PAGES00037 V3466 • CTS9200 • PF5938 Y457 YSC0000233 • PF6077 • L1347 • M792 Y480 P229 • PF6019 Y472 • F47 • M607 • PF6014 • S9 M795 • CTS11075 • PF6078

R-Y482 M799 • PF6079 • YSC237 PF6040 • YSC179 PF5919 • F356 • M703 Y482 • PF6056 • F459

R1 M813 • CTS12618 • PF6089 L875 • PF6131 • YSC0000288 • M706 M730 • CTS8116 • PF6138 P231 P236 • PF6137 M717 • CTS7122 • PF6135 P245 • PF6117 P233 • PF6142 PF6146 M173 • P241 • PF6126 • PAGES00029 Y464 • PF6008 PF6069 M781 • PF6145 PF6073 P286 • PF6136 CTS3321 • PF6125 • M673 CTS2680 Y305 • PF6031 Y512 Y290 • F211 PF6118 • M640 M812 • CTS12546 • PF6088 PF6110 PF6011 M663 • CTS2565 • PF6122 V1478 • PF6116 • F102 • M625 P234 • PF6141 YSC0000230 • L1352 • M785 PF6133 • F378 • M711 Y465 V1356 • PF6114 • F93 • M621 P242 • PF6113 P294 • PF6112 F132 • M632 M643 PF6119 M748 • YSC0000207 PF5477 • F28 CTS3123 • PF6124 • M670 M306 • S1 • PF6147 Y459 P225 • PF6128 P238 • PF6115 M714 • CTS7066 • PF6049

R1b M343 • PF6242

R1b1 L278 M415 • PF6251

R-L389 L389 • PF6531

R1b1a L320 • PF6092 P297 • PF6398

R1b1a2 PF6410 • M520 L265 • PF6431 M269 • PF6517 YSC0000269 • PF6475 • S17 S3 • PF6485 S10 • PF6399 L1063 • CTS8728 • PF6480 • S13

Chaque « code » comme P108 (voir haut de l’arbre A1b) est le nom d'un SNP, c'est à dire une mutation. Comme il y a de nombreux laboratoires et que chacun donne des noms, ceux qui ont à charge de dresser les arbres Y sont obligés à une gymnastique de mise en parallèle des noms qui représentent une seule mutation et ici de tels groupes sont repérés par un souligné avec un [ ] entre les noms signifiants la même chose. Donc, ci-dessus, dans L1063 • CTS8728 • PF6480 • S13 les 4 noms sont pour un seul et même SNP. (et sera compté comme 1 seul SNP dans les comptes qui vont suivre).

Tous les SNPs d'un séquençage ne sont pas montrés ici car la partie récente (en bas) est encore mal dégrossie. J'ai arrêté l'arbre au SNP M269 qui est porté par, environ, la moitié des européens dans les pays de l'ouest de l'Europe comme la France. Donc, en France, un homme sur deux a un tel arbre et sa différence avec les autres français (aussi M269) est dans la partie (plus bas) non montrée ici. Je rappelle que toutes ces mutations sont « neutres », c'est à dire que ce ne sont que des changements de l'ADN que le séquençage permet de trouver mais il n'y a PAS de caractère visible associé. Du haut de l'arbre à M269 il y a environ 1000 SNPs. Un séquençage plus approfondi permettrait d'en trouver davantage pour la même partie de l'arbre mais il y a déjà suffisamment de SNPs pour comparer entre différentes branches et aussi, les différentes parties de la branche, ici R1b-M269 , étudiée. Il s'agit donc d'une connaissance encore « relative » mais déjà utilisable.

L'origine d'Homo sapiens est estimée (par les fossiles connus) vieille de 160 000 ans à 180 000 ans environ. J'ai pris 170 000 ans et comme le nombre total de SNPs, si je n'avais pas coupé à M269, est de l'ordre de 1200 SNPs (donc jusqu'à aujourd'hui) cela correspond à une profondeur de t = 140 ans en moyenne entre 2 SNPs. Sur cette base nous allons entreprendre une lecture de l'arbre Y depuis la racine de l'arbre : les débuts d'Homo sapiens.

La racine de l'arbre Y est, en fait, bien plus complexe, et, ici aussi j'ai simplifié : voici la racine de l'arbre Y telle que décrite en 2013 :

Racine (Y-Adam)


A00 AF4, AF5, AF6/L1284, AF7, AF8, AF9, AF10, AF13, L1086, L1087, L1088, L1091, L1092, L1094, L1096, L1097, L1102, L1103, L1104, L1106, L1107, L1108, L1109, L1110, L1111, L1113, L1114, L1115, L1117, L1119, L1122, L1126, L1131, L1133, L1134, L1138, L1139, L1140, L1141, L1144, L1146, L1147, L1148, L1151, L1152, L1154, L1156, L1157, L1158, L1159, L1160, L1161, L1163, L1233, L1234, L1236


A0-T AF3, L1085, L1089, L1090, L1093, L1095, L1098, L1099, L1101, L1105, L1116, L1118, L1120, L1121, L1123, L1124, L1125, L1127, L1128, L1129, L1130, L1132, L1135, L1136, L1137, L1142, L1143, L1145, L1150, L1155, L1235


• • A0 L529.2, L896, L982, L984, L990, CTS2809/L991, L993, L995, L997, L998, L999, L1000, L1001, L1006, L1008, L1010, L1012, L1016, L1018, L1055, V148, V149, V154, V164, V165, V166, V167, V172, V173, V176, V177, V190, V196, V223, V225, V229, V233, V239


• • A1 L985, L986, L989, L1002, L1003, L1004, L1005, L1009, L1013, L1053, L1084, L1112, L1153, P305, V161.2, V168, V171, V174, V238, V241, V250


• • • A1* -


• • • A1a M31, P82, V4, V14, V15, V25, V26, V28, V30, V40, V48, V57, V58, V63, V191, V201, V204, V215


• • • A1b P108, V221


• • • • A1b* -


• • • • A1b1 L419/PF712

Les groupes A sont africains, ce qui va dans le sens d'une origine lointaine en Afrique, comme les fossiles tendent à le confirmer. On trouve les haplogroupes A0 chez les Boschimans (voir le film « les dieux sont tombés sur la tête ») ; ceux qui parlent des langues à clic. L’ancêtre commun avec un européen aurait donc vécu il y a 170 000 ans environ. Je rappelle que je ne montre ici que la branche R1b, européenne : il y a un arbre tout aussi complexe qui mène de la racine aux Boschimans actuels, avec autant de mutations.

Seule la branche BT va nous intéresser ici mais je voulais montrer la diversité de branches parmi les populations africaines. Les parties en jaune sont celles identifiées récemment. La branche BT (tout en bas) est celle d'où sont issus TOUS les non africains et certains pygmées (haplogroupe B).

Avec [BT] on voit apparaître une structure typique de l'arbre Y : un paquet de SNPs ; ici il y en a 353 mais on connaît davantage de SNPs pour cette partie de l'arbre ; j'ai voulu maintenir la cohérence entre les parties de l'arbre pour permettre des comparaisons. Que signifie ce paquet de 353 SNPs ? 353 SNPs avec 140 ans entre chaque SNPs, cela fait une période de 50000 ans (environ) entre il y a 170000 ans et 120000 ans. A noter qu'il y a eu un pic de température entre -130 000 ans et -115 000 ans environ. ; il s'agit donc d'une période de grands changements dans l'environnement et les ressources. Difficile de savoir où se trouvait le groupe BT mais il faut comprendre qu'on nomme [BT] le nœud de l'arbre qui précède la scission en d'une part un groupe B, africain, beaucoup représenté chez certains Pygmées, et la racine de tous les groupes non africains, nommée [CT] pour indiquer : de C à T. Une origine africaine est plausible mais les fossiles indiquent que l’homme moderne était en Israël / Palestine dès cette époque et on peut envisager un positionnement déjà hors d’Afrique mais pas trop loin pour expliquer qu’avec la chute des températures il y ait eu scission et une partie du groupe qui deviendra l’haplogroupe B retourne en Afrique.

Chaque SNP a été un embranchement possible mais ceux portant la forme ancestrale, non mutée, ont disparu. Il faut bien se figurer le processus : au départ le groupe n'a aucune des mutations ; survient la première, on ne sait pas laquelle c'est mais admettons que ce soit V2952 premier de la liste, le groupe a un individu V2952 et tous les autres (hommes) encore sans aucune des mutations BT. Le groupe devient V2952 par dérive génétique, ce qui implique une petite taille et pas de séparation ; et ainsi de suite sur 353 mutations ! En pratique, pour que cela se réalise il faut un « goulot d’étranglement », c’est-à-dire une période où les conditions sont tellement difficiles que le groupe a failli disparaître et a été réduit à très peu d’individus. A ce moment, l’homme aillant la succession de mutations maintenant connues comme celles de [BT] a eu une descendance mâle qui a envahi le groupe. Les simulations montrent que ceci se produit dans un petit groupe ayant en moyenne 2 enfants (un garçon , une fille, en moyenne) et où les fluctuations (2 garçons ou 2 filles) font qu’une seule lignée mâle se maintient. La scission a ensuite déterminée une évolution différente du groupe revenu en Afrique devenu l’haplogroupe B et le reste du groupe et s’appelle pour l’instant [CT].

Le groupe B fortement représenté chez certains Pygmées, se sépare de ce qui deviendra la racine de tous les « non africains » (mais aussi de nombreux africains). Là encore, il y a tout un arbre complexe B, non montré ici. Il y a 120000 ans une coupure majeure s'effectue donc et il a été proposé (Dienekes Pontikos sur son blog) qu'il y a eu coupure géographique dès cette date ancienne avec passage de la fraction [CT] en péninsule arabique, alors plus humide qu'aujourd'hui. Je trouve cette proposition intéressante mais il y a d’autres sites possibles. En rapport avec l’évolution après la phase [CT] (voir plus loin) une localisation aussi à l’Est que le bassin de l’Indus me paraît plausible. En tout état de cause une sortie « précoce » d’Afrique paraît cohérente avec le devenir non africain de la grande majorité de la descendance (voir discussion [DE] qui suit) et le goulot d’étranglement marqué lors de la chute des températures peut aussi être en relation avec un positionnement plus au nord (plus froid) qu’en Afrique. Un positionnement pas trop au nord et plutôt proche de la côte (voir plus loin le devenir [DE]) est le plus probable.

Le même calcul que précédemment pour le « paquet » de SNPs correspondant à la phase [CT] aboutit à une durée de 45000 ans, soit une phase s'étalant (j'arrondis) de -120000 ans à -75 000 ans. Une réorganisation majeure intervient il y a 75 000 ans et la correspondance de cette date avec l'éruption du mont Toba, déjà discutée sur ce blog, ne peut pas être une simple coïncidence. La date de l'éruption serait d'il y a 73000 ans +/- 4000 ans. Sachant que les dates présentées ici ont aussi une marge d'erreur substantielle, on est donc sur la même datation. Parmi les SNPs définissant [ CT ] il y a M168, le premier identifié et à l'origine de la théorie dite « out of Africa » car tous les descendants hors d'Afrique proviennent des « survivants » de ce groupe ; il ne s'agissait donc pas d'un seul marqueur (M168) mais de tout une flopée. Il est aussi important de considérer la suite. Après [ CT ], il y a scission en 2 grand groupes : [DE] et [CF]. L'idée, déjà développée sur ce blog, est qu'il y a eu 2 grandes voies de migration : [DE] par le sud et la voie côtière, sans doute au moyen d'embarcations rudimentaires permettant une sorte de cabotage le long des côtes ; [CF] toujours sur le même positionnement ou à peu près. En fait, une adaptation de ce scenario donne ceci : le groupe [CT] a commencé une expansion et il se pourrait que [DE] en contournant la péninsule indienne ait atteint le delta du Gange avant l'éruption du mont Toba, d’une part et en suivant la côte de la péninsule arabique ait peuplée la région proche de la corne de l’Afrique. L'éruption a dévasté les populations proches (toute l'Inde du sud en particulier), coupant le groupe [DE] en 2 isolats qui ne se retrouveront jamais : des survivants [DE] au nord Est de l'Inde et des survivants vers la corne de l'Afrique où les conséquences de l'éruption ont été moindres. A partir de ce moment, l'évolution séparée a conduit le groupe « oriental » vers D et la migration vers l'Est reprenant, ce groupe est allé au moins jusqu’au japon où une part de la population est encore de l'haplogroupe D, alors que le groupe revenu vers l’Afrique a évolué, dans la région de la corne de l'Afrique vers le groupe E qui a eu une très grande expansion en Afrique et, à partir de l'Egypte a été à l'origine d'importantes migrations néolithiques en direction de tout le pourtour méditerranéen ; les Berbères sont majoritairement E-M81. Le lointain cousinage avec le Japon est resté jusqu’à ce jour une énigme et je trouve l'explication ci-dessus très satisfaisante indiquant que l’éruption du mont Toba a eu un rôle structurant sur l’évolution humaine. On peut ajouter que des individus [DE] ont été identifiés au Tibet, une zone refuge manifestement pour d'anciennes populations ; on n'a pas retrouvé de |DE] en péninsule arabique, un territoire où il est plus difficile de se cacher et devenu beaucoup plus sec.

En continuant l'analyse de l'arbre on constate que [CF] évolue rapidement en 2 groupes qui ont connu chacun une grande expansion : C et F. Un mot sur le groupe C qui n'est pas la branche décrite ici : les aborigènes d'Australie sont originellement d'une branche de C (C4) alors que les certains Mongols comme le fameux Gengis Kahn était C3, juste pour indiquer l'étendue : ce fut une première vague migratrice sur toute l'Asie, ensuite « chassée » par les néolithiques du riz.

La branche F est à l'origine de la plupart des groupes peuplant aujourd'hui l'Europe et l'Asie car les néolithiques (entre autres) sont issus de cette branche. On constate que le groupe F a eu une longue période d'adaptation que le calcul établit à 23000 ans. Donc d'il y a 75000 ans à il y a 52 000 ans une longue phase d'évolution dans un nouvel environnement. Je rappelle que la localisation dans le bassin de l'Indus est hypothétique mais le temps d'adaptation requis indique un gros changement et une nouvelle adaptation.

