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29 mars 2012 4 29 /03 /mars /2012 21:24

Ce court texte que je vais mettre à jour pour des liens de DNA Genealogy. Il nous faut un équivalent français et vous pouvez poster vos suggestions.

Le site DNA-forums.org a fermé et c'est un peu un problème car il y avait une banque de discussions intéressante...

Le site a fermé alors que je venais de prendre mes distances ce qui fait que je n'ai pas su le fin mot de l'histoire. Je ne voudrais pas tirer la couverture à moi mais je me demande si le propriétaire du site n'a pas voulu ainsi protester contre un arbitrage où il était minoritaire mais du même côté que moi...

 

Il y a une dispersion. le site qui mime dna-forums est : http://eng.molgen.org/

Je trouve que le site de Maciamo : http://www.eupedia.com devient plus convivial ; je vais le généraliser sur tous les textes que je vais mettre à jour mais Maciamo qui dirige Eupedia est à l'origine de plusieurs des belles cartes que j'ai utilisées.

Il y a aussi : http://www.dna-forum.net/ 

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15 mars 2012 4 15 /03 /mars /2012 22:28

Cet article fait un peu suite au texte « L'effet Toba » et se propose de traiter de la branche Europe dans la dispersion des hommes sortis d'Afrique avec la dernière vague de peuplement porteuse de la mutation Y M168. Deux figures permettent de rappeler l'état des lieux :

Capture-arbreY-mod-copie-1northern-tree

 

 

A partir de la branche F on a une branche IJK, mal représentée sur la figure ; Il y a d'abord G et H qui se séparent du tronc principal comme sur la figure mais la branche principale est [IJK] et la séparation [IJ] et K est plus tardive que considérée sur la figure de droite. R1a et R1b sont bien plus tardifs et ne devraient pas être représentés ici.

Les dates pour [IJK] sont encore incertaines (et donc fluctuantes selon les études) mais il n'y a pas d'autre branche qui puisse vraiment postuler pour la conquête de l'Europe. Vers 40000 ans l'homme de Neanderthal est encore le principal hominidé en Europe. Son territoire allait vers le sud jusque vers le proche orient. Je pense que c'est déjà [IJ] nouvellement formé qui a jeté les premiers ponts vers l'Europe et que ce passage s'est fait par le Caucase. Donc, IJK serait à la place de IJ sur la figure et IJ serait à la place de R1a (en rose). [IJ] va d'une part en Europe et d'autre part vers l'emplacement indiqué J sur la figure et nous allons suivre ces 2 branches.

L'Europe a comme caractéristique d'être peuplée par l'homme de Néanderthal et la conquête retardée de l'Europe, par rapport à l'Australie, par exemple, peut être liée au climat ou à une compétition entre homme moderne et homme de Néanderthal dont l'issue aurait été longue à se dessiner. On observe que la disparition de l'homme de Néanderthal est contemporaine des progrès de l'homme moderne en Europe. Il faut savoir qu' on a pu reclasser des fossiles et confirmer l'existence d'ossements « modernes » (non Néandertaliens) en Europe dans la période -35000 à -29000 ans qui correspond à l'Aurignacien (mais on n'a pas encore trouvé d'ossements autres que très fragmentaires liés clairement à l'industrie aurignacienne) .

Il n'y a plus, à ce jour, d'hommes [IJK] ou [IJ] . Les groupes I et J semblent s'individualiser il y a un peu plus de 20 000 ans lors du dernier maximum glaciaire qui a isolé les groupes et conduit à [IJ] ---> I , en Europe, et [IJ] ---> J au proche orient. Par dérive génétique, effet statistique ne demandant aucune sélection particulière, le groupe parent [IJ] (voire [IJK]) est entièrement remplacé. Donc, quand on analyse les populations I d'Europe on trouve un âge d'environ 22 000 ans et tout se passe comme si ce qui précède était hors d'atteinte à cause d'une forte diminution des effectifs et d'un effet « refondateur » des survivants. Il se trouve que 22000 ans c'est plus ou moins la limite Gravettien / Solutréen ; [IJ] pourrait donc être le groupe du Gravettien et I le groupe apparaissant au Solutréen, mais c'est très hypothétique.

Dans un article paru ailleurs j'avais titré : « Adieu Paléolithique » en référence à la situation actuelle de la compréhension du peuplement en Europe. En plus des effets statistiques liés à la forte baisse des effectifs, il y a eu ensuite la vague néolithique qui a noyé les populations antérieures suite à la forte augmentation démographique permise par l'agriculture. En gros, les « paléolithiques » se sont retrouvés à 10 – 15 % de la population résultante. En Afrique on trouve encore des populations correspondant aux « paléolithiques » manquants d'Europe, là où la forêt a préservé des populations de chasseurs cueilleurs (pygmées par exemple).

 

Le groupe I que je vais présenter est donc un peu comme un vieil arbre avec 2 branches, I1 et I2 correspondant aujourd'hui à des populations très différentes.

 

Haplogroupe I1 :

 

Capture-I1

 

 

 

 

 

 

 

Haplogroupe I2a :

Capture-I2a

 

 

Le groupe I2a est, de loin, la branche principale de l'haplogroupe I2 dont a a récemment identifié 2 autres petites branches I2b et I2c. On ne connaît qu'une cinquantaine de cas pour ces branches là avec une présence notable en Arménie et jusqu'en Iran. En fait, I2a recouvre 2 ensembles distincts : I2a1 présent en Sardaigne et en Espagne mais aussi dans les Alpes dinariques (Croatie) et I2a2 , plus continental.

Le groupe I1 est surtout scandinave et la diffusion de ce groupe permet de suivre les Vikings dans leurs bases comme en Irlande où Dublin a été fondée par les Vikings. On peut voir I1 comme un groupe ayant fuit vers le nord à l'arrivée des néolithiques. Ce groupe montre une expansion depuis 4200 ans ce qui correspond à l'âge du bronze et à la possibilité de cultiver dans la zone scandinave. Donc, il y a eu diffusion des techniques néolithiques et ces groupes adaptés aux climats nordiques ont su devenir des agriculteurs (et des métallurgistes). Ce que repèrent les graphes ce sont ces rameaux d'anciens paléolithiques ayant eu ultérieurement un développement néolithique.

Un mot de l'haplogroupe J , cousin du proche orient dont la branche J2 a justement été l'une des diffusions néolithiques avec un peuplement significatif en Italie du sud, d'où les romains l'on diffusé dans leur empire.

Haplogroup-J2

De même que pour les haplogroupe I , il s'agit d'une composante minoritaire sauf dans des parties de l'Italie du sud et sur les côtes Corses. On voit ainsi comment une certaine diversité européenne s'est construit à partir d'un vieux fond européen (paléolithique) et d'apports bien ultérieurs. Il se trouve que le principal groupe en Europe de l'ouest actuellement (R1b) est postérieur aussi bien à l'haplogroupe I et même à la migration J2. Nous savons aujourd'hui que les Celtes sont une composante relativement récente par rapport au peuplement I1, I2 et J2 qui fait l'objet de cet article.

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15 mars 2012 4 15 /03 /mars /2012 13:55

 Il faut discuter de la formation de nos élites et ne pas laisser les seuls experts décider.

 

Préambule :

Certains voudraient limiter les sujets propres aux débats électoraux à des questions « nobles » alors que d'autres questions n'auraient pas leur place dans un tel débat. Je suis dTintin'un avis tout à fait opposé car il n'y a plus de débat citoyen et de nombreuses questions ne peuvent recevoir l'écho mérité que dans ce court laps de temps où la démocratie reprend ses droits (étant entendu que les votes des députés godillots sont une insulte à l'idée de démocratie).  L'éducation ne semble admise comme sujet que sur la question des moyens. Surtout, l'enseignement post-BAC est laissé en dehors des discussions pour l'ensemble de la nation. C'est une erreur. Il faut discuter de la formation de nos élites et ne pas laisser les seuls experts décider. Il y a en France une spécificité due aux classes préparatoires aux grandes écoles. Il y a eu des évolutions et il y a aussi des blocages venant d'une partie des enseignants. Il ne faudrait pas que sous le faux prétexte de recherche d'économies on tranche un débat APRES les élections et en absence de tout débat citoyen.