Ce qui est nouveau et frappant à partir de F c’est le foisonnement de branches issues de F. Récemment l’analyse ADN d’ossements datés de -47000 ans et appartenant à l’une des branches qui sont issues de F à partir de -50000 ans, a montré une proportion d’ADN Néandertalien plus élevée que ce qu’on observe dans le populations actuelles, indiquant que l’apport d’ADN Néandertalien est proche de -47000 ans car ensuite « diluée » dans le reste de la population. On peut envisager que cet ADN Néandertalien ait permis de supporter des températures plus froides. Il est possible aussi que la chasse au Mammouth ait été apprise. Toujours est-il que la limite inférieure de F , plutôt que liée à un changement climatique peut s’interpréter par l’importance d’un apport Néandertalien : dans le petit groupe où cet apport a eu lieu, un seul homme a vu sa descendance mâle « envahir » le reste du groupe et ceux-là seul ont survécu. Ensuite, c’est l’émergence de rameaux successifs : à partir de ce moment (entre -50000 et -45000) l’homme moderne prend le dessus et remplace l’homme de Néandertal partout. C’est le fait majeur, un peu paradoxal.

Parmi les branches issues de F le groupe K, toujours probablement aux alentours du nord de l'Inde, se séparent en L, T et [MP] qui ont évolué autour de la zone indienne. Le groupe P émerge il y a environ 50000 ans et connaît une nouvelle longue phase d'adaptation dont la durée serait de 19000 ans. On considère donc la période s'étalant d'il y a 50000 ans à il y a 31000 ans. C'est vers cette époque qu'apparaissent les premières traces graphiques et statuettes et cela définit le début du paléolithique supérieur. C'est, en Europe, vers cette époque que Neandertal recule et laisse la place à l'homme moderne (entre 45000 et 35000 ans) mais il semble que P était bien plus à l'Est. Pour se le figurer il faut envisager l’origine MP. La branche M est aujourd’hui caractéristique des Papous de Nouvelle Guinée. Si cette branche a eu une migration sud, peut être biaisée aujourd’hui par la pression ultérieure des cultivateurs de riz, il faut quand même que le groupe MP ait été plus proche de l’Indonésie, peut être entre le delta du Gange et l’Indochine, et le groupe P aurait évolué vers le nord. En effet, le groupe P évolue en R et Q, or l'haplogroupe Q a ensuite (pour une partie du groupe) migré en Amérique où il est de loin le groupe le plus fréquent parmi les amérindiens. On a aussi trouvé des traces du groupe R à la limite entre Chine et Afghanistan et il est possible que leur mode de vie ait inclus le Mammouth au repas. Pour continuer la description du groupe R j'ai choisi de prendre une autre base que l'arbre Y que celle suivi jusqu'à présent et cohérente pour R et R1..

Le schéma ci-dessus résume l'histoire du groupe R1 et de ses 2 composantes R1a et R1b. En bleu sont indiqués les comptes de SNPs que je prends comme base de calcul. Je choisis cette base parce que trop d'arbres sont encore incohérents sur le nombre de SNPs pour les différentes branches dans les parties récentes. Ici les branches R1b et R1a différent peu. A partir de P et jusqu'à R1b-M269 le nombre de SNPs est de 179, soit une période de 25000 ans qui s'étend d'il y a 31000 ans à il y a 6000 ans. Entre temps il y a eu la période glaciaire commençant il y a environ 24000 ans, précisément le moment où les 2 groupes R1a et R1b se seraient individualisés. Il y aurait eu séparation par le froid en 2 zones distinctes et une évolution séparée a commencé. Les 2 zones de survie ne sont pas connues.

Les 6000 ans ne peuvent pas être précis. Une différence de 3000 ans, tout à fait dans la marge d’erreur porterait cette dernière date à 9000 ans, plus en accord avec les estimations obtenues par d’autres approches ; c’est la limite actuelle de l’approche SNP. Les phases récentes sont encore hors de portée mais les progrès du séquençage devraient fournir des résultats avec davantage de SNPs au total, permettant une lecture plus fine (plus précise) et ainsi une meilleure appréhension des phases plus récentes comme le peuplement de l’Europe par R1b-M269 déjà discutée sur ce blog.

Pour conclure, l’étude SNPs telle que décrite ici indique que l’origine africaine commune est sans doute bien plus ancienne que ce que les premières théories « out of Africa » indiquaient. La taille de la population hors d’Afrique est longtemps restée faible sinon on n’aurait pas tous ces blocs de SNPs comme discuté dans cet article, ce qui a sans doute aussi favorisé l’émergence de caractères bien spécifiques. Nous avons aussi vu que l’histoire du groupe [DE] revisitée suggère un rôle important de l’éruption du mont Toba. Enfin, l’ADN Néandertal serait la trace d’une évolution majeure précède la diffusion de l’homme moderne dans toute l’Eurasie, au détriment des populations Néandertal .

Une version en anglais de cet article est ici :

http://www.chezdidier.org/2014/12/e...

L'histoire enfouie dans notre ADN

 

 
Published by Didier
commenter cet article
14 mai 2014 3 14 /05 /mai /2014 17:03

[ J'ai  repris  l'article posté sous le titre « Pistes génétiques pour l'Indo-européen » non pas parce que de nouvelles études auraient infirmé le premier article mais mes idées sur le sujet se sont affinées avec la prise en compte de travaux qui souvent existaient déjà lors de la rédaction du premier article mais dont je n'avais pas connaissance et certains points importants ne peuvent plus être considérés comme hypothétiques. En particulier, je fais une place importante à un article de monsieur Franck Bourdier qui ne laisse pas de doutes sur le lien entre arrivée des R1bs en Europe et le développement de la métallurgie. Mon analyse empreinte aussi à David Anthony mais celui-ci n'a pas vu l'importance de la métallurgie et j'ai été déçu de voir que même dans des interventions récentes il fait mine d'ignorer les apports de la génétique. Surtout, je voulais exposer en détail la présentation de R1b comme une communauté ; les liens avec le moyen orient (avant) aussi bien qu'avec la culture Campaniforme et ses réseaux (après) s'expliquent plus facilement alors.]

 Lien vers l'article : http://www.chezdidier.org/article-pistes-genetiques-pour-l-indo-europeen-98815722.html

L'indo-européen est un concept linguistique a priori irréductible à la génétique, on ne peut pas  vraiment prouver qu'une population, un groupe génétique, est le pendant du regroupement identifié par les linguistes. Il s'agit donc de pistes et non de preuves  même si la carte de répartition de l'haplogroupe  R1a vaut bien des discussions IE  (Indo-Européen):

 

Fig. 1  A gauche : Domaine  R1a    -                                                                         A  droite :  Centum  et Satem

 300px-R1a1a distribution260px-Centum Satem map

On voit un groupe qui fait le pont entre l'inde et les pays slaves en passant par l'Iran. En Inde c'est le Sanskrit et les langues dérivées qui sont IE et l’idée  d'une origine unique est née de la comparaison avec, notamment, le vieux russe et les langues slaves. Ce sont des langues appartenant au même sous groupe, autrefois dites « Satem » alors que les autres langues sont du groupe « Centum ». Ces langues «Satem » sont le noyau des langues indo-européennes, et les langues du groupe Centum sont souvent considérées comme « satellites » quoique les linguistes pensent  aujourd'hui que la branche centum est antérieure à la branche Satem.

 On constate que l'Europe de l'ouest parle des langues du groupe Centum. La division Ouest Est recoupe à peu près exactement une division génétique : à l'ouest le groupe R1b et à l'Est le groupe R1a. Voici une carte du groupe des R1b d'Europe de l'ouest qu'on doit comparer à la carte R1a ci-dessus :

 

Fig. 2 :  Domaine  R1b

 Haplogroup R1b

  Lien vers le site : http://www.eupedia.com/europe/Haplogroup_R1b_Y-DNA.shtml#distribution

 

La complémentarité saute aux yeux ainsi que le fait que l'aire des langues IE suit  le domaine R1a/ R1b. A partir de là nous allons être amenés à retracer l'histoire des R1a et R1b telle que la génétique le permet aujourd'hui. Les 2 groupes sont issus d'un même groupe R1, la séparation daterait d'environ 22 000 ans lors du dernier pic de glaciation au moment où 2 groupes de R1 se sont retrouvés séparés par les conditions climatiques et ont  évolué séparément. L'histoire, qui pourrait être simple : [R1a Satem] et [ R1b Centum]  se heurte à une origine génétique trop ancienne par rapport à ce qu'attend la linguistique. Il faudra donc envisager un scénario plus complexe et commencer par suivre nos 2 groupes maintenant individualisés. Ce sera en fait le prétexte d'une histoire limitée aux 2 groupes génétiques les plus fréquents en Europe.

Petit rappel : on désigne par haplogroupe un groupe génétique défini par un marqueur porté par le chromosome Y (ou l'ADN mitochondrial). Le chromosome Y n'est présent que chez les hommes et un père le transmet à son fils, un peu comme on transmet un bâton de relai. Les mutations qui ont pu se produire sont transmises et caractérisent un haplogroupe. Ainsi, les R1 (voir ci-dessus) sont identifiables par la présence de la mutation M173. Les R1a ont en plus la mutation M420 alors que les R1b ont, en plus de M173,  M343. On dira qu'un R1a est M173+, M420+ et M343- alors qu'un R1b est M173+, M420- et M343+. Comme on le constate sur ce petit exemple on garde la trace de l’origine (ici R1-M173).
D'autres mutations sont intervenues par la suite aussi bien chez les R1a que chez les R1b, et ce sont ces nouvelles mutations qui permettent de suivre les groupes dans leurs pérégrinations car on retrouve des individus (petits groupes) laissés en route, témoins de passage. La première carte est celle des mouvements R1a, les phases les plus anciennes étant, bien entendu, les moins bien établies :
On suit le tracé en brun, puis en mauve ; dernière phase en rouge.


Fig. 3  :  Origine et migrations R1a 

Migration-R1a

 

L'origine est incertaine mais il est assez bien établi que le premier groupe R1a a circulé dans la région des plateaux Iraniens, puis vers 8000 av. JC  il migre vers le Caucase et peut être l'Anatolie. Le passage dans les Balkans (Europe) se fait à cette époque. Puis, ce groupe se répand dans toute l'Europe ; on n'est qu'au tout début du néolithique et les R1a ont des concurrents. Des Balkans le groupe est poussé plus au nord vers la Pologne actuelle mais aussi vers la zone Pontique. Peut être par contact les peuples de la zone Pontique vont développer la domestication du cheval. Plus tard, il y a de bonnes raisons d'associer les R1a à la culture  chalcolithique dite de la céramique cordée qui se développe en Europe du nord et repousse les autres peuples en progressant vers l'ouest. Cette progression vers l'ouest sera stoppée et, suite à un reflux vers l'Est, il y a une  expansion jusqu'en Inde où le groupe est daté de 1500 av. JC (fin de l’âge du bronze). Plus de 60% des Brahmanes sont R1a et ce sont de proches cousins des Russes et Polonais R1a (confirmé par la génétique). En Inde les R1a sont majoritairement descendants  de la vague récente (1500 av. JC) mais on trouve aussi quelques cas  issus du premier passage au nord de l'Inde.


L’étude du groupe R1b réservait une surprise de taille. La carte ci-dessous est un peu moins précise sur les origines R1b, très discutées, mais probablement proches de R1a.

 

Fig. 4  :  origine  et  migrations  R1b  -  Lien vers le site : http://www.eupedia.com/europe/neolithic_europe_map.shtml#R1b

 migration-R1bV88-L389

 La présence au moyen orient des premiers R1b est bien établie, la surprise a été cette branche africaine, un rameau ancien caractérisé par une mutation spécifique (V88) ; il n’y a donc aucun doute, ce ne sont pas des descendants de colons européens. 

  La carte de droite schématise la scission (ancienne) au sein du groupe R1b primitif entre une branche V88 qui évolue ensuite en Afrique, mais pas seulement et on trouve des V88 dans plusieurs lignées juives (parmi les populations les plus testées). La zone en bleu est celle d’où partiront les vagues de migration vers l’Europe. Les Arméniens ont une forte proportion de ces R1b  (marqueur L23). La carte de séparation V88 / L23  est montrée ici à titre indicatif car il va falloir préciser cette division de R1b. Reste que la zone V88 a une certaine ressemblance avec la zone de diffusion des langues Chadiques, un groupe des langues Afro-asiatiques, donc pas indo-européen.

 

 Vous trouverez sur bien des sites web que R1b vient d’Anatolie. La vérité est qu’on ne sait pas si le passage vers les Balkans s’est fait via l’Anatolie ou via le Caucase mais il est certains que vers 4500 av. JC (il y a 6500 ans)  des R1b L23+, c'est-à-dire porteurs du marqueur L23 , apparaissent en Europe de l’Est et leur arrivée est liée semble-t-il au travail du cuivre (la génétique ne peut pas prouver le travail du cuivre, c’est l’aire de diffusion et la période qui le suggère).

 

Voici une carte de ces premiers R1b en Europe.

 Busby ht35

La zone plus claire au dessus de la zone d’implantation de ces R1b est la zone d’expansion R1a, les 2 populations ne se mélangent pas bien !  Une bonne lecture de cette carte importante demande de bien comprendre qu'on peut focaliser sur ces premiers R1b européens grâce à des marqueurs spécifiques qui permettent de filtrer les européens de l’ouest correspondants à des phases de peuplement ultérieurs. Il s'agit aussi d'une carte actuelle et l'expansion ultérieure a pu effacer en partie de petites zones d'ancien peuplement, ou bien l'échantillonnage les a manquées. D'autres études ont montré qu'au centre de la Corse (région de Corte) et aussi en Sardaigne on peut trouver des indices d'un peuplement R1b  ancien qui n'apparaît pas sur cette carte.