 

Le mouvement des jeunes socialistes, le 2 avril 2011 a proposé, parmi 8 propositions la "fusion des universités et des grandes écoles". Un autre texte socialiste contient cette phrase : "La concurrence stérile entre filières de formation, au détriment des universités, doit prendre fin par le rapprochement progressif des grandes écoles et des classes préparatoires avec l'université. Dans ce cadre, nous devons accélérer la création de grands pôles universitaires." La ressemblance avec les PRES, « Pôles de Recherches et d'Enseignement Supérieur », que la ministre actuelle , sur la base d'une loi d'orientation votée en 2006, tente de mettre en œuvre montre que les grandes manœuvres sont en marche. Peut être est-il temps que le vote citoyen puisse s'exprimer. Encore faudrait-il que les enjeux soient clairement expliqués et on n'est pas parti pour. Cet article est écrit avec la conviction que le maintient, ou non, des « classes prépas » et des concours d'entrée aux grandes écoles est une décision majeure. Évitons des décisions de ces mêmes experts qui ont tenté avec l'insuccès que l'on sait de refondre les programmes d'enseignement. Les PRES sont de ces modifications sur lesquelles on a pris l'habitude de ne pas consulter le peuple, alors que la conduite des études et les diplômes concerne chacun de nous. Pour ceux qui ne sont pas du tout au courant le pôle Paris Tech concerne : L’École Nationale des Ponts et Chaussées ; L’École Nationale Supérieure d’Arts et Métiers ; L’Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Paris ; L’École Nationale Supérieure des Mines de Paris ; L’École Nationale Supérieure de Techniques Avancées ; L’École Polytechnique ; L’École supérieure de physique et chimie industrielles de la Ville de Paris ; Le Groupe des écoles des télécommunications ; Le Groupe des écoles nationales d’économie et statistique ; L’institut des sciences et industries du vivant et de l’environnement (AgroParis Tech) Avant de discuter plus précisément de ces projets j'ai pensé qu'il fallait éviter les lieux communs et les idées reçues sur un sujet très décrié (les grandes écoles). Une recherche web m'a appris qu'un rapport de 2006 intitulé : « Diversité sociale dans les classes préparatoires aux grandes écoles : mettre fin à une forme de délit d'initié » a été remis au Sénat. Ce texte est assez complet. L'avantage de le considérer après quelques années c'est qu'on voit le suivi à peu près nul. En particulier, le rapport recommande une information au niveau des lycées pour une démocratisation des écoles prépas. D'autres ont repris ce point, avec raison, parlant d'auto-censure pour expliquer que de nombreuses familles n'envisagent pas cette filière. Diagnostic correct mais peu de progrès sur le terrain. Il y a une vraie scission sociale. Le rapport souligne que les prépas sont aujourd'hui nettement plus nombreuses en province,ce qui peut être important pour des élèves ne pouvant se loger à Paris mais les différences de niveaux persistent avec les prépas comme Louis le grand ou Henri IV . Il y a aussi davantage d'écoles d'ingénieurs, peu d'élèves sortent de prépa avec « rien ». Reste la zone d'origine des élèves et les essais d'intégration d'élèves de ZEP. Le niveau en maths en Terminal S quand les profs ne font pas le complément (tout à fait non officiel) qui permet à un élève d'être prêt au niveau « prépa », jouent contre ces élèves. Alors, faut-il jeter le bébé avec l'eau du bain et supprimer les prépas parce que le niveau actuel en Terminal S est devenu tellement bas en mathématiques ? L'entrée dans les écoles s'est diversifié ; là je pense qu'on va trop loin : les grandes écoles , plutôt qu'un enseignement, c'est un niveau. Les AST (Admis Sur Titre) , sont une hérésie dès lors qu'ils ne sont pas une exception. Si on a développé ces passerelles c'était pour que les élèves des classes préparatoires obtiennent des équivalences automatiques. Il y a eu dérive de la contrepartie permettant à des étudiants en université de rentrer dans de prestigieuses écoles d'ingénieurs sans passer le même concours, par des passerelles peu connues. Le rapport précité utilise l'expression « délit d'initié » pour ces trop nombreux chemins de traverse. La tendance, au moins au niveau des ministères et des officines d'état semble à l'unification université – grandes écoles et elle ne se fera que par la baisse du niveau technique et généraliste. Je pense qu'on peut mesurer le danger des évolutions en cours en envisageant dans le détail le cas des AST dans les écoles que le rapport qualifie de « Très Grandes Écoles » (les écoles d'ingénieurs les plus cotées). . Je ne connais les chiffres que pour Telecom Paris qui est l'une des TGE distinguées par le rapport. Cette année, cette école à 30 AST pour 180 élèves. En cours cela se traduit par des demandes de compléments car ces AST n'ont pas le même bagage. Il est clair que cela se fait au détriment du niveau général, c'est le premier point. Alors que nos Grandes Écoles, surtout les TGE, ont parfois été stipendiées par leur orientation vers trop de « management » et pas assez de grands spécialistes, producteurs d'innovations techniques et de brevets, les AST vont exactement en sens inverse. Ce pourront être des managers et vous imaginez l'ambiance dans l'école si ceux qui viennent de la filière des concours se retrouvent classés moins bons managers et sur des postes moins rémunérateurs (en France) de recherche et développement... On semble compter pour rien (ou pas assez) le niveau atteint par les meilleurs de nos élèves prépa. C'est bien ce qui m'inquiète. Revenons donc maintenant aux PRES et au cas cité : Paris Tech. Considérons 2 des écoles : Polytechnique et l'Agro. Un campus commun avec des labos partagés pourquoi pas (si ça fonctionne !) mais des passerelles d'enseignement entre des formations si différentes ?Actuellement il y a 1 cas de formation commune entre Agro et Polytechniciens : l'ENGREF (Ecole Nationale du Génie Rural et des Eaux et Forêts) ; la gestion de l'eau et les forêts. Le statu quo actuel peut évoluer un peu mais la spécificité « bio » des Agros alors que les autres écoles du pôle ont des élèves n'ayant que leurs souvenirs de terminale pour la biologie laisse peu de latitude sauf à tout mélanger. Je comprends qu'il s'agit surtout de chercher des économies d'échelle car nos écoles d'ingénieurs ont des effectifs bien en dessous de ce qu'on rencontre dans les grandes universités et les matériels de pointe sont coûteux. On peut par exemple utiliser un microscope électronique pour inspecter un métal ou du matériel biologique. Je veux juste que les choses soient claires : on peut chercher de telles économies mais il ne faudrait pas qu'un certain flou sur la spécificité de ces écoles s'instaure. Il ne faut surtout pas perdre le sens du mérite lié au concours ; c'est ce qui pousse les élèves à se surpasser pendant cette partie de leurs études et je regrette qu'on ne cherche pas davantage à comparer le niveau (excellent) de nos élèves à la sortie des années prépas. Les étudiants chinois ont investi nos meilleurs lycées pour qu'ils suivent ces formations et nous devrions mieux en prendre acte. Les « colles » , à raison de 2 ou 3 par semaines apprennent à présenter oralement (devant un tableau) et forcent l'étudiant à un apprentissage régulier qui seul permet d'acquérir des automatismes. La faible taille des classes (environ 45 - 50 élèves par classe) crée une réelle situation d'émulation. Ceux ayant intégré une très bonne école ne doivent pas craindre la compétition de « managers » d'un étudiant moins brillant en sciences mais se révélant bon pour les fonctions d'encadrement. Le mélange des genres est une très mauvaise chose. J'espère qu'on a compris ce point. On a trop tendance en France a tenir pour acquis qu'il y a des « petits génies » et que ça ne demande pas d'organisation particulière. Au contraire, il faut favoriser l'émulation pour avoir le maximum de scientifiques compétitifs et le « mérite » accordé à ceux, AST ou autres est un signal fort vers de « l'encadrement » et ce au détriment inévitable du niveau scientifique. Il est exact que Polytechnique a toujours été recherché à cause des grands corps menant à des fonctions d'encadrement justement mais il fallait inverser cette tendance en encourageant les élèves à commencer par produire un travail de type PhD avant de partir pour de l'encadrement (tel que cela se fait aux USA). Pour finir, je veux revenir sur la critique « jeune socialiste » d'une filière prépas coûteuse car on constate que le coût d'un élève prépa-grande école est à peu près au niveau européen. Il y a un problème du financement de nos universités mais il est faux de dire que la filière des classes prépas est coûteuse en comparaison de nos voisins européens. Je suis inquiet car les finances en baisse risquent de justifier bien des bêtises.

Lien vers le rapport : http://www.senat.fr/rap/r06-441/r06-44113.html

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7 mars 2012 3 07 /03 /mars /2012 04:34


                   

    Derrière ce titre se cache, en fait, la description de la première phase de peuplement selon le modèle « Out of Africa ». Je prends mes distances ici avec le discours dominant du moment et je me rallie aux premiers analystes dont Stephen Oppenheimer en considérant le mont Toba et son éruption il y a 73000 ans comme un élément clé pour comprendre la voie de dispersion des hommes à la conquête du monde.
      Les données de la génétique donnent de façon consistante une date autour de 70 000 ans pour la dernière vague de peuplement partie d'Afrique, dont nous hommes issus. Que trouve la génétique ?  Tous les hommes, hors d'Afrique, sont porteurs de la mutation M168  portée par le chromosome Y. C'est ce groupe porteur de cette mutation qui serait sorti d'Afrique il y a environ 70 000 ans. Ces hommes sortent par la corne de l'Afrique et une « pause » dans la péninsule arabique (alors plus verdoyante) est envisagée. De là une route costale, sans doute sur des pirogues, permet de longer les côtes de l'Inde jusqu'à l'Indonésie . (tracé rouge)

 

Oppenheimer-toba

 

MigrationMap-Oppenheimer

Le point noir sur l'image de droite représente le mont Toba, au nord de l'île de Sumatra, et le tracé bleu la zone immense sur laquelle s'est étendu le nuage de cendre et où on pense que l'éruption a eu une incidence directe. Le tracé des côtes est le tracé actuel mais, peu après le cataclysme il y a eu un refroidissement et sans doute une baisse du niveau des océans. Il est possible que cette baisse ait permis aux hommes d'atteindre l'Australie.Ce qui est important c'est qu'il semble qu'au moins un noyau de migrants ait échappé à la destruction et ait eu une descendance. L'histoire du peuplement « out of Africa » se conjugue donc ensuite au pluriel avec au moins 2 centres de diffusion : un pôle arabique et un pôle Indonésie. Jetons un œil sur l'arbre génétique des différents sous groupes connus.
A gauche l'arbre du chromosome Y , et à droite l'arbre de l'ADN mitochondrial :

Capture-arbreY-mod

 

Capture-arbre-mtDNA

 

 


C'est le haut de l'arbre Y  qui est important. La mutation M168 est sur la branche conduisant de [BT] à [CT] . A partir de [CT] le groupe [DE] est identifié par une insertion « Alu » , ici indiquée par YAP,  alors que l'ensemble [CF]  n'a pas cette insertion Alu et porte la mutation P143. Nous allons nous intéresser aux groupes D, E et C, F issus de ces 2 branches de l'arbre Y . Comme il apparaît sur l'arbre le groupe F est à l'origine de tout un ensemble de sous groupes et représente une « route nord » distincte de la migration sud analysée ici :

 

northern-tree

Il y a eu, secondairement, une migration vers le sud, notamment pour les sous-groupes S, M et H mais ce sont des groupes postérieurs à ce qui est analysé ici (l'après Toba).
Le groupe C défini par la mutation M130, est un groupe frère de F dont la répartition est tout à fait différente : ce groupe est le principal groupe des aborigènes d'Australie et on voit  un gradient de diffusion vers le nord, à travers la Chine et jusqu'en Mongolie. Il y a eu un groupe issu de C qui est arrivé en Amérique où il forme une première strate, il s'agit d'une migration ancienne. Ce groupe C a été repoussé par les sous-groupes issus de F arrivés ensuite, notamment le groupe O, porteur de la civilisation du riz. On a donc un groupe parti de l'Australie qui a diffusé vers l'Asie, y compris vers l'Inde semble-t-il, où il a formé une première strate de peuplement.
Le groupe [DE] est arrivé tel quel jusqu'au Japon mais le groupe D (fortement représenté au japon) se rencontre aussi dans la zone Tibéto Birmane. On peut penser que ce groupe avait fait souche dans la zone Tibéto Birmane où il a réussi à se maintenir puis il s'est enfoncé au nord dans les montagnes du Tibet pour fuir de nouveaux arrivants. Le même groupe avait dû dépasser la zone indonésienne et se retrouve localement dans des zones où il a pu résister au groupe O (Japon). Le groupe E, quant à lui (aussi issu de [DE]) est  uniquement à l'ouest. Ce groupe a pu naître en Arabie  d'où il est retourné vers l’Égypte où il est devenu le principal groupe. Les [DE] et D ont donc eu 3 zones probables de survie : Tibéto-Birmane et la côte vers le Japon, d'où ils ont continué jusqu'en Amérique pour [DE] et D ; zone de « départ » pour E, [DE] ne s'y est pas maintenu jusqu'à nos jours.
L'arbre de l'ADN mitochondrial montre une dichotomie M / N . Le groupe M est surtout sur la côte sud alors que le groupe N et ses nombreux dérivés (non figurés sur l'arbre ci-dessus) peuple l'intérieur de l'Eurasie. N est présent en Australie. On peut envisager que le groupe M a une diffusion liée à celle de [DE]. Le groupe N, quand à lui  a suivi aussi bien C (jusqu'en Australie) que F d'où ont divergé de nombreux sous-groupes. Il y a donc une cohérence entre les dispersions suivies par l'ADN Y et l'ADN mitochondrial.
Le mont Toba dont les géologues ont mis du temps à reconnaître qu'il s'agissait d'un énorme volcan tellement les dimensions de la caldeira sont impressionnantes est-il une « péripétie » ou un élément fondateur de l'histoire humaine ?  Les géologues restent partagés sur l'impact du nuage volcanique à l'échelle de la planète.  Au niveau du peuplement et des cultures la limite Tibéto Birmane semble correspondre aux langues tonales, même si d'autres groupes ont pris le dessus par la suite, il faudrait donc voir dans cette scission une part de l'effet Toba sur l'histoire humaine. Il paraît impossible que ce soit une coïncidence si le peuplement de la planète qui s'est imposé finalement est précisément celui qui a essuyé un tel cataclysme.

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16 février 2012 4 16 /02 /février /2012 17:46

L’ADN mitochondrial est localisé dans les mitochondries. C’est un ADN circulaire de 16569 nucleotides. Hommes et femmes ont de l’ADN mitochondrial ; tout homme a le même ADN mitochondrial que sa mère, par contre, il ne transmet pas cet ADN mitochondrial à ses enfants (qui auront celui de leur mère). En effet, il n’y a pas de mitochondries dans les spermatozoides ; les mitochondries sont uniquement dans l’ovocyte. Les lignées d’ADN mitochondrial sont des lignées de mère en fille. Comme pour le chromosome Y les mutations permettent de définir des haplogroupes. Nous allons étudier l’haplogroupe le plus fréquent en Europe, l’haplogroupe H , ce qui sera un bon support pour montrer les méthodes

 et les résultats.

 Carte de l’haplogroupe H :

 

  carte-mtDNA-HCette carte appelle certains commentaires. On présente ici les résultats combinés de tous les sous-groupes connus du grand haplogroupe H.  Sur la carte ci-dessus on voit un groupe fort en Europe qui semble diffuser sur l’Asie et l’Afrique du nord. Voici ma grille de lecture de cette carte : l’haplogroupe H est absent des Amériques, absent d’extrême orient (chine, japon) et d’Océanie, et l’haplogroupe H est absent de l’Afrique noire. Je trouve remarquable que les populations sont de l’haplogroupe H presque en proportion de leur proximité au type blanc européen. Il n’y a pas d’explication mais je trouve que ce constat suffit à souligner l’intérêt de ces analyses.  
Situons maintenant l’haplogroupe H dans l’arbre schématique ci-dessous. H est l’une des branche du groupe R0, dans la grande division N. Sur cet arbre les groupes « ancestraux » L0, L1, L5, L2, L6 et L4 sont tous uniquement africains. On constate que seuls des descendants de L3 sont à l’origine de tous les haplogroupes du reste du monde (hors Afrique). C’est cette constatation qui est a l’origine de la théorie « Out of Africa » : les groupes humains se sont développés dans un premier temps en Afrique et, à partir de L3, il y a sortie d’Afrique. En fait on constate ce qui peut s’interpréter comme une double sortie d’Afrique : branches M et N. La branche M correspondrait à une « route sud », sans doute par cabotage, le long des côtes d’Arabie puis de l’Inde, vers l’Asie du sud Est, l’Océanie. La branche N aurait d’abord investi la péninsule arabique qui jouissait d’un climat plus humide, puis, de ce creuset il y aurait eu expansion vers le moyen orient, l’Europe et l’Asie.

mtDNA-dispersion

Et voici l'arbre simplifié :

 

 

arbre-simple

 

 

Les haplogroupes fréquents en Europe sont H, V, J, T K, U, plus rarement I,W, et X. Ce sont là de grandes divisions mais un haplogroupe comme H comporte plus de 10 branches d'importances inégales. Quelques cartes de sous-groupes :

 

H1


H11

 





J'ai choisi 2 sous groupes dont la dispersion est presque opposée : H1 est plus faible là où H11 est fort. H1 est, de loin, le sous groupe le plus important d'Europe de l'ouest. Voici 2 autres cartes :
Attention, les échelles de coloration ne sont pas les mêmes d'une carte à l'autre. Le groupe H7 est bien moins fréquent que le groupe H1 en France (environ 5 fois moins).