Pour l'interprétation de cette carte, j'indique que je m'appuie, entre autres sources sur l'article de l'archéologue Franck Bourdier dont voici un lien vers le document au format  pdf  : http://ahp.li/78d14d845b781be8fd3c.pdf

L'auteur  insiste sur l'importance des bouleversement intervenus en Europe de l'ouest (il s'intéresse surtout au pays Basque) suite au développement de mines de cuivre et l'arrivée concomittente de la charrue tirée par des boeufs. Le lien avec la culture de Karanovo est clairement évoqué. Rappelons que la culture de Karanovo est datée de 4600 av JC et que cette civilisation a produit la première métallurgie en Europe (cuivre , or). La même culture connaissait la roue et l'usage de la charrue tirée par des boeufs. En revanche le cheval n'était pas utilisé comme animal domestique. L'autre civilisation de l'Est de l'Europe connue pour avoir diffusée le cuivre est celle nommée « Caucasienne » dans l'article, qu'il faut identifier avec la culture de Yamna et les cultures dérivées. L'article suggère 2 vagues successives, Balkanique d'abord et « Caucasienne » ensuite, ayant diffusées ces techniques nouvelles.

Le cuivre :

cuivre

Seulement voilà : ni l'une ni l'autre de ces 2 cultures n'est connue pour avoir eu une expansion vers le pays Basque. Il est par ailleurs clair que la métallurgie du cuivre a aussi eu une diffusion au moyen orient et cela demande quelques précisions. Le cuivre natif était utilisé (pour des parures) depuis longtemps mais à partir de 4900 – 4500 av JC le cuivre est produit à partir de minerai et la fonte se fait dans des creusets dans un premier temps puis dans des fours. L'article discuté en français par Bernard Secher sur son blog : http://secherbernard.blog.free.fr/index.php?/page/3  montre la large et rapide diffusion de ces techniques. A première vue  il n'y a aucun peuple particulier à qui on puisse attribuer ces technologies mais l'élargissement de la question à la zone Balkanique souvent considérée à tort comme secondaire, me  fait penser à un seul et même « peuple » ayant une implantation par communautés dans d'autres cultures, comme plus tard les communautés juives, ou, pour prendre un exemple dans le domaine de la métallurgie, comme les Bantous lors de la diffusion de la métallurgie du fer en Afrique. La génétique est en accord avec une telle implantation diffuse de R1b au moyen orient, jusqu'au premier Sumer dont les statuettes aux yeux bleus pourraient représenter une telle élite. Pour être tout à fait clair sur ce point, cela signifie que la métallurgie du cuivre se transmet par l'arrivée d'un forgeron R1b au sein d'une société non R1b. La valeur de son travail explique sans doute le développement d'un groupe R1b de plus en plus important et l'essaimage dans d'autres sociétés.

La carte des premiers R1b-L23 en Europe serait un peu trompeuse : la zone de densité maximale correspondant assez bien avec la culture de Varna n'était pas R1b au départ sans doute mais une forte comunauté R1b se serait installée au sein d'une culture néolithique pré-existante, apportant la technologie de fours bien plus efficaces permettant la chauffe à des températures voisinant 1000 degrés, d'où une céramique de très bonne qualité, et la métallurgie du cuivre et de l'or. C'est la composante R1b de cette civilisation qui aura été historiquement mobile. C'est aussi cette composante R1b qui a diffusé la nouvelle langue mais, plus tard, dans un deuxième temps correspondant à la seconde vague présentie par Franck Bourdier. Quant à la composante néolithique, elle était probablement de l'haplogroupe J2b et ce groupe n'a sans doute pas été inactif dans l'élaboration de la nouvelle langue.                                                                                                                                                                                                                                         Fig.  5   A  gauche  Domaine de l'haplogroupe  J2b                                                       A  droite  :  Culture de Karanovo 

http://cache.eupedia.com/images/content/Haplogroup-J2b.gifGumelnitsa-Karanovo.gif

  Lien vers le site :

http://www.eupedia.com/europe/Haplogroup_J2_Y-DNA.shtml#J2b

 

D'où vient la seconde vague et quoi de différent avec la première vague ? La culture de Varna dont l'extension vers le nord a atteint l'actuelle Ukraine, le long de la côte de la mer noire, a été progressivement « phagocytée » par la culture dite de Cernavoda à partir de 4000 av JC. Il s'agit d'une culture pratiquant la domestication du cheval ; c'est une extension des cultures de type « kurgan ». Alors que la première vague vers l'ouest a apporté, avec la métallurgie du cuivre, la charrue et la roue, la seconde vague apporte le cheval et un changement de croyances marqué par des stèles anthropomorphes, appelées « statues-menhirs » dans le sud de la France. On peut « suivre » la pénétration depuis les bords de la mer noire jusqu'au Portugal, avec des positions importantes en Suisse. 

  C'est, je cois, cette seconde vague qui a véhiculé  l'Indo-Européen                                                                                                            

                                                                                                                                                                                                                        

Fig. 6  : stèles  anthropomorphes  ( statues-menhirs)

steles.jpg

damestsernin.JPG

La naissance d'une langue est un processus dans lequel je ne rentrerai pas mais la langue Indo-Européenne (IE) n'est pas apparue « casquée » comme Athéna sortant de la cuisse de Jupiter. Je pense que sur ce point David Anthony est sur la bonne piste. La paternité de la roue reste disputée entre les R1a « steppiques » et les néolithiques qui l'utiliseront sur les charrues, et peu importe parce que ce qui compte c'est le lien fort entre les 2 cultures. La fondation de Maikop dans le nord Caucase (tout près de Sochi ...) a probablement été le fait de migrants R1b, par bateau, une sorte de comptoir à proximité de la zone R1a où va se développer la culture Yamna. Seredny Stog peut aussi être vu comme un tel comptoir intermédiaire.

Autour du berceau de la langue Indo-Européenne (IE) je vois donc : une culture néolithique forte, ayant sans doute à son actif le développement de la roue et de la charrue, une communauté R1b de métallurgistes, produisant des biens de prestige mais aussi bientôt des armes en cuivre, et enfin un peuple steppique ayant appris à domestiquer le cheval. Dans un premier temps la prépondérance de l'influence J2b / R1b ne fait guère de doutes et cela a pu durer de -4600 à -4000, une période de temps qui paraît suffisante pour que le groupe steppique acquiert les formes d'un langage très élaboré, issu d'une des plus brillante civilisation du moment. La fondation de Maikop répondrait ainsi à la volonté d'une collaboration accrue entre les 2 types de sociétés ;  Cernavoda et Maikop seraient ainsi les 2 faces d'une même médaille mais assez rapidement ensuite Cernavoda prend le dessus, culturellement, dans toute la partie Roumaine du domaine « Varna » (la cité de Varna est en Bulgarie), une séparation provisoire se faisant sur le cours du Danube. De ce premier changement de prépondérance daterait la première vague migratrice des R1b, emportant avec eux une langue proto IE et les seules technologies néolithiques et métallurgistes ; ceci vers 3200 av JC (datation imprécise). L'important est que des communautés R1b ont pu s'établir à l'ouest et la diffusion de l'usage de la charrue a certainement aidé leur arrivée. Les stèles anthropomorphes correspondant à la seconde vague sont datées de -2600 av JC dans le sud de la France. Un tout petit nombre de migrants R1b a pu venir, ayant acquis le maniement du cheval. La génétique R1b constate que la branche R1b-L23 évolue, uniquement en Europe, en R1b-L51 et que ces R1b-L51 sont peu présent dans les Balkans. Il faut voir en ces R1b-L51 la phase mobile ayant migré vers l'ouest. Il n'y a pas de trace d'une migration R1a vers le sud des Alpes. Les migrations des peuples steppiques ont été bien analysées et il fait peu de doutes maintenant que c'est là l'origine de la diffusion des langues de type Satem. De même que je vois dans le partage Roumanie / Bulgarie, sur la côte de la mer noire, un second partitionnement R1a / R1b, les R1b conservant longtemps une prédominance au sud (en Bulgarie) et de là suivra le développement de la civilisation Thrace, une civilisation où le cheval (et la métallurgie) avaient une grande importance. La génétique dit que ce serait parmi les R1b-L51 restés à Varna qu'auraient évolué ceux qui seront responsables de la seconde vague R1b : R1b-L11. Ils n'iront pas seulement dans le sud de la France. Les stèles remontent le cours du Rhone jusqu'en Suisse, et, de là, atteignent les Pays bas et même l'Angleterre. Le Portugal a été atteint aussi par cette vague. A partir de ce moment, les communautés R1b prennent le dessus sur les sociétés autochtones et c'est le développement d'une culture propre, le campaniforme – premières  céramiques typiques datées de -2900, au Portugal.

Je vais faire court sur la dernière phase de  « conquête » R1b. La pénétration R1b-L11 aura été facilité par l'implantation préalable des R1b-L51 mais les R1b-L11 sont allés bien plus loin. La culture dite des « tombes uniques » dans la région des Pays-bas actuels pourrait correspondre au développement d'une société fortement influencée par ces R1b-L11 qui évolueront en R1b-U106. Au sud, et sur toute la côte Atlantique, ce qui me fait penser à une diffusion maritime, les R1b évoluent en R1b-P312, groupe qui prend le dessus sur les R1b-L11 parent(s). Ce groupe R1b-P312 évolue rapidement en 3 branches qui réalisent un partitionnement de l'Europe de l'ouest : R1b-DF27 sur la côte Atlantique jusqu'en Vendée et R1b-L21 au delà (îles britanniques et nord de la France), alors que le long du Rhône se développent les R1b-U152. Le côté « diffus » de l'implantation Campaniforme a longtemps fait croire à un épiphénomène mais la génétique dit que le groupe R1b initial (R1b-L11) était très peu nombreux et dès l'époque romaine (3000 ans plus tard) plus de la moitié des hommes d'Europe de l'ouest étaient R1b et les langues Indo-Européennes étaient les seules restantes, à l'exception du Basque et de l'Ibère.

 Quoique diffus ce développement campaniforme a suffit (de même qu'en Bulgarie) pour créer un partage en Europe, le peuple de la céramique Cordée, dont les influences croisées avec le campaniforme ont été relevées, ne poursuit pas sa progression vers l'ouest et il y aura même un retour vers l'Est. L'expansion R1a, limitée à l'ouest, a connu une extension remarquable vers l'EST.  La traversée du Caucase était impossble à cause du relief. On peut suivre la propagation par la succession des  cultures : Yamna (3500-2700 BC)-->Poltavka (2700-2100 BC)-->Sintashta (2100-1800 BC)-->Andronovo (1900-1500 BC, incluant BMAC) -->Gandahara (Inde) (à partir de 1500 BC). La descente vers le sud s'est donc faite par l'EST de la mer Caspienne. Reste le cas particulier des Tochariens dont la langue est du type Centum. Je ne souhaite pas avoir « réponse à tout » mais il me semble que Maikop, tel qu'envisagé ici, a pu fournir un contingent précoce de R1a et R1b avant que le groupe Satem ait pris toute son autonomie. Le premier mouvement a pu être vers les mines de cuivre du nord Caucase, puis un groupe aurait été poussé vers l'EST par le mouvement général décrit plus haut. Cela renforce l'opinion que j'aie de Maikop comme une ancienne « colonie » R1b où une langue d'un type Centum ancien était parlée.

Pour finir, voici les 2 cas que je ne cherche pas à expliquer car il faut se garder des « solutions à tout ».

1- Les progrès de l'analyse génétique ont permis de montrer que les « R1b-L23 » de la région Varna actuelle sont pour nombre d'entre eux du type moyen oriental  R1b-Z2103. Pour préciser : à partir de R1b-L23 on trouve une dichotomie R1b-Z2103 /R1b-L478 et les R1b-L51 sont la branche principale sous R1b-L478. Les R1b-Z2103 forment quant à eux un large groupe présent de façon diffuse dans tout le moyen orient actuel. Si, on admet que la migration vers les Balkans est précoce on pouvait expliquer une évolution « in situ » en Europe vers R1b-L478 puis R1b-L51 mais on ne comprend pas la forte présence de formes R1b-Z2103 et dérivées dans les Balkans.  Depuis la période « Varna » il y a eu la Thrace et  les Z2103 (et dérivés) dans cette région peuvent provenir d'une fraction ayant pris un grand développement dans le royaume Thrace.

 2- La langue Basque est parlée par un peuple où le taux de R1b parmi les hommes est record. Selon Franck Bourdier et l'analyse ci-dessus, on peut y voir une assimilation rapide des R1b « première vague » mais PAS seconde vague dans un premier temps, établissant une sorte d'immunité pour la préservation de la langue. Il faut pourtant admettre que les premiers R1b ont été supplantés plus tard par des formes « Atlantiques » des R1b. On aurait une situation semblable à ce qui s'est produit en Normandie : un petit groupe surtout d'hommes gagne un territoire et prennent la langue locale, ce qui correspond à une transmission par les femmes. Le pays Basque a depuis préservé mieux qu'ailleurs l'ancienne prédominance R1b, tout en gardant une langue, antérieure à l'arrivée R1b mais sans doute incluant pas mal d'emprunts  de l'ancien IE parlé par les tout premiers R1b. Tout ceci reste très hypothétique. Le mystère Basque n'est pas résolu.

 

Les cartes R1b et J2b sont de Maciamo Hay du site Eupedia. www.eupedia.com

 

penseurs.jpg

 

 

Published by Didier
commenter cet article
6 mai 2014 2 06 /05 /mai /2014 13:14

 

 

 

 

 

[ Je n'ai pas mis en ligne de nouveaux textes depuis de longs mois et je reprends ici le flambeau en adaptant un texte publié par Anatole Klyosov. Ce texte permet d'aborder la question très actuelle de la « bonne méthode d'analyse » entre approche SNP (je vais revenir sur ces termes) et STR. L'analyse est ici faite pour Ashkénazes Lévites dont un groupe important est R1a. Les nombreux séquençages actuels ont multiplié les mutations (SNP) connues – SNP est l'acronyme pour « Single Nucleotide Polymorphism », ce sont donc les mutations ponctuelles de l'ADN, un nucléotide remplacé par un autre. Une fois acquise, une telle mutation (neutre – aucun « effet » sur la personne) reste dans la lignée et le séquençage retrouve ces traces du passé.