 

 

H7-copie-1

 

 

 

H5a

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Arbre des sous-groupes mitochondriaux H :

 

mtDNA-H 2009OK

 

Sur cet arbre sont indiqués les mutations qui définissent les sous-groupes par leur position, entre 1 et 16569, sur l'ADN mitochondrial . Cet arbre montre la variété de l'ADN mitochondrial, rien que pour l'haplogroupe H. Ainsi, la première carte pour l'ensemble de l'haplogroupe H recouvre une réalité variée. Voici une autre carte qui permet de bien voir que la prédominance de l'haplogroupe H1 est spécifique à l'Europe :

 

mtDNA-distrib

L'haplogroupe H1 (en rouge) fait place à un « cocktail » de sous-groupes au moyen orient. On interprète ceci comme une origine probable de H au moyen orient, peut être au Caucase. Seuls certains sous-groupes, dont H1, sont « partis à la conquête de l'Europe ».
On peut reprendre les données précédentes dans un arbre plus général, re-situant l'haplogroupe H dans l'ensemble des groupes mitochondriaux avec des mutations qui structurent cet arbre :
Arbre mitochondrial :

arbre-ADNmito complet

 On a établi qu’une mutation se produit environ tous les 4000 à 5000 ans. C’est très approximatif mais ça permet de tirer un certain nombre d’informations. Les souches N et M telles que nous les connaissons aujourd’hui sont le résultat d’une longue période d’évolution ; les  mutations de la souche M pouvant correspondre à 16000 – 20000 ans et les  mutations de la souche N à 20000 – 25000 ans. Il y a donc eu une lente maturation.

La mention « rCRS » qui signifie « revised Cambridge Reference Sequence » se trouve être un ADN mitochondrial du sous groupe H2a2a, qui a été choisi au début des études comme ADN de référence. Nous allons utiliser les mutations rapportées pour montrer comment on peut schématiquement évaluer l’âge d’un groupe, ou plus exactement d’un  nœud de l’arbre, ici R . Entre rCRS et R on peut compter 11 mutations et sur la branche U il y aurait un nombre semblable de mutations jusqu’au sous-groupe U5b1b qui est un groupe Européen. L’ancêtre commun R vivait il y a 44000 – 55000 ans et avec les 20000 ans précédents on comprend comment la « sortie d’Afrique » est datée de 60000 – 70000 ans. Alors que U est un groupe qui semble avoir été européen dès le début, R0 est un groupe du moyen orient où HV, puis H et V se différencient ultérieurement. 
Les mutations en bleu sur l'arbre ci-dessus sont les mutation de la région autour de l'origine de l'ADN mitochondrial : nucléotides 16024 – 16569 (=0) et 1 – 576. Sur cette section d'environ 1000 nucléotides (par rapport à 16569 pour la taille totale) le taux de mutation est plus important (mais la zone est relativement petite). On observe que sur une durée estimée de 10000 ans 3 mutations vont se produire : 1 dans la région de contrôle (la zone de 1000 nucléotides), et 2 dans la région dite « région codante » (tout le reste de l'ADN mitochondrial).
Les analyses d'ADN mitochondrial sont arrivées à l'âge adulte depuis que toute la molécule , les 16569 nucléotides, peuvent être séquencés et analysés de façon systématique. L'ensemble des ADNs ainsi entièrement séquencés dépasse maintenant 20000 ; on n'est plus limité dans les comparaisons par le manque de données.
La limite actuelle c'est l'interprétation quand on descend au niveau des sous-groupes. L' origine de H est daté d'environ 18000 ans mais de nombreux sous groupes semblent bien plus récents. Une caractéristique de l'ADN qu'il faut garder en tête est qu'il y a un « pool » important de personnes qui sont H ou dites H* c'est à dire avec 1 mutation (sans doute familiale) supplémentaire seulement. C'est ce qui est observé et le fait qu'il y ait des branches ayant accumulé de nombreuses mutations alors qu'un ensemble important de personne conserve l'ADN H d'origine est une difficulté d'interprétation. Selon les auteurs H1 sera Magdalénien (-14000) ou Indo-Européen (premiers néolithiques -9000). On attend la bonne méthode pour analyser ces données. Pendant ce temps les données augmentent et les cartes se précisent. Pour revenir à la carte qui a servi d'introduction on peut dire que l'origine de H est sans doute vers le Caucase mais qu'il y a eu sur la longue période considérée une conquête de l'Europe et sans doute diffusion à partir de l'Europe, peut être avec les fameux Indo-Européens, vers le moyen orient, jusqu'à l'Inde. La zone nord-africaine a une répartition en sous-groupes comparable à l'Europe (sud) ce qui souligne la perméabilité géographique dans ces temps anciens.

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7 février 2012 2 07 /02 /février /2012 22:02

L'indo-européen est un concept linguistique a priori irréductible à la génétique, on ne peut pas  vraiment prouver qu'une population, un groupe génétique, est le pendant du regroupement identifié par les linguistes. Il s'agit donc de pistes et non de preuves  même si la carte de répartition de l'haplogroupe  R1a vaut bien des discussions IE  (Indo-Européen):

 

300px-R1a1a distributionOn voit un groupe qui fait le pont entre l'inde et les pays slaves en passant par l'Iran. En Inde c'est le Sanskrit et les langues dérivées qui sont IE et l’idée  d'une origine unique est née de la comparaison avec, notamment, le vieux russe et les langues slaves. Ce sont des langues appartenant au même sous groupe, autrefois dites « Satem » alors que les autres langues sont du groupe « Centum ». Ces langues « Satem » sont le noyau des langues indo-européennes, alors que les langues du groupe Centum sont « satellites ».

 

260px-Centum Satem map

 

 

On constate que l'Europe de l'ouest parle des langues du groupe Centum. La division Ouest Est recoupe à peu près exactement une division génétique : à l'ouest le groupe R1b et à l'Est le groupe R1a. Voici une carte du groupe des R1b d'Europe de l'ouest qu'on doit comparer à la carte R1a ci-dessus :

 

 

Haplogroup_R1b.gif

La complémentarité saute aux yeux ainsi que le fait que l'aire des langues IE suit  le domaine R1a/ R1b. A partir de là nous allons être amenés à retracer l'histoire des R1a et R1b telle que la génétique le permet aujourd'hui. Les 2 groupes sont issus d'un même groupe R1, la séparation daterait d'environ 22 000 ans lors du dernier pic de glaciation au moment où 2 groupes de R1 se sont retrouvés séparés par les conditions climatiques et ont  évolué séparément. L'histoire, qui pourrait être simple : [R1a → Satem] et [ R1b → Centum]  se heurte à une origine génétique trop ancienne par rapport à ce qu'attend la linguistique. Il faudra donc envisager un scénario plus complexe et commencer par suivre nos 2 groupes maintenant individualisés. Ce sera en fait le prétexte d'une histoire limitée aux 2 groupes génétiques les plus fréquents en Europe.


Petit rappel : on désigne par haplogroupe un groupe génétique défini par un marqueur porté par le chromosome Y (ou l'ADN mitochondrial). Le chromosome Y n'est présent que chez les hommes et un père le transmet à son fils, un peu comme on transmet un bâton de relai. Les mutations qui ont pu se produire sont transmises et caractérisent un haplogroupe. Ainsi, les R1 (voir ci-dessus) sont identifiables par la présence de la mutation M173. Les R1a ont en plus la mutation M420 alors que les R1b ont, en plus de M173,  M343. On dira qu'un R1a est M173+, M420+ et M343- alors qu'un R1b est M173+, M420- et M343+. Comme on le constate sur ce petit exemple on garde la trace de l’origine (ici R1-M173).
D'autres mutations sont intervenues par la suite aussi bien chez les R1a que chez les R1b, et ce sont ces nouvelles mutations qui permettent de suivre les groupes dans leurs pérégrinations car on retrouve des individus (petits groupes) laissés en route, témoins de passage. La première carte est celle des mouvements R1a, les phases les plus anciennes étant, bien entendu, les moins bien établies :
On suit le tracé en brun, puis en mauve ; dernière phase en rouge.