Avant les progrès du séquençage, on utilisait plus volontiers les STR connues en français comme « empreintes génétiques ». Il s'agit d'une organisation particulière de l'ADN, par endroit (locus). C'est expliqué en détail dans les premiers articles de ce blog mais je vais brièvement rappeler le principe ici. Un locus STR montre une succession d'un motif de quelques nucléotides en tandem. Par exemple, si le motif est CCAGG, la succession en tandem donne : [CCAGG]CCAGGCCAGGCCAGG pour une succession de 4 motifs. Le motif ADN répété change à chaque locus. Ce qui compte c'est le nombre de répétitions car celui-ci change par incrément ou décrément d'1 unité, sans que le mécanisme de ces ajouts ou pertes soit bien compris, mais on constate. On connaît de nombreux sites où l'ADN prend ainsi une configuration répétée. Typiquement on fait l'analyse de 67 sites, plus récemment sur 111 sites et on nomme « haplotype » le résultat pour l'ensemble des sites mesurés. Une « mutation » pour un haplotype, c'est l'incrément ou décrément pour un des sites mesurés. Ce qui a fait réléguer ces haplotypes avec la venue du séquençage c'est que l'analyse des haplotypes étaient l'objet de disputes sur les taux de mutations à appliquer, sachant que chaque site a son propre taux de mutation.

La mutation SNP (mutation ponctuelle) se produit avec un taux qui ne dépend pas du site et cela a été vu comme une simplification. Le texte d'Anatole Klyosov, qui a proposé dans de nombreux articles une méthode de lecture des haplotypes, a le mérite de « recadrer » un article qui, comme trop d'autres en ce moment, se trompe sur les vraies raisons qu'il faut considérer dans l'approche SNP ou STR . Cet article étant déjà illustré pour un cas que je n'avais pas encore abordé dans ce blog, j'ai trouvé bien d'en faire une traduction très libre, en simplifiant certains aspects qui auraient pu rebuter des lecteurs peu aguerris à ces discussions ADN. A part SNP et STR (« Short Tandem Repeats ») l'acronyme MRCA ou TMRCA est à connaître : « Most Recent Common Ancestor » et « Time for Most Recent Common Ancestor ». Le TMRCA est donc l'âge d'une lignée.]

*Published under Anatole A. Klyosov permission

Comment to “SNP Analysis” https://sites.google.com/site/levitedna/y-dna-analysis/snp-results



Cet article fait suite à un autre article publié sous le titre «Analyse SNP » dont les bases m'ont paru fausses dès la première phrase. L'analyse SNP tend de plus en plus à se substituer à l'analyse STR et l'auteur en voyait la raison dans une meilleure appréhension de la mutation SNP. C'est faux et il m'a paru utile de revenir sur les fondamentaux dans le cadre de l'analyse des R1a Ashkenazes. A l'aide des haplotypes (STR) on évalue la période de l'ancêtre commun entre il y a 1150 à 1300 ans (avant présent). Comme nous le montrerons cela correspond environ au temps nécessaire pour 8 SNPs sur un segment de Chromosome Y de 10 Mb (10 000 nucléotides). Sauf que 8 SNPs c'est la moyenne et qu'en réalité ce nombre de SNPs variera entre 6 et 11 SNPs. Cette fluctuation rend le maniement des SNPs mal adapté aux périodes relativement courtes, comme dans le cas choisi.

En fait, les approches SNPs et STRs se complètent et les tentatives pour justifier une approche par rapport à l'autre sont vouées à l'échec.

Résummons les conclusions de l'étude (SNP) sur l'histoire des R1a Ashkenazes Levites. L'article fournit un arbre SNP des R1a Ashkenazes Levites (situation au 22 avril 2014). L' arbre est difficile à lire. Rappelons pour en aider la lecture les 5 différents niveaux de haut en bas  : il y a CTS6, Y2619, Y2630, YP264 et les SNPs dits « privés ». Ces 5 niveaux correspondent à 5 noeuds où plusieurs branches divergent.

http://ahp.li/b20c912b43fe2b168d13.jpg

 

Fig. 1 Arbre des Ashkenazes Levites R1a-L342.2-CTS6 et sous-groupes dérivés.

 

L'article que nous suivons explique dabord que tous les R1a Ashkenazes Levites (mais seulement eux) sont repérable par la succession de SNPs : Z93 – Z94 – Z2124 – Z2122 – F1345 – CTS6. Ce qui suit est un résumé de l'analyse que l'auteur fait de cet arbre. Le niveau F1345 tout en haut de l'arbre et juste avant CTS6 est connu comme étant aussi le fait de nombreuses lignées non juives ce qui explique que l'article fixe le début de la lignée Ashkenaze Levite au second niveau Y2619. Comme il apparaît sur l'arbre (Fig1) il y a pas moins de 19 SNPs entre Y2619 et Y2630, le niveau suivant de l'arbre. C'est le niveau encore en dessous (YP264) qui est assigné à la lignée rabinique Horowitz (ce point particulier est critiqué dans l'analyse STR qui suit).

L'article suivi prend comme écart moyen entre 2 SNPs la valeur 150 ans ce qui, comme nous allons le montrer introduit (sans le dire) une fluctuation statistique importante.

Voici un autre example qui considère l'arbre R1a sur une durée plus grande (mieux adaptée). Voir, ci-dessous l'arbre de Vladimir Tagankin (à partir de l'arbre de Dr. Alexander Zolotarev) à partir du niveau R1a-Z280 partagé par les 27 individus de l'arbre (voir Fig2).

 

http://ahp.li/f898c9b919e3db3dbbf4.jpg

 

 

Comme on peut le voir, à partir de Z280, dans le même temps, le nombre de SNPs par lignée varie de 29 à 43, soit une variation de 48 % . L'étude STR a permis d'établir que Z280 est daté de 4900 ans environ. Sur cette base, l'écart entre 2 SNPs selon la branche considérée varie de 114 à 169 ans. On voit donc que les 150 ans employés par l'article « oublient » une barre d'erreur importante telle qu'en reprenant le calcul pour Z280, au lieu des 4900 ans établis par STRs on a une période de temps allant de 4350 ans à 6450 ans. De la même façon, le calcul de TMRCA à partir de SNPs seuls pour l'arbre des R1a Ashkenazes Levites ne peut que comporter une erreur du même niveau (soit 48%). Avec des haplotypes de 111 marqueurs qui mutent (en moyenne) tous les 125 ans ou des haplotypes de 67 marqueurs qui mutent (en moyenne) tous les 208 ans on tavaille avec des valeurs du même ordre de grandeur et il est donc inexacte de donner une préférence à l'approche SNP par rapport à l'approche STR . Les 2 approchent sont complémentaires et, en se privant de l'une des composantes l'auteur a perdu une bonne occasion de corriger certaines valeurs.

 

Reprenons maintenant les TMRCAs déterminés par SNPs pour les 5 niveaux pré-cités :

F1345 – CTS6 – Y2619 – Y2630 – YP264

 

Les TMRCAs suivants ont été trouvés :

4224-3975 – 3168-2925 – 1496-1725 – 1056-1425 – 440-675



Maintenant, voyons ce que peut apporter une analyse STR.



http://ahp.li/71e3eeb967b6e354e727.jpg

 

Fig. 3. Arbre des haplotypes de 181 Ashkenazes Levites du groupe R1a-L342.2-CTS6 et dérivés



Actuellement, la banque de données dite "IRAKAZ database" fournit 181 haplotypes Ashkenazes Levites parmi 3997 entrées. L'arbre des haplotypes est présenté ci-dessus. L'arbre consiste en 2 branches repérées respectivement  par DYS459b=10 ou DYS459b=11.

Parmi les 181 haplotypes il convient de séparer 3 haplotypes ayant certains allèles particuliers et l'haplotype de base suivant :

13 25 1710 11 14 12 12 10 13 11 30—14 9 10 11 11 24 14 20 30 12 12 15 15—11 11 19 23 14 16 19 20 35 4014 11—11 8 17 17 8 12 10 8 11 10 12 22 22 15 10 12 12 14 8 14 23 21 12 12 1213 10 11 12 13

 

Cet haplotype de base contient 3 mutations (marquées en gras) par comparaison avec l'haplotype de base du reste des haplotypes. L'ensemble des 3 haplotypes ne contient que 7 écarts à l'haplotype de base. Le calcul est alors 7/3/0.12 = 19 , soit 19 générations de 25 ans, ce qui correspond à : 19x25 = 475±185 ans depuis l'ancêtre commun.  (0.12 est le taux de mutation par haplotype et par génération).

 

Les 179 haplotypes restants contiennent un total de 1002 mutations par rapport à LEUR haplotype de base (ci-dessous – sur 111 marqueurs) :

 

13 25 16 10 11 14 12 12 10 13 11 30—14 9 10/11 11 11 24 14 20 30 12 12 15 15—11 11 19 23 14 16 19 20 35 38 14 11—11 8 17 17 8 12 10 8 11 10 12 22 22 15 10 12 12 14 8 14 23 21 12 12 11 13 10 11 12 13—32 15 9 17 12 27 27 19 12 12 12 12 10 9 12 11 10 11 11 30 12 12 25 13 9 10 20 15 20 11 23 15 12 15 25 12 23 19 10 15 17 9 11 11

 

Le calcul donne 1002 / 179 / 0.12 = 47 générations de 25 ans (en arrondissant), soit 1175±130 ans . Nous avons mentionné la division en 2 parties à peu près égales selon la valeur DYS459b et cela reflète 2 branches sous javentes séparées par une seule mutation soit de 8 à 9 générations. On peut décrire la suite des événements de la façon suivante : environ 200 ans après le premier R1a Ashkenaze Levite il y a eu division en 2 branches, ce que l'arbre SNP ne montrait pas.

 

On peut affiner l'analyse en reprenant les 2 haplotypes de bases qui diffèrent par 3 mutations, ce qui les place à 3/ 0.12 = 25 générations de 25 ans de distance, soit environ 650 ans et leur ancêtre vivait il y a : (650+1250+475)/2 = 1200 ans, et on retrouve l'âge de l'ensemble des haplotypes. La petite branche de 3 haplotypes a donc divergé plus récemment, il y a 650 ans.

 

Il y a parmi les haplotypes un petit ensemble de 5 haplotypes sur 111 marqueurs qui semblent être des descendants de la famille rabinique Horowitz dont le patriarche aurait vécu en 1507-1572, ce qui fait 442-507 ans. L'haplotype de base est celui utilisé plus haut avec DYS459b=10, et ces 5 ont un total de 17 mutations par rapport à cet haplotype de base ce qui donne 17 /5 / 0.198 = 17 générations de 25 ans, soit 425±110 ans depuis l'ancêtre commun de ces 5 individus, ce qui est bien dans la période où aurait vécu le Rabin Horowitz.

 

Pour finir, reprenons les données d'un article récent : “Thoughts about Jewish DNA genealogy

 

https://sites.google.com/site/levitedna/origins-of-r1a1a-ashkenazi-levites/2014-klyosov-article-on-jewish-dna-genealogy

 

L'origine commune des R1a juifs et arabiques étaient établie à 3990 ans (avant présent) alors que la calcul de TMRCA pour F1345 donne 3975-4224 . On est essentiellement sur les mêmes datations et les groupes R1a juifs et arabiques ont donc une origine commune identifiable comme le premier porteur de la mutation F1345.

Il n'y a aucune lignée juive actuelle qui ait CTS6 sans la mutation suivante Y2619. Le niveau CTS6 ne paraît donc pas un niveau ayant une signification actuelle pour les R1a juifs. Le TMRCA 1496 – 1725 calculé par SNP pour Y2619 peut être le résultat d'un goulet d'étranglement , de telle sorte que la datation de 1200 ans n'est pas retrouvée mais c'est plutôt le SNP Y2630 dont le TMRCA est calculé à 1056-1425 qui cadre avec les 1200±125 ans et il faut sans doute y voir le SNP à l'origine des R1a Ashkenazes actuels. Bien entendu, les tests pour ces nouveaux SNPs diront si c'est bien le cas et si la quasi totalité des R1a Ashkenazes sont porteurs de Y2630.

 

Enfin le 4ème niveau, YP264, avait un TMRCA calculé par SNP de 440-675 ans. Ce peut être le SNP de la lignée Horowitz mais il y a d'autres groupes candidats comme l'a montré l'analyse STR et il faudra attendre que certains descendants Horowitz testent pour YP264 pour savoir.

 

References

 

Kilin, V.V., Klyosov, A.A. (2014) A novel TMRCA calculator working in all practically possible time ranges between hundreds of years to millions of years before present, based on the random walk model. Proc. Academy of DNA Genealogy, 7, No. 3, 438-478.

 

Klyosov, A.A. (2009) DNA Genealogy, mutation rates, and some historical evidences written in Y-chromosome. I. Basic principles and the method. J. Genetic Genealogy, 5, 186-216.

 

Klyosov, A.A. (2012) Ancient history of the Arbins, bearers of haplogroup R1b, from Central Asia to Europe, 16,000 to 1500 years before present. Adv. Anthropol. 2, No. 2, 87-105.

 

Rozhanskii, I.L., Klyosov, A.A. (2012) Haplogroup R1a, its subclades and branches in Europe during the last 9000 years. Adv. Anthropol., 2, No. 3, 139-156.

 

Remerciements : Je remercie Anatole Klyosov pour la communication et l'autorisation concernant cet article.