 

Migration-R1a-copie-1.jpg

L'origine est incertaine mais il est assez bien établi que le premier groupe R1a a circulé dans la région des plateaux Iraniens, puis vers 8000 av. JC  il migre vers le Caucase et peut être l'Anatolie. Le passage dans les Balkans (Europe) se fait à cette époque. Puis, ce groupe se répand dans toute l'Europe ; on n'est qu'au tout début du néolithique et les R1a ont des concurrents. Des Balkans le groupe est poussé plus au nord vers la Pologne actuelle. Il y a de bonnes raisons d'associer les R1a à la culture  chalcolithique dite de la céramique cordée qui se développe en Europe du nord et repousse les autres peuples en progressant vers l'ouest. Cette progression vers l'ouest sera stoppée et, suite à un reflux vers l'Est il y a une  expansion jusqu'en Inde où le groupe est daté de 1500 av. JC (fin de l’âge du bronze). Plus de 60% des Brahmanes sont R1a et ce sont de proches cousins des Russes et Polonais R1a (confirmé par la génétique). En Inde les R1a sont majoritairement descendants  de la vague récente (1500 av. JC) mais on trouve aussi quelques cas  issus du premier passage au nord de l'Inde.


L’étude du groupe R1b réservait une surprise de taille. La carte ci-dessous est un peu moins précise sur les origines R1b, très discutées, mais probablement proches de R1a.

 

migration-R1b.png La présence au moyen orient des premiers R1b est bien établie, la surprise a été cette branche africaine, un rameau ancien caractérisé par une mutation spécifique (V88) ; il n’y a donc aucun doute, ce ne sont pas des descendants de colons européens.  Je vais rester un peu sur cette découverte récente (mais certaine) pour préciser ce qui a été établi jusqu’à présent et présenter d’autres cartes.

  La carte de droite schématise la scission (ancienne) au sein du groupe R1b primitif entre une branche V88 qui évolue ensuite en Afrique, mais pas seulement et on trouve des V88 dans plusieurs lignées juives (parmi les populations les plus testées). La zone en bleu est celle d’où partiront les vagues de migrations vers l’Europe. Les Arméniens ont une forte proportion de ces R1b  (marqueur L23). La carte de séparation V88 / L23  est montrée ici à titre indicatif car il va falloir préciser cette division de R1b. Reste que la zone V88 a une certaine ressemblance avec la zone de diffusion des langues Chadiques, un groupe des langues Afro-asiatiques, donc pas indo-européen.

 

 

 

R-V88

V88-L389

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Vous trouverez sur bien des sites web que R1b vient d’Anatolie. La vérité est qu’on ne sait pas si le passage vers les Balkans s’est fait via l’Anatolie ou via le Caucase mais il est certains que vers 3500 av. JC (il y a 5500 ans) une branche de R1b L23+, c'est-à-dire porteurs du marqueur L23 , apparaissent en Europe de l’Est et leur arrivée est liée semble-t-il au travail du cuivre (la génétique ne peut pas prouver le travail du cuivre, c’est l’aire de diffusion et la période qui le suggère).

 

Voici une carte de ces premiers R1b en Europe.

Busby ht35

Il y a eu une tentative d’implantation en Suisse et en Italie mais cette première vague semble avoir essuyé un blocage. La zone plus claire au dessus de la zone d’implantation de ces R1b est la zone d’expansion R1a, les 2 populations ne se mélangent pas bien ! Pourtant la zone de ces R1b correspond à la culture Yamna souvent proposée comme origine des Indo-européens. J’insiste, on peut focaliser sur ces premiers R1b européens grâce à des marqueurs spécifiques qui permettent de filtrer les européens de l’ouest correspondants à des phases de peuplement ultérieurs.
Je vais faire court sur la dernière phase de  « conquête » R1b. Elle correspond à la culture des vases Campaniformes qui se développe à partir de l’ouest de l’Europe dès 2800 av. JC au Portugal. Les R1b ont trouvé un moyen de contourner et d’aborder l’Europe par l’ouest. Un passage possible est : Italie du nord, Corse, Sardaigne, côte d’Afrique du nord puis sud de la péninsule ibérique par petites embarcations.

Soit les R1b parlaient une langue proche du Basque actuel et l’IE est venu des populations en place influencées par les R1a, soit la culture Yamna a acquis l’IE par un contact suivi avec leurs voisins cordés et la différence centum/ satem vient de ce que les nouveaux locuteurs ont introduit une prononciation altérée. Cette dernière approche qui semble la plus probable. Même si le détail n’est pas maîtrisé on aboutit à une description assez cohérente  de la linguistique, de la génétique.

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29 janvier 2012 7 29 /01 /janvier /2012 22:54

Le point important de cet article c'est le lien entre une destinée particulière et un contexte historique. Je remercie Walt Gabennesch d'avoir attiré mon attention sur ses trouvailles. A la suite d'un travail pointu en généalogie une hypothèse se profilait mais la génétique a révélé un imprévu qui fait tout l'intérêt du cas.

La généalogie classique avait permis à Michael Gabennesch de retracer ses origines européennes jusqu'à la petite ville de Schruns de la vallée de Montafon dans le Vorarlberg Autrichien, la partie de l'Autriche proche du Liechtenstein ; voir cartes :

Schruns-Montafon

 

Nous sommes dans le pays des Rhètes, dont l'ancien territoire est rappelé ci-dessous. Aujourd'hui c'est un pays de langue alémanique (comme en Suisse) qui a donc une spécificité en Autriche. liechtenstein-map

   L'ancienne langue Rhète, qu'on croit apparentée à l’Étrusque, a tout à fait disparu mais il reste des noms particuliers à cette région. A ce stade il semblait qu'une origine Rhète était l'aboutissement.

Un test génétique du chromosome Y a profondément modifié la vision qu'on peut se faire des origines des Gabennesch / Gavanesch . Le nom parait d'origine Rhète, même si on ne sait pas décrypter cette langue mais le test a montré que cette lignée se rattache par son chromosome Y à l'haplogroupe E-U209 dont l'expansion semble associée à celle des Bantou. Ce peuple d'Afrique noire dont l'origine semble se situer vers la côte d'Ivoire est reconnu comme un des principaux peuples ayant exporté le travail du fer, la métallurgie, à travers toute l'Afrique, jusqu'en Afrique du sud. Ainsi Desmond Tutu, dont le génome a été séquencé est lui aussi du groupe E-U209 ; un lointain cousin (par les hommes) .

carte-RAETIA

Distribution of haplogroup e1b1a in Rosa 2007 On peut comprendre cette expansion qui va bien au delà de la zone Bantou proprement dite en considérant que les forgerons dans bien des ethnies ont été des Bantous, une sorte de caste de forgerons.

Il est quand même étonnant de retrouver une lignée de E-U209 dans les Alpes. On doit d'abord s'interroger sur la date cet évènement et les haplotypes connus peuvent nous aider. Malheureusement, les personnes qui font des tests sont rares en Afrique noire et il y a peu de E-U209 dans les bases de données pour des comparaisons.

Qu'est-ce que cet E-U209 ? Le grand haplogroupe E a 2 composantes principales : les E1b1a et les E1b1b , ces derniers occupent la partie non occupée sur la carte de l'Afrique ci contre ; l’Afrique du nord et de l'est (Égypte) et plus au nord au proche orient. Les E1b1a quant à eux , dont l'arbre est présenté ci-dessous sont les noirs africains qui, dans leur expansion ont repoussé les Pygmées et les Boshimans ; les peuples aborigènes de l'Afrique.

 

arbreE1b1a

 

 

Les études qui ont permis de dresser cet arbre n'ont malheureusement pas fourni les haplotypes qui seraient nécessaires pour une comparaison. Il a donc fallu se tourner vers les tests faits par des gens qui font ces tests en tant que particuliers ; ils se nomment « hobbyists » en anglais.

 

Voici un tableau pour 4 haplotypes :

 

 tab4hap

 

 

Seuls 12 marqueurs sont montrés ici. On peut constater que ces 4 haplotypes forment un groupe. La comparaison sur 37 marqueurs permet de se convaincre que l'origine commune est assez récente. Il faut quand même préciser que la comparaison sur un nombre d'haplotypes aussi réduit laisse une grande incertitude sur le résultat. Dans le cas présent le calcul donne une estimation de 800 ans depuis l'ancêtre commun. L'hypothèse la plus simple est que le nom de famille Gavanesch (et autres variantes) s'est établit vers l'an 1200 et qu'une seule lignée a pris ce nom. A part les Gavanesch les haplotypes sur 37 marqueurs testés E-U209 sont rares. Il n' y a que 2 cas dans les banques de données publiques qui puissent servir de comparaison. Le résultat est imprécis mais on aurait un groupe avec une origine en Europe il y a 1400 ans, soit en 600 mais une arrivée 200 ou 300 ans plus tôt est envisageable.

L'équipée d'Hannibal Barca en 218 av. JC est le genre de mouvement de soldats ayant pu être à l'origine de l'arrivée d'un africain dans les Alpes mais, plus récemment, les romains, ayant investi la région qu'ils nommaient Raetia prima ont maintenu là des troupes pour que les Germains soient contenus. Parmi les auxiliaires il y auraient eu au moins un soldat d'origine Bantou.

La génétique peut elle fournir davantage de pistes ? La réponse est oui. Ce qui va manquer ce sont de bons éléments de comparaison car les africains sont peu testés mais, avec le temps de nouveaux marqueurs SNPs vont pouvoir être comparer. Des sous groupes de E-U209 ont été identifiés et on va savoir , par exemple si les SNPs L609 et L611 trouvés en analysant l'ADN de Walt sont portés aussi par Fletcher (par exemple – voir tableau) ce qui permettrait d'aller plus loin que le groupe des porteurs d'un nom de type Gavanesch / Gabennesch. On peut souligner ici comment les particuliers impliqués dans ces analyses font progresser la connaissance sur les haplogroupes.

 

Pour résumer et conclure, la génétique a permis d'identifier sur toute une lignée bien caractérisée en généalogie classique (un remarquable travail de fond ayant permis de remonter jusqu'en 1477 réalisé par Michael Gabennesch) un haplogroupe de type africain. La comparaison des haplotypes de plusieurs Gavanesch / Gabennesch montre qu'ils appartiennent tous à une seule lignée, on peut en déduire que nous n'avons jusqu’à' à présent qu'une seule origine du nom, stabilisé vers 1200. Plus anciennement 1 ou 2 haplotypes avec des noms différents indiquent une origine du groupe européen vers 600 mais avec une grande incertitude. On peut considérer que ce résultat conforte l'hypothèse d'un soldat romain d'origine Bantou en garnison dans l'ancienne Raetia prima. D'autres tests sont en cours pour cerner de plus près cette improbable ascendance.

 

 

PS : Je dois revenir sur les échanges fructueux que j'ai eu tout au long de la rédaction de cet article avec Walt Gabennesch. Il m'indique que l'expansion Bantou pourrait être plus ancienne que ce qu'on pensait (au moins 1000 av. JC) et pas seulement liée à la métallurgie mais aussi à l'exploitation de la Banane et de l'Igname entre autres cultures.

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25 janvier 2012 3 25 /01 /janvier /2012 11:28

oetzi

 

 

 

L'ADN  d' Ötzi, ce corps momifié retrouvé en 1991, a été  séquencé  (en partie) et on a pu déterminer l'haplogroupe du chromosome Y.  Cet  homme  s'avère  être  de  l'haplogroupe  G2a2b  défini par le marqueur SNP L91. Qu'est-ce que cela nous apprend ?

Ce  n'est  pas  la  première  fois  que  la  paléogénétique  identifie un européen  paléolithique comme  étant  de  l'haplogroupe G . La  plupart  des  squelettes  néolithiques analysés à ce jour ont été trouvés de cet haplogroupe G . La situation est surprenante car cet haplogroupe G  est tout à fait minoritaire en Europe aujourd’hui, sauf en quelques localisations comme en Corse du sud et en Sardaigne qui peuvent apparaître comme des zones refuges – voir carte :

 

 haplogroup G


 

 

Sans rentrer dans trop de détails il faut quand même préciser qu’une carte globale pour G mêle 2 branches bien distinctes G1 et G2 . Les G1 sont extérieurs à l’Europe et occupent aujourd’hui les hauts plateaux d’Iran, mais la concentration visible au Portugal représente le lègue Avares et peut être en quelques autres localisations. La zone qui nous occupe concerne les Alpes ; on peut penser que les plus hautes densités visibles là et en Italie centrale ont formé un seul domaine qui fut ensuite disjoint. Il faut insister sur les densités en général assez basses, en moyenne environ 3% de la population.

Cet article veut, à la fois se pencher sur les origines d’ Ötzi  et faire le point sur les hypothèses concernant ce groupe G et le peuplement de l’Europe.  On aura noté les fortes densités visibles dans le Caucase, notamment chez les Ossètes.  Certains ont voulu y voir  l’origine de vagues de migrations. Ces migrations ont eu lieu aussi vers le sous continent Indien où on retrouve d’assez proches cousins des populations européennes. Néanmoins, une analyse plus poussée montre que la majorité des Européens G2  sont G2a3b1a2-L497, un groupe spécifique de l’Europe. Voici un tableau pour situer les groupes et les relations :

 

 Arbre G2a


 

 

Le groupe G2a2b  auquel appartient Ötzi  est actuellement inconnu sur le continent et on ne le trouve qu’en Sardaigne. La concentration G en Grèce (voir carte – ci-dessus) est G2a3a alors que le groupe principal en Europe est dérivé de G2a3b1 (marqueur P303). Ce sont des G2a3b1 qu’on trouve aussi en Inde (et aussi, pour partie, dans le Caucase). L’évolution en G2a3b1a1 (marqueur U1) et G2a3b1a2 (marqueur L497) semble particulière à l’Europe mais des cas isolés ont été identifiés hors  Europe. Les groupes de type G2a1 sont Circassiens pour l’essentiel.

 

Dans le cas d’ Ötzi nous disposons d’une datation indépendante des estimations de la génétique et on nous dit qu’ Ötzi a vécu il y a 5400 ans (3400 avant JC). Pour situer, les premières traces de travail du cuivre en Europe (justement dans les Alpes) sont datées de 3700 avant JC. C’est nettement postérieur aux artefacts connus au moyen orient mais cela correspond à une seconde phase de la métallurgie du Cuivre, à la technologie améliorée qui annonce les débuts du bronze. Vous trouverez souvent que la métallurgie est nettement postérieure en Europe à ce qui s’est fait au moyen orient. A partir de cette phase, ce n’est vrai que pour l’extension, les zones sont restreintes en Europe et ne s’étendent que difficilement jusqu’à l’avènement du bronze. Si j’ai insisté sur le cuivre c’est que, justement, Ötzi était porteur d’une hache en cuivre ; la lame est en cuivre, une vraie rareté  à l’époque, et son assaillant ne lui a pas pris cette hache.

Que dit la génétique, concernant la datation des groupes G en Europe ? L’analyse des G2a3b1a qui forment, de loin, le groupe le plus important, les densités  dans les Alpes et en Italie étant largement attribuables à ces G2a3b1a, montre un groupe sans doute ancien mais les densités plus importantes s’expliquent par une phase d’expansion environ 1200 av JC, précédée d’une autre phase d’expansion vers  3800 av JC. En fait, ces dates semblent légèrement biaisées ; des dates plus récentes de 300 ans dans la marge d’erreur donnent une image plus cohérente. Pour faire court, on aurait eu un groupe néolithique dont un sous groupe a acquis très anciennement pour l’Europe la métallurgie (cuivre) vers 3400 av. JC, un prolongement de ce groupe donnera la culture de Villanova (à partir de 1100 av. JC), elle-même à l’origine des Etrusques. L’extension romaine a véhiculé en partie ce groupe  G en Europe.

Le groupe antagoniste qui expliquerait l’absence de G dans la plaine du Pô est sans doute le groupe dit de Remedello, célèbre pour ses poignards en Cuivre. Il y aurait eu conflit entre  2 cultures du Chalcolithique. 