 

Note sur une confirmation ultérieure :  Un article paru peu après  celui de Klyosov , "Phylogenetic applications of whole Y-chromosome sequences and the Near Eastern origin of Ashkenazi Levites". Rootsi et al.

http://www.nature.com/ncomms/2013/131217/ncomms3928/full/ncomms3928.html?WT.ec_id=NCOMMS-20131218

a  identifié un nouvel SNP, nommé  M582. Cette mutation est placée entre Z2122 et F1345 (voir ci-dessous - arbre) et il est démontré dans cet article que pas moins de 65 % des Lévites Ashkénazes  en sont porteurs et ce marqueur leur est spécifique. Les Lévites non-ashkénazes ne sont que 8% porteur de M582. C'est la confirmation SNP prédite dans le texte Klyosov avec comme seule différence que F1345 (seul connu) était envisagé, au lieu de M582 qui lui est immédiatement adjacent.

 

Annexe :  La phylogénie  R1a  -  Comment le rameau Lévite Ashkénaze se rattache au tronc principal R1a

 

Arbre  Z93-R1a :

 

http://ahp.li/9b71f16a994bf3e08034.gif

Le rameau  Z93 --> Z94 --> Z2124 --> Z2122 --> F1345 --> CTS6  est bien indiqué.

 

 

Arbre R1a  général : comment  Z93 (ci'dessus) se  place  dans l'arbre  R1a

 

http://ahp.li/68d641283586ddc6b5c5.gif

 

Et  pour finir, une carte récente de la répartition Z93 (tous les Z93) :

 

http://3.bp.blogspot.com/-yo928Hon9Ww/UzN-U-aGWMI/AAAAAAAAJiM/3AE7m5bNwCY/s1600/ejhg201450f3.jpg

Published by Didier
commenter cet article
9 juillet 2012 1 09 /07 /juillet /2012 10:36

 

Bos taurus c'est le bœuf domestique, qu'on distingue du Zébu – Bos indicus, alors que les deux sont tout à fait inter féconds, et qu'on distingue de l'auroch – Bos primigenius, ce dernier ayant totalement disparu au moyen âge. Les études de biologie moléculaire destinées à comparer les races actuelles ont commencées il y a longtemps et la précision a suivi celle des techniques disponibles. Cet article se propose de faire le point sur la compréhension que permet la combinaison d'approches par l'ADN mitochondrial, utilisant le séquençage total de l'ADN mitochondrial, les méthodes d'analyse par composant principal appliquées à plus de 200 000 SNPs autosomaux, et l'analyse du chromosome Y.

Le bœuf domestique est dérivé de l' Auroch mais les populations d'Auroch avaient des variantes locales, ce qui explique, par exemple, qu'un épisode de domestication en Inde ait abouti au Zébu. On connaît donc au moins deux cas de domestication indépendants mais essentiellement le bœuf que nous connaissons en Europe dérive d'une seule domestication avec, localement, des cas de croisements ultérieurs avec des Aurochs, ce que, justement les analyses de génétique essaient de débrouiller.

Les 3 articles sur lesquels s'appuie cet essai de synthèse sont :

« Insights into the Genetic History of French Cattle from Dense SNP data on 47 worldwide Breeds. » pour l'analyse autosomale ; avec un fous sur les races françaises.

« Origin and spread of Bos taurus. New clues from mitochondrial genomes belonging to haplogroup T1. » pour l'analyse mitochondrial sur 64 séquençages complets.

« Dual origins of Dairy Cattle Farming – Evidence from a comprehensive survey of European Y-Chromosomal variation. » pour l'analyse par les marqueurs du chromosome Y.

 

Comme pour les populations humaines c'est l'analyse mitochondriale qui pointe vers les origines les plus anciennes.

Le schéma du haut de l'arbre montre que les principaux haplogroupes sont proches les uns des autres :

arbre-mitoT1cor

 

 

Alors que T1 montre une grande profondeur avec 6 sous-groupes dont 3 très développés. Le sous-groupe T1a comprend pas moins de 28 branches dont certaines identifiées par 8 SNPs. Ce sous groupe comprend essentiellement des races européennes, mais aussi une race du Nil et le groupe T1 a été vu comme africain d'origine (presque tous les bœufs africains sont T1, ce qui n'est pas le cas dans d'autres régions comme l'Europe). Les auteurs pensent démontrer la non origine africaine du groupe T1 par le raisonnement suivant : on ne peut pas avoir une si grande variabilité en Afrique et si peu de variabilité « au dessus » de T1 dans l'arbre. Ce que les auteurs oublient c'est de bien identifier ce qu'ils considèrent comme « Auroch ». On peut voir l'ensemble des cas ci-dessus comme étant la variabilité originelle de l'ensemble Auroch et T1, un cas particulier Auroch. Les branches T1 commencent toutes par une seule mutation suggérant (les auteurs ont vu ce point) que ces 6 branches ont aussi fait partie du troupeau « Auroch » de départ, ou alors sont très proches de la sélection initiale. Concernant l'origine africaine de la domestication du bœuf on peut remarquer que la variabilité T1, sur la base du nombre de sous groupes, est plus grande en Afrique. On aurait donc une domestication, peut être en Egypte, de T1 avec diffusion de ce seul T1 à travers l'Afrique et croisement avec des aurochs (ou début de domestication) locaux lors de la diffusion dans les autres régions, dont l'Europe ; ce qui fait que la variabilité totale est plus grande hors Afrique. Concernant la datation, l'arbre T1 pointe vers 11OOO ans environ ce qui est assez différent des 8000 ans de l'archéologie. On peut envisager 2 stades. Un premier stade où, comme les Evènes aujourd'hui avec leurs Rennes, les populations suivent autant le « proto-bétail » que ceux-ci ne les suivent ; les bêtes sont surveillées mais il y a peu de sélection. Le second stade serait la vrai domestication avec des bêtes sélectionnées ; ce dernier stade serait récent (8000 ans) alors que la « proto-domestication » serait bien plus ancienne, ce qui rendrait bien compte des croisements « Aurochs » au cours des pérégrinations de cette période.

L'analyse par le chromosome Y, comme pour les populations humaines, cible une période en Europe bien plus récente comme l'ont bien vu les auteurs. Il y a 3 haplogroupes , Y1 , Y2, et Y3 (ce dernier pour le Zébu) et quelques marqueurs de type STR qui permettent d'appéhender la variabilité. Y2 est la forme « sauvage », correspondant à un croisement Auroch relativement récent alors que Y1 montre une certaine homogénéité. Reste à interpréter la carte :

carte-Y-boeuf

 

Les auteurs notent (grace aux marqueurs STR) 2 effets fondateurs aboutissant à un groupe assez homogène pour Y1 d'une part et pour les Y2 « Alpins ». Les variétés « Y1 » étant des races laitières il est tentant de voir en Y1 la trace du peuplement rubané avec des migrations ultérieures, notament Vikings. Le pôle Alpin Y2 indique une souche croisée plus récemment avec un Auroch « européen » mais ensuite une forte sélection, pour des races orientées vers la production de viande et la traction animale (araire, chariots). Les auteurs semblent ignorer la frontière culturelle qui traversait la France : au nord traction Cheval (Ardennais etc...) et au sud traction par les Boeufs. La sélection viande correspond bien à la localisation alpages même si l'utilisation du lait (fromages) est aussi bien connue. On peut envisager le groupe Y2 alpin comme R1b-U152, avec sans doute une diffusion. Le cas des Y2 ibériques me semble différent et peut être relié à une tradition de « vaillants taureaux » (type courses de taureaux de Pampelune) impliquant sans doute de fréquents croisements« Auroch ».

L'analyse de 44700 SNPs autosomaux permet aux auteurs de, premièrement trouver que les différentes souches analysées se partagent nettement en 3 groupes : Europe, Inde et Afrique. Il y a donc 3 pôles de domestication. Ensuite, en se focalisant sur les souches françaises et quelques souches européennes, il a été possible d'identifier 4 sous-groupes :

  carte-auto-boeuf1

 

 

 

 

  Je ne pense pas, qu'il faille voir un partage entre une influence Danubienne et une influence plus Atlantique mais, avec beaucoup d'hésitations je penche plutôt pour une séparation plus fine que celle permise par Y1 et Y2 et sans doute encore un peu plus récente. On retrouverait un pôle Alpin, sans doute R1b-U152, pour tenter un lien avec les populations responsables de ces sélections, et par ailleurs un groupe sud-ouest, peut être « Basque » au sens large (« Aquitains ») ; bref, une partition qui reprendrait dans ses grandes lignes la partition de l'Europe à laquelle a abouti le développement R1b avec notament un pôle Alpin (U152) et un pôle Atlantique. Cette grille de lecture en rejette une autre (à laquelle j'avais pensé en premier) retrouvant les strates historiques du peuplement. Peut être qu'une analyse étendue à la péninsule ibérique, au nord de l'Italie (supposé « alpin ») et aux souches Belges et Hollandaises, au moins permetrait de mieux situer les groupements français mais, justement, si ça n'a pas été tenté c'est sans doute parce que la projection sur des axes n'était plus aussi nette. Là, il y a partition géographique et c'est la beauté de la chose, mais en prenant des races très différentes il devient difficile d'avoir des critères solides. 'est la limite de la méthode.

 

Pour conclure, il apparaît que les 3 approches permettent de mettre de l'ordre dans un processus qui n'a pas été linéaire. Il est clairement établi que la variabilité européenne résulte pour une bonne part de croisements avec des souches locales dérivées d'aurochs ou directement d'aurochs. Les processus récents de sélection et de croisement à l'échelle de l'Europe ont brouillé les pistes et on ne retrouve que quelques lignes directrices. Alors que l'analyse mitochondrial démontre que T1 en Europe signe sans doute une influence africaine (non surprenante), l'analyse autosomale permet une séparation de l'Afrique (en fait « Ouest Afrique »), de l'Europe et de l'Inde. La part de sélection locale (adaptation aux conditions locales) a donc prédominé. C'est, (encore une fois?!) l'analyse par le chromosome Y qui semble promettre la meilleure illustration historique. Y1 serait la marque des peuples Rubané et le début de l'utilisation laitière ; une origine en Anatolie et / ou une évolution dans les Balkans sont les premières pistes à suivre. Il est possible que R1b ait ajouté à la variabilité dans les Balkans avec de nouvelles souches Y2 et ensuite une diffusion de type « Campaniforme » (pôle Alpes et façade Atlantique).

Published by Didier
commenter cet article
1 juillet 2012 7 01 /07 /juillet /2012 22:44

 

 

La généalogie génétique avec les marqueurs du chromosome Y a identifié quelques centaines de mutations neutres qui permettent de caractériser ce qu'on appelle des haplogroupes, les groupes de toutes les personnes, descendant de l'individu ayant eu le premier l'une de ces mutations et l'ayant passé (via le chromosome Y) à une nombreuse descendance . Pourquoi une telle descendance ? La mutation L11 (aussi connue comme S127) est portée par environ 60% des hommes de la bordure ouest de l'Europe. Qu'avait donc de si particulier le premier porteur de la mutation L11 pour avoir aujourd'hui tant de descendant ? Un de ces illustres inconnus que révèlent les études génétiques.

La question de savoir comment les populations d’Europe sont passées de la chasse et la cueillette à l’agriculture, et de la pierre taillée, puis polie, à l’âge des métaux a fait l’objet de nombreuses discussions. L’alternative est la diffusion culturelle ; les peuples restent en place et apprennent les nouvelles technologies de leurs voisins, ou la diffusion démique ; ce sont de nouvelles populations qui apportent avec elles de nouvelles pratiques. La génétique des populations a dans un premier temps semblé donner raison à la diffusion culturelle et depuis que les analyses à base de marqueurs du chromosome Y ou de l’ADN mitochondrial ont pris leur essor c’est le remplacement de populations qui est devenu l’alpha et l’oméga de l’étude des populations. Le développement récent des analyses sur l’ADN prélevé sur des os ou des dents de squelettes de fouilles archéologiques semble confirmer que les groupes U5 de l’ADN mitochondrial descendants des chasseurs cueilleurs, peu nombreux aujourd’hui, ont été remplacés par les populations du groupe H qui représentent plus de la moitié des cas en Europe. Les 2 grandes vagues néolithiques, le Rubané (au nord et au centre) et le Cardial (au sud) ont donc très probablement correspondu à l’arrivée de nouveaux venus, même si des débats continuent sur les groupes en question. La prétention de la génétique d’identifier les strates de peuplement à partir des populations en place a ainsi gagné ses galons. Les études du type « séquençage de 1000 génomes » viennent d’aboutir à l’identification d’une foule de nouveaux marqueurs permettant une analyse fine des populations.

C’est de façon un peu inattendue et toujours contestée que la dernière vague migratoire majeure a été identifiée en s’appuyant sur les groupes identifiés par le chromosome Y. Une mutation portée par le chromosome Y va être transmise telle quelle car le chromosome Y, pour l’essentiel, ne participe pas aux remaniements qui interviennent sur les appariements des autres chromosomes ; ceci à cause de la différence entre Y et X . Le chromosome Y, seul de son état est donc passé non modifié de père à fils. Une rare mutation apparue chez un homme est ensuite transmise à toute sa descendance et on identifie ainsi de petites lignées et des groupes bien plus importants. La mutation L11 identifie un groupe qui forme environ la moitié des hommes d’Europe de l’ouest, groupe connu comme « R1b ». Pourtant ces R1b n’ont pas été trouvés parmi les tombes néolithiques. Il a fallu une tombe du début de l’âge des métaux pour qu’un premier squelette R1b soit identifié. L’âge des métaux a commencé il y a 5000 ans environ, en chiffres ronds et pour l’Europe, c'est-à-dire 3000 ans avant JC. Ce qu’il faut admettre (et que beaucoup refusent encore) c’est qu’un petit groupe d’arrivants, il y a 5000 ans, forts de cette technologie (extraction du minerai, qualité du four, façonnage) ont progressivement pris le pas sur les populations en place jusqu’à ce que les descendants actuels représentent plus de la moitié (plutôt 60%) des populations d’Europe de l’ouest. Le propos de cet article est de revenir sur cette saga telle que la génétique permet de la lire.