 

Pour revenir  à notre  Ötzi,  il décède  dans la première phase d’expansion. L’historique qui précède suggère que le groupe avait des voisins peu enclins au développement de ces fondeurs de cuivre. Le groupe G2a2b n’a pas survécu, semble-t-il dans cette région. Impossible de dire si les  G2a3b1a rescapés ont fait partie des rivaux. L’ADN mitochondrial, qui suit la lignée par les femmes a aussi été séquencé et Ötzi est de l’haplogroupe mitochondrial K1, connu par 3 lignées  dans les Alpes mais la lignée particulière d’ Ötzi est inconnue par ailleurs. Les débuts du cuivre en Europe ont donc été chaotiques. Ce sont surtout les Campaniformes qui vont diffuser plus tard leurs poignards en cuivre et cette diffusion (très discutée) semble partir du Portugal, un peu comme si la piste Italienne avait été une tentative sans lendemain, en tous cas sans progression continue. On peut considérer le développement ultérieur de G en Italie comme une spécificité issue, sans doute, d’une culture cousine de celle d’ Ötzi.

 

C’est un cas de remplacement de populations. Nous avons suivi des populations G mais déjà la culture de Remedello, et plus tard celle des Campaniformes, représente, sans doute, les débuts du groupe R1b dont descendent aujourd’hui plus de la moitié des hommes d’Europe de l’ouest.

 

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19 janvier 2012 4 19 /01 /janvier /2012 21:53
  

 

 

Cet article aborde la nouvelle vision de l'histoire de l'Europe telle qu'elle se dégage de l'analyse génétique du chromosome Y. Il y a d'autres blogs bien documentés sur le sujet et, en particulier, on pourra consulter le blog de Bernard Secher, bien pourvu en références. [1] Je prendrai ici une perspective simplificatrice afin de pointer ce que je considère comme radicalement novateur et les conséquences que cela peut avoir dans la compréhension de l'histoire des 10 000 ans qui nous ont précédés.

[1] http://bsecher.pagesperso-orange.fr/Genetique.htm

 

arbre-R1b

 

 

 

Le principe de l'utilisation de marqueurs du chromosome Y est que les populations en place (comprendre : la position des ancêtres connus ; en général au moins le 19èmesiècle) reflètent une histoire qu'il s'agit de décrypter. La première simplification est que nous n'allons nous intéresser ici qu'au groupe majoritaire dit R1b qui est défini par tout une série de marqueurs dont M343 ; tous les  R1b ont porteurs de la mutation M343 et d'autres mutations. M269, par exemple, définit la branche, désignée R1b1a2  ; les R1b de l'Europe en sont issus. Ici, on se contentera de savoir qu'il s'agit de mutations ponctuelles qui ne se produisent que très rarement. On nomme ces marqueurs SNP ; qui signifie « Single Nucleotide Polymorphism ». Les R1b de l'Europe de l'ouest peuvent être analysés par une longue série de marqueurs. Dans le tableau ci-dessus il faut comprendre que les R1b1a2 portent les mutations suivantes : M343, L278, M415, P25, P297, L320, L265, M269, S17, M520, S3, S10, S13. J'insiste sur le nombre de mutations car il souligne l'histoire commune que cela sous-tend. Ce groupe est notre point de départ et quelques mutations ultérieures, permettent le suivi de ce qu'on peut voir comme « une conquête de l'Europe », dont l'histoire n'a pas conservé de trace sauf celle qui apparaît avec les nouveaux outils de génétique.

 

Les principaux groupes :

 

 

Maintenant que le groupe R1b1a2 a été introduit nous allons, en quelque sorte, remonter le temps, et commencer par établir les principaux sous groupes de R1b1a2 .

 

 

Le groupe R-U106 :

 

Busby U106Myers-U106

 

 

Les 2 cartes ci-dessus proviennent de 2 études récentes. L'échantillonnage et le logiciel de traitement des données pour tracer les cartes sont différents. Le groupe R-U106 est très présent en Hollande. En Angleterre, l'expansion U106 reflète assez bien la progression des Saxons. Difficile de dire, si, en France, il y a une quelconque analogie avec le pouvoir Franc même si c'est une hypothèse séduisante. C'est un groupe plus Germanique que Celtique qui a pu connaître une expansion assez récente, par exemple, celle des Saxons.

L'analyse SNP montre qu'il y a une dichotomie du groupe R1b1a2 en Europe de l'ouest, avec d'une part le groupe U106, dont on connaît maintenant de nombreuses divisions, et par ailleurs tous les autres sous groupes qui se rassemblent comme groupe R-P312. 3 branches de R-P312 sont connues : U152, L21, et Z196 mais il y a encore environ 15% des R-P312 qui n'appartiennent à aucun de ces 3 sous groupes. L'histoire du groupe R-P312 paraît donc plus dispersée que celle de R-U106. En Angleterre et en Allemagne les R-U106 et R-P312 sont mélangés mais en Hollande il y a peu de R-P312 et une étude en Brabant a montré une sorte de frontière nord – sud avec les R-U106 au nord et les R-P312 au sud. J'insiste sur ces limites pour indiquer que, sans doute, les R-P312, qu'on peut voir comme « pré-celtiques », ne se sont mélangés aux R-U106 qu' à une période assez récente.

 

 

Le groupe R-U102 :

 

Busby U152

 

 

Ce groupe, selon la carte, semble particulièrement important en Italie. En fait, on pense que les invasions Germaniques ont repoussé ces populations Celtiques et que les R-U152 ont été plus importants en Allemagne du sud, là où la toponymie a montré une ancienne présence de populations Celtes. Il y aurait eu expansion, par l'Est, vers la France et un peu au delà. Donc ce sont, non seulement des U152 mais aussi des P312 qui est le groupe parent, équivalent à R-U106 vu ci-dessus.

 

Je ne montre pas de cartes pour les 2 autres sous groupes qui ont été identifiés récemment ; pour le groupe R-L21 ont pourra se reporter au blog de B. Secher qui est R-L21 ; ce groupe est principalement dans les îles britanniques mais aussi en Bretagne et, plus largement sans doute autour de la Bretagne. Il est possible que le groupe R-L21 ait été répandu sur une plus vaste zone puis repoussé par l'expansion des R-U152. On connaît maintenant de nombreux sous groupe de R-L21 mais l'échantillonnage en France reste insuffisant.

Le groupe Z196 a surtout été connu par l'un de ses sous-goupes , R-SRY2627, un groupe de l'Espagne du nord et du sud ouest de la France. Ils pourraient être les Aquitains de l'antiquité romaine.

On aurait donc une sorte de partitionnement géographique avec les U152 initialement à l'Est et les R-L21 au nord ouest, alors que les Z196 sont plus présent au sud ouest.

L'ensemble des R-U106 et des R-P312 de tous poils se retrouve comme R-L11, dont voici la carte de répartition :

 

Busby RL11Myers-L11

 

 

Ce sont les cartes de R-L11 des 2 mêmes études. Il s'agit de l'ensemble des U106 et P312, plus quelques R-L11* n'ayant ni la mutation U106, ni la mutation P312 (d'où l'étoile). C'est le groupe principal de l'Europe de l'ouest , représentant de l'ordre de 60% des hommes.

 

L'ancienne division ht15 / ht35 :

 

Busby ht35

 

 

La carte ci-dessus montre des « R1b » dont on notera la quasi absence en Europe de l'ouest, là où les R-L11 sont presque entièrement rassemblés. L'existence de ces 2 sortes fut identifiée très tôt par les premières études utilisant la sonde p49a,f dans une approche RFLP avec l'enzyme de restriction Taq1. Je ne détaille pas, mais les premières cartes montraient la division ci-dessus : les ht15 à l'ouest et les ht35 à l'Est. En fait, la carte ci-dessus montre les groupes parents de R-L11, à savoir ceux qui portent la mutation L23 et ceux qui ont en plus la mutation L51.

Depuis le groupe R1b1a2 on a la succession : L23 → L51 → L11

Difficile alors d'échapper à la conclusion que des R-L11, partis de l'Est de l'Europe, région Pontique, en particulier, ont connus un grand développement en Europe de l'ouest. La zone plus claire, au nord de la zone Pontique, correspondant en gros à la Pologne et à la Russie a vu le développement dans la même période du groupe Slave (R1a). La répartition actuelle a sans doute été influencée par cette expansion Slave.

On peut comparer la carte R-L23 + R-L51 à cette autre carte limitée au groupe R-L23 :

 

Myers-L23

 

 

La localisation est encore plus à l'Est, à l'exception de cas Suisses mal compris. On notera au sud caucase la zone Arménienne . Les Arméniens se révèlent, en effet, avoir une fraction de 30% de R-L23 environ. On peut donc interpréter les cartes comme l'arrivée et le succès d'un groupe semblable à ces Arméniens en Europe de l'ouest avec sans doute une étape dans la zone Pontique et les Balkans.