On dispose pour suivre le groupe R1b d’une série de marqueurs :

M343 -> M269 -> L23 -> L51 -> L11 -> P312 / U106

La série ci-dessus se lit de la façon suivante. La mutation qui fonde le groupe R1b est M343 ; tous les R1b portent cette mutation. Elle est apparue chez un homme il y a 18000 ans, c'est-à-dire après le pic de la dernière glaciation. Le marqueur M269 est porté par une branche importante de la descendance ; la branche M269 caractérise les R1b qui ont commencé à essayer de s’établir parmi les populations européennes. On trouve des M269 qui n’ont pas la mutation « suivante » L23 de la série ci-dessus qu’on nomme M269* par convention. Ainsi pour L23 : les L23* sont tous ceux qui ont la mutation L23 (et aussi, nécessairement, M269) et qui ne portent pas la mutation L51. P312 et U106 sont les 2 grandes lignées d’Europe de l’ouest ; ceux qu’on nomme « R1b » sont soit des R1b-P312 soit des R1b-U106 (et de rares R1b-L23* ou R1b-L51*).

Les cartes M269 et L23 nous apprennent que ces formes anciennes de R1b ne sont rencontrées qu’au moyen orient et très à l’Est de l’Europe, avec de rares cas en Europe de l’ouest. Ce constat établit que les R1b sont venus de l’Est. Une population qui a une base L23 est celle des Arméniens, qu’on peut voir, en première approximation, comme le groupe de départ de ces R1b. Ceci dit le groupe L23 a eu une grande diffusion et il y a des lignées juives ashkénazes et des lignées arabes qui conservent aussi ce marqueur. Le groupe L23 semble aussi avoir eu une diffusion dans l'ancien Sumer, d'où des cas Irakiens et Iraniens. Autrement dit, les deux stades R-M269 et R-L23 partagent une diffusion à travers tout le moyen orient, ET dans les Balkans. Pour identifier nos R1b nous sommes donc à la recherche d’une caractéristique culturelle ayant une diffusion aussi bien dans les Balkans qu’au moyen orient, avec comme datation, vers 3500 – 4000 ans av. JC pour les phases les plus précoces.

La métallurgie du cuivre, justement, prend son essor à ce moment là, aussi bien dans les Balkans qu’au moyen orient. C’est la culture de Vinça, proche de l’actuelle Belgrade, et le site Gumelnitsa en Roumanie et le site Tiszapolgar en Hongrie ainsi que la culture Cucuteni en Ukraine (donc une zone qui dépasse les Balkans).

 cuivreUn mot concernant le cuivre chez les Sumériens. Certains ont conclu que les Sumériens étaient identifiables au groupe R1b dans sa déclinaison L23 mais il aura suffit que ceux-ci apportent la technologie du cuivre dans une société déjà constituée, sans nécessairement prendre le pouvoir.

 

 

Ce sont des sociétés sédentaires, pratiquant l’élevage bovin. On a retrouvé aussi des traces de chariots (tirés par des bœufs) ; la roue est donc connue. Il est possible que ces chariots viennent d’une culture implantée dans les Carpates à la même époque et peut être d’origine différente mais une origine commune, peut être d'une fraction, de tous ces groupes reste l’hypothèse la plus plausible car les chariots ont aussi une diffusion, à la fois au moyen orient et dans les Balkans. Encore une fois ces développements sont bien connus dans tout le moyen orient et jusqu’à une date récente le développement dans les Balkans était mal connu ; on considérait ces techniques comme d’origine Anatolienne. La thèse défendue ici est qu’à partir d’une localisation dans le Caucase ces populations ont diffusé les dites techniques dans tous le moyen orient et se sont déplacées pour investir les Balkans dans un premier temps.

La carte R-L51* montre un stade intermédiaire, postérieur à R1b-L23. Il faut bien comprendre que la majorité des R1b actuels ont la mutation L51 mais ici on ne considère que ceux qui, en plus, n’ont pas la mutation L11 (le stade suivant), comme expliqué plus haut. On constate une absence dans les balkans et une pénétration de l'Europe. Donc, une fraction, repérée par le marqueur L51, par rapport aux R1b en place dans les Balkans, investit des parties situées à l'ouest. Parmi les R1b-L51 se dirigeant vers l'ouest, ceux qui auront la descendance R1b-L11 ont pu suivre une direction spécifique, plus spécifique que les « tentatives » L51 que repère la carte ci-dessous :   

U152 Frequency 9-28-2011Ces R1b ont tenté de pénétrer plus à l'ouest par l'Italie du nord. Nous sommes vers 3300 av. JC et la métallurgie du cuivre a progressé. La culture de Remedello produit des poignards en cuivre à cette époque. Une lecture de cette carte est que les R1b, malgré leur technologie du cuivre ne peuvent pas s'imposer face aux deux groupes principaux : Chasséens du sud de la France et d' Italie, et les peuples de la poterie Cordée, Indo-européens, situés à cette époque au niveau de la Pologne. Ces R1b-L51 (ceux qui ne conduiront pas aux groupes dominants) semblent tenter de se fondre dans les cultures dominantes de leur époque en apportant la technologie du cuivre (et sans doute aussi les chariots).

La suite de l'histoire n'est pas encore bien décryptée  ; les zones R1b-L51 au Portugal et en Belgique peuvent correspondre, respectivement, aux migrations R-P312 et R-U106, les 2 groupes qu'on associe avec la culture Campaniforme. La petite enclave du sud de l'Espagne peut être corrélée avec le site Los Millares, connu pour son travail du cuivre. Seul le cas de l'Irlande surprend car l'arrivée dans les îles britanniques paraissait plus récente (peut être un artefact Viking)

J'ai mentionné le terme « indo-européen » au sujet de la culture Cordée. La notion d'Indo-Européen est une notion dérivée de la linguistique mais je veux souligner qu'il est remarquable que les analyses de David Anthony, qui situe l'origine IE (Indo Européenne) juste au nord de la Crimée, sur le Dniepre, là où à l'époque des R1b-L23 dans les Balkans, cultures dont le rayonnement avec la culture Cucuteni – Tripolles se fait sentir jusqu'à la rive droite du Dniepre, on voit apparaître une culture adepte des stèles anthropomorphes et, plus tard l'édification de kourganes. Ce serait aussi à cette époque, vers 4000 av. JC que le cheval est domestiqué dans cette région. Il se trouve que la génétique identifie 2 groupes : les R1b précités et les R1a . L'aire d'extension combinée des R1a et R1b couvre tous les pays de langue IE. L'adéquation est assez remaquable. Reste à expliquer comment des peuples de part et d'autre du Dniepre, ayant des économies complémentaires ont diffusé une langue commune. La zone R1b groupe les langues dites du groupe « Centum » alors que la zone R1a groupe les langues du groupe Satem. Cette ancienne division des linguistes trouve donc une base au niveau des locuteurs.

Extension de l'haplogroupe R1a  :                                 Domaine des langues IE :

 

260px-Centum Satem map

  300px-R1a1a distribution

L'extraordinaire succès du groupe R1b, décrit ici est donc cosubstantiel au succès des langues IE, pour la partie Europe de l'ouest. Dotés des mêmes avantages les R1a ont conquis une zone s'étendant de la Pologne (Slaves) à la vallée de l'Indus (et, partant, à toute la péninsule indienne) en passant par l'Iran. Les atouts en question étaient (semble-t-il) : le cheval, le chariot (la roue) et la métallurgie (du cuivre). Quant à ceux qui pensaient que ces langues avaient diffusé avec les techniques, n'impliquant l'arrivée massive d'aucun nouveau groupe il suffit de faire remarquer la prépondérance des R1b dans toute l'Europe de l'ouest. Il n'y a pas eu sans doute invasion ; les nouveaux venus ayant un avantage (technologique – en incluant le savoir dans la conduite et la possession des chevaux) ont eu une descendance nettement plus importante que les populations dites de la vieille Europe. Le groupe, certainement de faible importance numérique au départ car la mutation L11 ne s'est produite que chez un seul individu il y a environ 5000 ans et elle est portée par environ 60 % des Européens qui, tous, descendent de ce seul individu, dont nous ne saurons jamais rien. Vous n'y croyez pas ? Faites le calcul avec 2 fils ayant chacun une descendance et vous verrez que c'est possible avec une bien moins bonne efficacité. Tout est dans l'avantage marginal des descendants.

Ensemble de tous les "R1b" ; les formes R1b-L23 expliquent les parties grisées des Balkans, de l'Anatolie et du Caucase :

 Haplogroup R1b

Entre dérive statistique, une loi mathématique qui explique que sans qu'il faille une sélection un seul homme d'un petit groupe voit sa descendnace prendre la pas sur celle de ses "co-équipiers", et raisons objectives dont les avantages techniques qu'avaient ces hommes ; un illustre inconnu L11 a imposé ses gènes.

 

 

Remerciements à Richard Rocca pour la carte R1b-L51

Les cartes Eupedia sont reproduites avec autorisation. Lien vers le site Eupedia :

http://www.eupedia.com/europe/neolithic_europe_map.shtml

Published by Didier
commenter cet article
6 juin 2012 3 06 /06 /juin /2012 15:57

A. Klyosov vient de publier un article intitulé : Re-Examining the “Out of Africa” Theory and the Origin of Europeoids (Caucasoids) in Light of DNA Genealogy . Ce titre et ce qui concerne la branche supposée Caucasoid n'est pas ce qu'il y a de mieux dans cet article dont je vais souligner les points qui me paraissent discutables pour mieux montrer en quoi c'est la première démonstration d'une histoire en (au moins) 2 étapes, au lieu de la sortie d'Afrique de M168, acceptée jusqu' alors.

 

Son article prend le parti pris d'une approche par les haplotypes, en concentrant l'étude sur 22 marqueurs STR dont les taux de mutations sont particulièrement faibles. En l'occurrence pour l'ensemble des 22 marqueurs, selon l'estimation de A. Klyosov, on attend, en moyenne une mutation tous les 4250 ans. Ainsi, pour être clair, si on imagine un groupe dont l'ancêtre aurait vécu il y a 4250 ans et ayant aujourd'hui une nombreuse descendance par les hommes ces descendants auront, en moyenne, un seul des 22 marqueurs modifié ; le marqueur n'étant pas nécessairement le même pour chaque descendant.

 

Avant de se concentrer sur ces 22 marqueurs, Klyosov étudie la phylogénie de l'haplogroupe A en utilisant le logiciel PHYLIP pour rechercher des groupements d'haplotypes. PHYLIP compare 2 à 2 les haplotypes et recherche les groupements qui minimisent la distance entre haplotypes. Il faut bien comprendre qu'à ce stade il n'est pas question des 22 marqueurs mais des 32 marqueurs de SGMF une base de données publiques. Il identifie 4 groupes. Quand il a fallu passer aux 22 marqueurs Klyosov n'a disposé que de peu d'haplotypes ; pour l'un des groupes il n'y a eu qu'un seul haplotype. Il s'agit donc d'une étude pionnière.

Voici maintenant les résultats des 4 groupes pour chaque marqueur :

 

DYS426 : 12 – 12 – 13 – 12 ----------------> 12

DYS388 : 11 – 10 – 11 – 13 -----------------> 11

DYS392 : 11 – 11 – 12 – 10 -----------------> 11

DYS455 : 9 – 7 – 10 – 10 -----------------> 9

DYS454 : 11 – 13 – 11 – 11 ------------------> 11

DYS438 : 10 – 8 – 16 – 10 ------------------> 10

DYS531 : 10 – 10 – 10 – 11 ------------------> 10

DYS578 : 9 – 8 – 9 – 8 ------------------> 8 (?)

395S1a : 12 – 15 – 14 – 15 ------------------> 14

395S1b : 12 – 17 – 14 – 15 ------------------> 15

DYS590 : 7 – 6 – 8 – 8 ------------------> 7

DYS641 : 10 – 10 – 8 – 9 ------------------> 10

DYS472 : 8 – 9 – 8 – 8 ------------------> 8

DYS425 : null – 12 – 9 – null -----------------> 12 (?)

DYS594 : 13 – 13 – 12 – 10 ------------------> 13

DYS436 : 11 – 11 – 11 – 9 -------------------> 11

DYS490 : 16 – 16 – 12 – 14 -------------------> 16 (?)

DYS450 : 10 – 8 – 8 – 8 -------------------> 8

DYS617 : 14 – 13 – 12 – 12 -------------------> 13

DYS568 : 9 – 11 – 12 - 8 --------------------> 9 (?)

DYS640 : 11 – 11 – 11 – 11 -------------------> 11

DYS492 : 11 – 12 – 11 – 12 -------------------> 12 (?)

 

La dernière colonne montre la valeur utilisée par klyosov comme moyenne des 4 groupes.

Pour dater l'haplogroupe A Klyosov utilise une méthode quadratique qui a l'avantage de ne pas nécessiter de corrections pour les mutations retour. Voyons ce calcul pour les 4 premiers marqueurs ci-dessus. On commence par additionner les carrés des différences avec les trois autres groupes :

DYS426 - (0+1+0) + (0+1+0) + (1+1+1) + (0+0+1) = 6

DYS388 - (1+0+4) + (1+1+9) + (0+1+4) + (4+9+4) = 38

DYS392 - (0+1+1) + (0+1+1) + (1+1+4) + (1+1+4) = 16

DYS455 - (4+1+1) + (4+9+9) + (1+9+0) + (1+9+0) = 48

Ainsi de suite, pour chaque marqueur. La somme sur les 22 marqueurs fait 984. Il faut bien voir que dans la procédure ci-dessus chaque différence se trouve comptée 2 fois. On divise donc par 2 ce résultat. 984/2 = 492 .

492 / 22 / 16 / 0.00027 = 5177 ; où 22 est le nombre de marqueurs, 16 est le carré de 4, le nombre d'haplotypes concernés et 0.00027 est le taux de mutation moyen par marqueur. Le résultat est le nombre de génération « conditionnelle » pour des générations de 25 ans. Soit 5177 x 25 = 129000 ans

 

J'ai repris les calculs avec la méthode de base, les voici.

Les 4 sous groupes de l'haplogroupe A identifiés par le logiciel PHYLIP, voir ci dessus, ont respectivement 11, 14, 27 et 18 différences avec la base déduite pour l'haplogroupe A (aussi ci-dessus) , ce qui donne :

(11+14+27+18) / 4 / 0.006 * 1.61 = 4696 générations soit 117000 ans ; à 10% de la valeur publiée. 1.61 corrige pour les mutations reverses .

Ce facteur correctif s'obtient de la façon suivante :

On établit le nombre moyen de mutation par marqueur ; soit ici : 70 /4 / 22 = 0.795 , et le facteur correctif s'obtient par : (1+e^0.795) / 2 = 1.61

 

Je suis quand même étonné par la singularité du sous groupe 3 qui apparaît distant. Il y a 36 différences entre la base du sous groupe 2 et celle du sous groupe 3. Il y a aussi le problème du nombre d'haplotypes testés sur les 22 marqueurs : 1 seul du sous-groupe 4 !

 

J'ai voulu ne pas passer sous silence la méthodologie car l'approche par les haplotypes a été critiquée. Ma position est qu'il y a nécessairement une part d'approximation mais la méthode est saine et le résultat principal me paraît acquis. De quoi s'agit-il ?

 

En analysant 7756 haplotypes couvrant tous les grands haplogroupes, par rapport à la base A déduite comme décrit ci-dessus , Klyosov reconstruit l'arbre phylogénique Y.

La grande différence avec ce qui était « avant » est qu'il n'y a plus UNE sortie d'Afrique. Il y a un ancêtre alpha, bien plus ancien que décrit précédemment ; avec une scission entre d'une part l'haplogroupe A et les autres haplogroupes qui ont tous un ancêtre commun plus récent, entre 60000 et 70000 ans comme décrit précédemment pour l'arbre Y entier. C'est donc tout un pan de l'arbre qui se révèle. En gros, on a d'une part les San, ou Boshimans et leur langue à clics (ceux du film « les dieux sont tombés sur la tête ») et d'autre part tous les autres, dont de nombreux africains.

Klyosov insiste beaucoup (sans doute trop) sur le fait que l'origine géographique en Afrique n'est pas établie. La nature africaine de la branche San (haplogroupe A) n'est pas discutable mais l'ancêtre Beta pourraît correspondre à une sortie d'Afrique et donc la scission serait une différence géographique. Rien ne permet d'établir cela mais Klyosov tenait à critiquer « Out of Africa » dans sa formulation de base pour insister sur la nouveauté qu'apporte son arbre.

Figure3-ooA

 

 

 

Je fais remarquer que l'arbre Y ainsi obtenu ressemble (enfin ! ) à l'arbre obtenu avec l'ADN mitochondrial en groupant L0 et L1 comme branche africaine et L3 correspondant à BETA. Une telle ressemblance est très satisfaisante d'un point de vue conceptuel. Reste qu'il semble que de nouveaux haplotypes A anciens aient été trouvés et cet article aura été le premier d'un travail de remise à plat de l'arbre et de ses fondements en Afique. Klyosov a raison quand il critique la base insuffisante sur laquelle l'origine africaine a été  établie . Il est incroyable de constater le peu d'haplotypes de l'haplogroupe A disponibles. C'est un point faible de cet article mais aussi de tout ce qui a précédé.

A noter aussi que l'arbre déduit d'Helicobacter pylori trouve aussi cette spécificité des Sans et un arbre avec d'une part ces sans et d'autre part tous les autres groupes.

Il est tentant de voir dans l'ancêtre BETA une tentative ancienne de sortie d'Afrique. Il faut bien voir qu'entre 130000 ans et 80000 ans il y a eu un interglaciaire permettant à des hommes de s'implanter dans des zones plus septentrionales. Cette évolution hors d'Afrique aurait eu lieu entre 130000 et 70000 ans avec, au moment de la glaciation de Riss (- 70 000 ans), une grosse réduction de population, de telle sorte que tout se passe comme si un petit nombre de survivants « sortaient » d'Afrique , alors qu'ils en étaient sortis il y a longtemps. Reste qu'il y avait des compétiteurs, les hommes de Néandertal, et je ne pense pas que ce groupe BETA ait pu sortir de la péninsule arabique ; c'est à dire qu'ils ne sont pas allés loin de l'Afrique. Les 2 lignées mitochondriales M et N laissent la possibilité, dans ce contexte, de 2 zones refuge, l'une sur la côte pacifique et l'autre plus septentrionale.

Published by Didier
commenter cet article
31 mai 2012 4 31 /05 /mai /2012 14:59

 

Le présent article va se focaliser sur ce qu'on peut apprendre sur nous, Homo sapiens via l'étude de la bactérie parasite Helicobacter pylori . C'est l'occasion aussi de découvrir un champ de recherche très actif depuis la découverte de cette bactérie en 1982 par Barry Marshall et John Robin  Warren. C'est, en effet, à cette date que ces chercheurs identifient cette bactérie chez des patients souffrant d'un ulcère à l'estomac. Le lien sera ensuite établi entre l'infection par Helicobacter pylori et le développement des ulcères. Cette découverte a été récompensée par le prix Nobel en 2005. Environ 50 % des hommes sur toute la planète sont porteurs de cette bactérie et tous ne développent pas un ulcère : il y a des facteurs déclenchants. Il a été montré qu'Helicobacter pylori est aussi responsable du développement de certains cancers de l'estomac. Le déclenchement de ces cancer est médié par des protéines d'ancrage (Cag) produites par certaines souches ; seules les souches d'Helicobacter pylori porteuses de gènes Cag sont suceptibles de provoquer ces cancers. Cag1 est inclus dans la paroi de l'estomac et des modifications de cette protéine déclenchent le cancer.

J'ai été un peu long sur cette présentation car je crois que beaucoup de personnes ignorent ce progrès dans la compréhension (et la guérison) des ulcères de l'estomac. Le lien avec Homo sapiens, en tant qu'espèce, vient de ce que les études sur les Chimpanzées ne trouvent aucun Helicobacter pylori et il y a de bonnes raisons de penser que l'homme a été infecté lors de son changement alimentaire au tout début de l épopée humaine décrite par la théorie « Out of Africa » postulant un berceau africain et une expansion à partir d'Afrique. Or, la relation parasitaire fait que les changements intervenus chez ces populations en évolution se sont répercutées sur la bactérie. Une relation étroite entre chaque population dans un lieu précis et la souche d'Helicobacter qu'on trouve a été établie et cette relation est « familiale » dans le sens où cette bactérie ne se transmet pas si facilement ; par voie fécale – orale sans doute. Les groupes humains successifs ont donc véhiculé leur Helicobacter pylori et la génétique des souches permet de retrouver un arbre semblable à celui établi pour l'homme, confirmant la migration « out of Africa ». C'est un segment de l'ADN bactérien porteur d'une série de gènes très conservés (fonctions essentielles), ne présentant donc que peu de mutations qui a servi à comparer les souches. On observe une diversité génétique plus importante en Afrique et l'arbre des mutations s'explique bien en corrélant la distance à l'Afrique et le nombre de différences par rapport à une souche africaine. Il y a donc bien eu diffusion démique. Pour comparer les souches d'Helicobacter entre elles et chercher d'où vient notre Helicobacter on a utilisé la comparaison des ARN 16S, une forme ubiquitaire d'ARN (présent chez toutes les bactéries) et très conservé. Il est intéressant de savoir qu'on peut aussi dresser l'arbre des primates via l'ARN 16S des mitochondries de nos cellules. Helicobacter pylori est proche de l'espèce Helicobacter acinonychis qui infecte les grands félins. Certains auteurs pensent que ces grands félins ont été infectés en consommant nos ancêtres mais la relation inverse est au moins aussi possible : c'est en consommant les restes laissés par les grands félins alors que nos ancêtres lointains se mettaient à consommer davantage de viande que la contamination a pu s'établir. On aurait donc là, la trace d'un changement spécifique à la lignée humaine et que nos cousins Chimpanzées n'ont pas vécu. La datation de cette « inoculation » n'est pas connue car l'ARN 16S ne permet que des comparaisons sur une grande échelle de temps ; voir les arbres pour primates et souches gastriques d'Helicobacter :

 

 

 

               

Helicobacter cetorum qui est l'autre espèce relativement proche de H. pylori infecte les cétacés. Quittons les spéculations sur l'origine de H. pylori pour étudier la variabilité génétique de H. pylori. On peut grouper les souches de H. pylori en 7 ensembles dont 6 sont proches et relativement distants du sixième (hpAfrica2) localisé en Afrique du sud et correspondant aux populations San, ces peuples de langues à Clics (les Boshimans du film « Les dieux sont tombés sur la tête »).

 

 

hpSahul représente le groupe lié aux hommes qui ont colonisés l'Australie, proches des deux groupes asiatiques. HpAfrica1 est en Afrique de l'ouest. L'Europe a subi une influence venue d'Afrique et venue d'Asie. Le schéma de migration est le suivant :

 

Les dates sont déduites de l'étude de la variabilité génétique de H. pylori. Des travaux plus récents décalent à 135000 ans la sortie d'Afrique (au lieu de 200 000 ans). On peut mettre en parallèle l'arbre phylogénique humain, déduit de l'ADN mitochondrial, et l'arbre H. pylori maintenant que de très nombreuses souches de H. pylori ont été étudiées :

 

 

 

 

 

 Le triangle noir indique les San qui ont été infectés par les souches des envahisseurs non-San lorsque les Bantous et autres peuples africains (non-San) sont arrivés avec l'agriculture et ont repoussé les San dans les lieux impropres à l'agriculture. La dichotomie San et non-San de la phylogénie de l'ADN mitochondrial était connue mais l'étude de H. pylori souligne cette dichotomie car ce sont les San qui ont des souches plus proches de H. acinonychis (félins) et on voit une partie des San « colonisés » par des souches d'agriculteurs. C'est très explicite.

 

L'origine de l'homme : il serait pourtant faux de voir dans les San nos ancêtres. Il y a eu un ancêtre commun San / non-San et une divergence ancienne. On pense actuellement qu'une étape dans la péninsule arabique pourrait expliquer la dichotomie marquée : les populations africaines non-San seraient revenue sur le continent Africain après une étape péninsulaire où s'est formé ce groupe qui a conquis le monde. Certains soulignent que « Out of Africa » n'est peut être pas vraiment parti d'Afrique si l'étape en péninsule arabique a eu un tel effet fondateur. En quelques années Helicobacter pylori s'est imposé comme une composante de l'histoire de l'homme. On attend ce que les souches Européennes auront à nous dire sur les différentes vagues de migrations vers l'Europe. D'ors et déjà nous savons qu'il y a eu migration de peuples ayant apportés avec eux leurs souches de H. pylori. Le sud de l'Europe a subi une influence venue directement d'Afrique de l'ouest (sans doute via l'Espagne) qui n'a pas pénétré le nord de l'Europe plus proche de l'influence asiatique. 





Published by Didier
commenter cet article
27 avril 2012 5 27 /04 /avril /2012 23:41

                                             

Les  Bituriges  sont  l’un  des peuples de la confédération gauloise. César mentionne ce peuple en expliquant  qu’au moment où  Vercingétorix  essayait d’appliquer une stratégie de la terre brûlée, les Bituriges ont obtenu que leur cité, Avaric  (Bourges)  ne soit pas brûlée et César en a profité pour faire le siège et obtenir une victoire. Curieusement, les traces du siège décrit par César ne sont pas retrouvées par les archéologues ; seul le site correspond à la description. 

Nous ne reviendrons pas ici sur l’ensemble des fouilles et des artefacts retrouvés sur le territoire Bituriges. Il s’agit d’une enquête génétique, basée encore seulement sur un petit nombre de résultats mais qui va nous permettre de faire le point sur ce que l’on pense des origines  Celtes  à la lumière des récents progrès de la génétique.

Avant d’en venir à la génétique, revenons sur les grandes étapes reconnues par les historiens et les archéologues. Faisant suite à la civilisation des Champs d’Urnes, de l’âge du bronze, caractérisée, entre autre par la crémation des corps dont les cendres étaient placées dans les urnes funéraires qui donnent leur nom à cette civilisation, se développe vers la cité éponyme de Hallstatt en Autriche une civilisation nouvelle qui va produire le premier fer connu en Europe.

 

Extension géographique de la civilisation de Hallstatt :

extension-Hallstatt

On constate que Hallstatt est une civilisation alpine qui ne fait qu’effleurer la France par la partie des Alpes du nord, sur cette carte.  Cependant, on distingue 2 périodes, et lors de la période « faste » connue pour ses tombes princières, il y a eu une extension à l’ouest jusque dans le Berry, une région riche en minerai de fer.  Une tombe à char, typique de la période entre VIIème et le Vème siècle avant notre ère, a même été trouvée à Bourges, faisant suite à d’autres tombes à épées qui ne laissent aucun doute sur l’occupation ancienne du Berry et sur l’arrivée de populations, venues de l’Est. Ce n’est qu’au cours du second âge du fer, lors de la période dite de La Tène, dont l’apogée est environ 350 ans avant notre ère, que les Celtes occupent la plus grande partie du territoire correspondant à la France.

Revenons aux Bituriges. Les textes anciens distinguent les Bituriges Cubi et  Vivisques. Les Bituriges Cubi sont localisés dans le Berry alors que les Bituriges Vivisques sont dans la région de Bordeaux. Il semble que ce sont les  romains qui  ont déplacé des populations pour occuper une région, l’Aquitaine, alors peuplée de populations non celtes.

 

peulpecelte3rx

 

Les Bituriges Vivisques ne sont pas représentés sur cette carte.

L’origine ancienne des Bituriges explique que quelques siècles plus tard, lors de l’arrivée des Romains, les Bituriges ont perdu leur suprématie au profit des Eduens et des Arvernes, mieux placés géographiquement pour les échanges avec le monde méditerranéen.