Reste à savoir QUAND une telle migration a eu lieu et comment expliquer l'énorme succès en Europe de l'ouest. La génétique peut répondre en partie à la question du « quand » car la variance des marqueurs de type STR dans un groupe est une mesure de son âge. Il n'y a pas plein accord sur les taux de mutations ; les résultats qui suivent ne font donc pas l'unanimité mais ils fournissent une trame cohérente et c'est un point important.

La surprise est, en effet, que l'ensemble R-L11 de l'Europe de l'ouest, donc tous les U106 et P312 confondus, forment un groupe remarquablement cohérent dont l'âge ne dépasse pas les 5000 ans (donc 3000 avant JC ). On est donc conduit à admettre qu'un groupe sans doute de petite taille a réussi à s'imposer aux populations néolithiques en place.

Que se passe-t-il en Europe de l'ouest vers 3000 avant JC (en se rappelant que les dates sont approximatives) ? C'est le tout début de petits objets en cuivre dans quelques localisations. C'est aussi le début des monuments mégalithiques. Les recherches ont montré qu'un groupe amené à prendre de l'extension , le groupe des Campaniformes, qui tirent leur nom de leurs céramiques (poteries) en forme de cloche renversée, produit les plus anciennes poteries dites campaniformes au Portugal vers 2900 avant JC.

La génétique ne prouve pas le lien avec les Campaniformes mais elle renouvelle le débat. Il est certain que , pour reprendre l'ancienne classification bien pratique, les ht35 de l'Est sont antérieurs aux ht15 de l'ouest ; l'examen des SNPs le prouve puisque les ht35 n'ont que L23 et L51 alors que les ht15 ont L23 et L51 et différents autres SNPs dont L11. On aurait donc un groupe arrivant de l'Est de l'Europe et qui s'impose à l'ouest précisément à une période où des changements notables ont eu lieu. Les R1bs seraient arrivés avec la métallurgie à ses débuts (en Europe), ce qui correspond aussi dans le domaine agricole au travail à l'araire et dans le domaine minier à l'utilisation de char à roues ; ces 2 progrès supposent une traction animale et, justement, on découvre que le cheval fait son apparition en Europe de l'ouest . Il me semble que le succès découle de ces éléments.

Si on accepte le lien avec les Campaniformes, reste à décrypter la raison de l'existence de 2 branches principales, U106 et P312 et les voies de pénétration. Il y a une thèse qui propose que les R1bs auraient fait le tour par l'Afrique du nord et seraient remontés par le Portugal et la péninsule Ibérique (thèse de A. Klyosov). Si on suit la métallurgie du cuivre en Europe on constate que la zone géographique (actuelle) des ht35 correspond à la diffusion d'une phase préliminaire. Une sorte de « second âge du cuivre » se développe ensuite vers la Corse sans doute via l'Italie du nord où plusieurs centres précoces de métallurgie du cuivre sont connus puis atteint le Portugal. Il est possible qu'à partir de la Corse une phase maritime cabotant le long de l'Afrique du nord et du sud de l'Espagne ait permis d'atteindre le Portugal. Ce n'est que 500 ans plus tard avec les premiers bronze à l'arsenic, puis les bronzes à l'étain que les Campaniformes connaissent une grande expansion.

 

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17 janvier 2012 2 17 /01 /janvier /2012 22:50

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Cet article rend compte des résultats d'une étude publiée en décembre sur la génétique du chromosome Y du descendant de Jérôme Bonaparte, frère de l'empereur Napoleon, ainsi que de tests réalisés sur des cheveux de l'empereur. C'est, à mon sens, un bon exemple de l'utilisation de ces nouvelles techniques de généalogie génétique. Deux types de tests sont pratiqués. Les tests SNPs établissent la position dans l'arbre Y et dans le cas présent établissent que l'haplogroupe est E , et plus précisément qu'il s'agit du groupe défini par la mutation M34. On dit que ces personnes sont M34+ et on note E-M34 ce sous groupe du grand (haplo)groupe E . Le second type de test concerne les marqueurs dits STR, acronyme pour « Short Tandem Repeat » ; ce sont les « empreintes génétiques » . On repère un nombre de répétitions (en tandem) qui, justement, varie assez fréquemment et permet un tableau de valeurs caractéristique d'un individu mais aussi d'une lignée ; et donc de faire des comparaisons et de chercher des parents proches. Pour info, c'est ce second type de test qui est particulièrement visé par la loi française actuelle.

 

Tableau  des  haplotypes :

 

http://sd-4.archive-host.com/membres/images/90261920431217746/Tableau-Napoleon.png

 

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Le tableau de valeur ci-dessus est donné pour 21 marqueurs mais la comparaison a été faite sur 37 marqueurs et davantage de tests seraient possibles. Il ne s'agit pas ici de discuter dans le détail de la variance au sein de ce groupe de M34+ . On remarquera que pour le marqueur DYS454 l'haplotype (nom donné à l'ensemble des valeurs ) du descendant des Bonapartes présente une nette différence. Ce genre de variation est assez rare et si un jour on retrouvait cette caractéristique on aurait une bonne piste sur l'origine géographique des Bonapartes. La dispersion géographique est importante . L'article a été publié avant que le marqueur L792 soit mis en évidence. Ce marqueur SNP permet de préciser que le groupe d'origine pour les Bonapartes est sans doute le sous-groupe des L792+ qui ne concerne qu'une petite fraction des M34+. L'ADN Bonaparte n'a pas encore été testé pour L792 mais c'est une piste solide.

 

J'ai voulu commencer par présenter des résultats bruts. On voit que la comparaison avec les résultats « Savard » fait apparaître des correspondances. Il s'agit là d'une lignée aujourd'hui canadienne , la principale source d'information sur les origines françaises. On peut regretter le manque de données françaises, même si l'origine italienne, à Sarzane, des Bonapartes est établie.

L'haplogroupe E est un groupe dont l'origine, encore discutée, est vers le sud de l’Égypte et ceci sans référence immédiate au fameux « out of Africa ». Il y a 3 branches importantes qui partent du tronc principal :

  •  
    • la branche E-M81 est importante chez les Berbères d'Afrique du nord

    • la branche E-M78 suit les conquêtes arabes (et donc se surimpose aux E-M81)

    • la branche E-M123 que nous allons envisager ici.

 

Globalement, la branche E-M123 est davantage présente au proche orient, et plus au nord, dans les Balkans et au nord de la mer noire, ainsi que sur les côtes nords de la méditerranée, Espagne, France, Italie et Grèce. Il y a 3 sous groupes de E-M123 connus. E-M34 est le plus important et c'est justement celui de la lignée Bonaparte. Le marqueur M34 a été identifié en 2004, date de la première étude. Il s'agit donc de découvertes relativement récentes ; les groupes concernés étaient insoupçonnés des archéologues. En comparant les haplotypes (les valeurs comme celles du tableau ci dessus) on peut faire une estimation de l'âge des groupes et on aboutit à un âge d'environ 7000 ans pour le groupe E-M34 (5000 av. JC). Les endroits où on a trouvé des fortes concentrations de E-M34 sont les alentours de la mer morte. C'est sans doute à partir du proche orient que des migrations ont eu lieu dans les pays du pourtour nord de la méditerranée. Toute la question est donc : depuis quand cette présence en Europe de colonies E-M34 ?

Il y a une marge de progression car on a maintenant identifié un nouveau marqueur, L792, et la lignée Savard est porteuse de ce marqueur L792. Si on détermine que la lignée Bonaparte est aussi membre de ce sous groupe de E-M34 on aura une piste bien plus précise. Il faut ici remarquer le rôle déterminant des particuliers dans cette approche, puisque ce sont des tests privés qui ont abouti à la découverte de L792 et les comparaisons ci-dessus se font avec des résultats de particuliers mis sur une banque de données publique. Un monde mal connu dans ce pays puisque régulièrement fustigé. Plutôt que de savoir si Bonaparte est bien caucasien je préfère savoir qu'elle est la répartition des E-M34 et, plus précisément, des E-L792. L'article discuté ici est donc une porte ouverte vers l'identification d'un groupe qui n'a pas laissé de trace archéologique mais dont un représentant place sous les feux de la rampe l'un de ces petits groupes (des commerçants?) qui ont aussi fait l'histoire de l'Europe.

 

 

 

 

Remerciements à Denis Savard pour la communication des résultats en cours et pour d'utiles discussions.

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