 

La  piste  génétique :

L’adéquation entre un seul marqueur génétique et une population aussi vaste que les Celtes est impossible. Bien entendu, les celtes étaient, déjà à leur époque, le résultat de toute une histoire mêlant des gens de différentes origines. Cependant, on connaît des marqueurs qui permettent de suivre certaines populations ; ils constituent une sorte de spécificité de ces populations. Le marqueur  U152  du  chromosome  Y  est l’un des ces marqueurs.  Il faut rappeler qu’un arbre peut être dressé depuis le marqueur M168 commun à toutes les populations hors d’Afriques et aussi certaines populations africaines, jusqu’aux groupes récents. Un groupe, repéré par un marqueur comme U152, a un groupe parent et des groupes frères. Le groupe parent de U152 est le groupe P312, lui-même du grand groupe R1b. En raccourci on pourra écrire : R1b-P312 -à R1b-U152 ; cela signifie, entre autres que tous les U152 portent aussi la mutation P312, typique de toute l’Europe de l’ouest. Certains veulent voir dans ces P312 des préceltiques. Les autres groupes d’une certaine importance numérique issus de P312 sont : R1b-Z196  et  R1b-L21. Rapidement, de R1b-Z196 sont issus les Basques et les Aquitains mentionnés plus haut mais aussi toute une population le long de la façade atlantique ;  les R1b-L21 sont très nombreux dans les îles britanniques mais aussi à l’ouest de notre territoire : nous allons voir que les U152 arrivent de l’Est et il est probable que cette extension s’est faite aux dépends des R1b-L21.

Carte de densité des U152 :

 

U152 Frequency 9-28-2011

La carte ci-dessus montre tous les U152 mais on connaît, en fait, tout un arbre à partir de U152, et tous les développements actuels visent à identifier les différents rameaux.

 


Il y a donc 3 branches principales et nous allons nous intéresser plus spécifiquement au rameau : U152 ----
à L2 ----à L20 , en précisant que de nouveaux marqueurs vont permettre de subdiviser encore  L20.

 

La carte  U152  montre un groupe avec des densités plus élevées en Italie du nord (et en Corse). On ne peut pas identifier exactement des densités élevées avec l’origine. Il est connu que les populations celtes de Bavière, au nord des Alpes ont été attaquées par les Germains, venus du nord, de telle sorte qu’à l’époque romaine, déjà, César distingue Gaulois et Germains alors que l’histoire, la toponymie et maintenant la génétique montre que ces territoires ont été occupés par de mêmes populations. Il faudra un échantillonnage bien plus important, notamment en France, pour identifier les sous-groupes U152. Ici, je présente une carte google de personnes ayant fait des tests à titre privé et s’étant géo-localisés en tant que L20.  Je répète : ces « L20 » sont  R1b-U152 ; simplement ils sont identifiables parce qu’ils portent, en plus, le marqueur L2 et le marqueur L20. Nous manquons de testeurs en France et les proportions numériques ne doivent pas être prises en compte : il est fort possible que la fréquence des L20 soient importante en France ; cela reste une inconnue.

Carte  google des L20 :

 

 

U152-L20 


Il n’y a que 9  L20  connus, à ce jour en France, sur un total de 70  cas  environ  mais , sur ces 9, il y en a  3  en Berry  et 2  sur la côte atlantique, pas très loin de Bordeaux. Sinon, on remarque une sorte d’axe le long du Rhin. Encore une fois, l’excès de cas anglais vient du plus grand nombre d’anglais qui pratiquent les tests génétiques.

 

 diagramme-L20

           

En plus d’être identifiés comme  « L20 »  ces personnes ont aussi  fait les tests pour avoir un haplotype, ce qui permet d’étudier l’histoire du groupe en inspectant la variabilité des haplotypes. On peut dater, approximativement, le groupe par le graphique ci-dessus dont la lecture est celle-ci :  Le groupe a eu une première phase d’expansion à l’âge du bronze, il y a environ 3400 ans (-1400) , puis une seconde phase vers 500 – 600 avant notre ère ; ce serait cette époque qui correspondrait à l’expansion Bituriges. Donc, un groupe de métallurgistes qui, peu après la maîtrise de la technologie du fer a essaimé, repoussant sans doute des L21, pour s’emparer d’un territoire riche en mines de fer. Il faudrait, bien sûr, davantage d’échantillons de L20 pour affiner l’analyse.

J’ai voulu montrer sur cet exemple la précision que la génétique peut espérer atteindre dès que les tests seront plus largement répandus. L’adéquation entre les cartes du Hallstatt et la carte U152 n’est pas très bonne mais les cartes montrent quand même une correspondance entre les zones celtes et l’extension  U152. Il est à noter comme l’archéologie et la toponymie l’avait  déjà montré que l’origine celte n’est pas en Irlande ou en Ecosse. Les populations L21 notamment, ont sans doute acquis de leurs vainqueurs les valeurs celtiques d’aujourd’hui. L’Irlande est environ à 75%  R1b-L21 . Voyant cela, on a voulu chercher une seconde base celtique. Je pense que les L21 représentent les « Bretons » de l’île de Bretagne, autrefois aussi sur le continent. Notre Bretagne semble peuplée d’un mélange de types R1b, encore à préciser.

D’un point de vue historique nous connaissons tous l’épisode des oies du capitole lors de l’attaque des gaulois commandés par Brennus. On constate sur la carte génétique que les gaulois cisalpins (du côté de l’Italie) étaient sans doute nombreux. Je me demande si l’origine Biturige souvent avancée pour ce Brennus n’est pas le résultat d’une confusion due à l’origine commune de ces peuples.

Je termine par un appel : si vous avez des origines berrichonnes je vous engage à faire un test. Les anciennes limites du pays Bituriges peuvent être plus étendues que les départements du Cher et de l’Indre ; une extension vers le pays de Montluçon a pu avoir lieu….

Published by Didier
commenter cet article
6 avril 2012 5 06 /04 /avril /2012 14:42

Copernic  et  origines

Récemment,  j’ai  poursuivi  plusieurs  lièvres  et  le  blog  a  pris  du  retard.  Deux  articles de  2012  sur l’ADN  mitochondrial  m’encouragent  à  remettre sur le  métier  l’utilisation  de cet ADN   pour  étudier  la lignée  de mère  en  fille et,  par cette voie,  les  origines  de l’homme.

Je  reviens  rapidement  sur  cet  ADN   mitochondrial.  Les  mitochondries  sont  de  petites  entités  (on  dit  des  « organites »)  présentes  dans chacune  de  nos  cellules  (hommes  et  femmes)  et  lieux  de  synthèses  importantes. Il  se  trouve  que  ces  mitochondries ont  un  ADN,  indépendant  de  celui  présent  dans le  noyau.  L’ADN  mitochondrial  est  distinct  de  celui  des  chromosomes.  Le  pourquoi  d’une  telle  situation  sort  du cadre  de  cet  article  mais  cet  ADN  est  transmis  d’une  génération  à  l’autre, et  ça  c’est  notre  sujet. La  taille  de  cet  ADN  est  de  16569  nucléotides,  ce  qui  est  tout  petit  par  rapport  à  la  taille du  plus  petit  de  nos  chromosome,  le chromosome Y :  53  millions  de  nucléotides.

La  transmission  mère-fille  ne  doit  surtout  pas  faire  oublier  que  les  hommes  aussi  ont  des  mitochondries  et,  donc, de  l’ADN  mitochondrial. Il  se  trouve  que  le  spermatozoïde  perd  son  flagelle  en  pénétrant  dans  l’ovule,  et  avec  le  flagelle   ses  mitochondries. Ce  sont  donc  les  mitochondries  présentes  dans l’ovule  qui  sont  transmises  aux  enfants.

Ces  rappels  étant  faits,  on  peut  ajouter  que  la  relative  petite  taille  de  l’ADN   permet  un  séquençage  total,  la  détermination  exacte   de  l’enchainement  des nucléotides  avec  des implications  médicales  car  il  y  a des  mutations  de cet  ADN  qui sont responsables  de  maladies  génétiques,  et  aussi  des  implications  génétiques  car,  en  se  transmettant  de  mère  en  fille  sans  remaniement  (les  « crossing-over »  qui  affectent  les  chromosomes)  de  rares  mutations  (un  nucléotide  modifié  en un autre, ou disparu  ou  dédoublé) se  sont accumulées  et  permettent  de  retracer  l’arbre  des  filiations.  Une  société  commerciale  spécialisée  dans les  tests  génétiques a  permis  à  de nombreux  particuliers  de  connaître leur  ADN  mitochondrial et,  par là,   ils  se situent  dans l’arbre  génétique.

C’est  justement  l’ensemble  de  ces  analyses  « payantes », collectées (uniquement  dans le cas   les personnes  l’acceptent -  bien  sûr)  dans  une  banque  de  données  qui  viennent de permettre  une méga  mise  à jour  en  doublant  (quasiment)  le  nombre  de séquences,  ce  qui  abouti  à  un arbre  très  détaillé  et,  un  nouveau  regard  sur  cet  ADN  qui  justifie  la  référence  à  Copernic  dans  le  titre  de  l’article  publié  (et de ce  texte) : A   Copernican reassessment of the human mitochondrial genome.  Que  vient  faire  Copernic  dans  cette galère ?   Pour dire qu’une séquence comporte une mutation il faut la comparer, il faut une référence et, au tout début de cette quête c’est la séquence d’un quidam anglais à qui avait échu ce rôle.  Il  s’est vite avéré qu’il s’agissait  d’une séquence très éloignée  de  la  racine de l’arbre  génétique  tel qu’on  pouvait  le reconstruire.  Dans l’article, le pas est franchi et sur la base notamment des  séquences  d’ADN mitochondriaux d’hommes de Neandertal ayant une position externe nécessaire pour « raciner » un arbre, une  séquence théorique,  RSRS, pour  « Reconstructed  Sapiens  Reference  Sequence »  remplit  maintenant ce rôle.

arbre-mtDNA

Sur  la  figure  ci-dessus (extraite  de l’article)  la position  de l’ancienne référence  est  rCRS  (pour « revised Cambridge  Reference  Sequence »). Une observation très utile faite à partir des résultats (mais faite par d’autres avant cet article) a été que les  substitutions, un type de mutations, en excluant par exemple les délétions et les duplications  s’accumulent  de façon quasi  linéaire avec le temps, au rythme de 7 substitutions  tous les 20000 ans ; c’est ce que les abscisses (en haut et en bas de la figure) représentent. Cette figure combine les résultats de  18843  ADN  séquencés (KYBP = Kilo Years Before Present).

Par rapport à  la  théorie  « Out of Africa » qui veut que la sortie d’Afrique se soit fait en une fois, c’est  L3 qui est à la base de tous les ADNs hors d’Afrique avec 2 branches : M  et  N ; la branche M correspond à une migration « sud » longeant les côtes vers l’Inde puis l’Océanie et, vers le nord (sans doute) le passage vers les 2 Amériques , alors que la branche N aboutit aux groupes (on dit « haplogroupes ») couvrant l’Europe et le moyen orient. Le début de la « croissance exponentielle »  figurée par le nombre de groupes, précède le néolithique et est plutôt contemporain de la conquête de l’Europe (et d’autres territoires nordiques) à partir de -50000 ans.  Tous les autres groupes L, L0 à L6  sont  spécifiques à l’Afrique, sauf pour ce qui suit sur le groupe L1b. L0 est un groupe qui est typique des populations ayant une langue à clic  (voir le film : « Les dieux sont tombés sur la tête »).

Il  se  trouve  que  mon attention a  été  attirée  par  un  autre  article  portant sur la présence à très basse fréquence d’haplogroupes L en Europe.  Bien entendu, il y a eu toute une série de mouvements de populations assez récents, dont la traite des esclaves, qui expliquent pour partie ces résultats inattendus. En filtrant ces cas, on trouve quelques cas, une cinquantaine à partir de la base de données non encore augmentée (9400 ADN) formant des groupes avec des mutations spécifiques (non connues en Afrique) et dispersés à travers l’Europe.

haplogroupes-L

 

Extrait de : Cerezo et al. (2012) ;  10.1101/gr.134452.111

La figure ci-dessus montre la répartition de l’ensemble des haplogroupes L en Afrique puis du sous groupe L1b, l’une des deux branches de L1  avec L1c .  Il s’agit de groupes dont l’origine est très ancienne et, même les « rameaux » comme L1b1a  sont anciens. Par rapport, toujours, à « Out of Africa » la question posée est celle de mouvements de populations, anciens, et  à l’écart des 2  branches M et N qui, selon ce modèle, sont les seuls à diffuser dans le reste du monde à partir de l’Afrique. La carte ci-dessous est un peu plus précise :

dispersion-L1

 

Ce qui est frappant, c’est la dispersion  de  l’haplogroupe L1b  (et quelques L2)  à  0.5 % ou même moins, à travers l’Europe. Ce que suggèrent ces données c’est une ancienne arrivée de L1b1a  en Europe et évolution sur place. Le groupe L1b1a8, par exemple, est inconnu sur le continent africain alors qu’il y a déjà 6  cas  distincts  connus ayant de telles différences que cela indique un ancêtre commun il y a 10000 ans (pour ce seul groupe). Si l’arrivée de ces L1b1a correspond à une seule migration elle doit être bien antérieure.

Ce que cet article veut montrer c’est que le nombre de séquences mitochondriales connues est maintenant suffisant pour permettre des observations fines. Avec le doublement de la base de données, l’article de Cerezo et al. aurait plus d’une centaine de cas à discuter. Behar et al. (auteurs de l’article  « A Copernican… »)  trouve que l’haplogroupe U, issu de R (voir la figure de l’arbre génétique) est apparu il y a 45000 ans  ce qui en fait un candidat sérieux mais j’ai voulu montrer que la génétique des populations nous réserve encore des surprises et une ancienne migration L1b1a expliquant l’une des cultures paléolithiques reste possible, égratignant au passage  « Out of Africa ». Il est quand même stupéfiant que des personnes de très lointaine origine européenne se découvrent d’un haplogroupe, jusque là considéré comme typique de l’Afrique équatoriale ;  nous sommes tous cousins !      

Pour ceux qui sont tentés : voir http://www.familytreedna.com  ; ils ne sont pas les seuls mais ils sont leaders pour le séquençage .                                                                                                            

 

Published by Didier
commenter cet article